Basic Information
Symbol
COL12A1
RNA Class
mRNA
Alias
collagen type XII alpha 1 chain
collagen type XII proteoglycan
collagen, type XII, alpha 1-like
collagen, type XII, alpha 1
BA209D8.1
BTHLM2
COL12A1L
DJ234P15.1
EDSMYP
UCMD2
collagen alpha-1(XII) chain
Collagen alpha-1(XII) chain
Location (GRCh38)
6:75084326-75206267
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_004370.6
Sequence length
11725 nt
GC Content
0.4629
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3676.1 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-3887.63 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
2799.87
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
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| NM_001424113.1 | CCACUUGGCUAAGGCGAACCGCCCCAGACGCGUCCGCGCGCCGGCAGCU… | 10533 nt | 0.4716 |
| NM_001424114.1 | CCACUUGGCUAAGGCGAACCGCCCCAGACGCGUCCGCGCGCCGGCAGCU… | 11704 nt | 0.4631 |
| NM_001424115.1 | CCACUUGGCUAAGGCGAACCGCCCCAGACGCGUCCGCGCGCCGGCAGCU… | 11452 nt | 0.4623 |
| NM_001424116.1 | CCACUUGGCUAAGGCGAACCGCCCCAGACGCGUCCGCGCGCCGGCAGCU… | 7041 nt | 0.4915 |
| NM_004370.6 | CCACUUGGCUAAGGCGAACCGCCCCAGACGCGUCCGCGCGCCGGCAGCU… | 11725 nt | 0.4629 |
| NM_080645.3 | CCACUUGGCUAAGGCGAACCGCCCCAGACGCGUCCGCGCGCCGGCAGCU… | 8233 nt | 0.4764 |
Summary
This gene encodes the alpha chain of type XII collagen, a member of the FACIT (fibril-associated collagens with interrupted triple helices) collagen family. Type XII collagen is a homotrimer found in association with type I collagen, an association that is thought to modify the interactions between collagen I fibrils and the surrounding matrix. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
