Basic Information
Symbol
CHRD
RNA Class
mRNA
Alias
chordin
Chordin
Location (GRCh38)
3:184379381-184390736
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_003741.4
Sequence length
3540 nt
GC Content
0.6610
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1709.3 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1762.95 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
828.03
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001304472.2 | GCAGUAGAGCCGCGUACGGCCCGGGUCAGCGCCCGCCCGCCCGCGCUCC… | 3537 nt | 0.6610 |
| NM_001304473.2 | GUUCGCGUCAUGCCGAGCCUCCCGGCCCCGCCGGCCCCGCUGCUGCUCC… | 4220 nt | 0.6182 |
| NM_001304474.2 | GUUCGCGUCAUGCCGAGCCUCCCGGCCCCGCCGGCCCCGCUGCUGCUCC… | 4165 nt | 0.6192 |
| NM_003741.4 | GCAGUAGAGCCGCGUACGGCCCGGGUCAGCGCCCGCCCGCCCGCGCUCC… | 3540 nt | 0.6610 |
| NM_177978.1 | CCCGGGUCAGCGCCCGCCCGCCCGCGCUCCUCCCGGCCGCUCCUCCCGC… | 3561 nt | 0.6571 |
| NM_177979.1 | CCCGGGUCAGCGCCCGCCCGCCCGCGCUCCUCCCGGCCGCUCCUCCCGC… | 3506 nt | 0.6589 |
Summary
This gene encodes a secreted protein that dorsalizes early vertebrate embryonic tissues by binding to ventralizing TGF-beta-like bone morphogenetic proteins and sequestering them in latent complexes. The encoded protein may also have roles in organogenesis and during adulthood. It has been suggested that this gene could be a candidate gene for Cornelia de Lange syndrome. Reduced expression of this gene results in enhanced bone regeneration. Alternative splicing results in multiple transcript variants. Other alternative splice variants have been described but their full length sequence has not been determined. [provided by RefSeq, Jan 2015]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
