Basic Information
Symbol
COL17A1
RNA Class
mRNA
Alias
collagen type XVII alpha 1 chain
BP180
collagen, type XVII, alpha 1
BA16H23.2
BPA-2
BPAG2
ERED
JEB4
LAD-1
collagen alpha-1(XVII) chain
180 kDa bullous pemphigoid antigen 2
alpha 1 type XVII collagen
bA16H23.2 (collagen, type XVII, alpha 1 (BP180))
bullous pemphigoid antigen 2 (180kD)
collagen XVII, alpha-1 polypeptide
type XVII collagen alpha-1
Collagen alpha-1(XVII) chain
Bullous pemphigoid antigen 2
Location (GRCh38)
10:104030753-104086225
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_000494.4
Sequence length
5612 nt
GC Content
0.5609
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2242.1 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-2330.07 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1381.58
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_000494.4 | AACAUUUUUGAAAGAUCACUCAGCUUUAACACACCUUGGCUGGGUCUGG… | 5612 nt | 0.5609 |
| NM_130778.1 | AACAUUUUUGAAAGAUCACUCAGCUUUAACACACCUUGGCUGGGUCUGG… | 5000 nt | 0.5762 |
Summary
This gene encodes the alpha chain of type XVII collagen. Unlike most collagens, collagen XVII is a transmembrane protein. Collagen XVII is a structural component of hemidesmosomes, multiprotein complexes at the dermal-epidermal basement membrane zone that mediate adhesion of keratinocytes to the underlying membrane. Mutations in this gene are associated with both generalized atrophic benign and junctional epidermolysis bullosa. Two homotrimeric forms of type XVII collagen exist. The full length form is the transmembrane protein. A soluble form, referred to as either ectodomain or LAD-1, is generated by proteolytic processing of the full length form. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
