Basic Information

Symbol
COL3A1
RNA Class
mRNA
Alias
collagen type III alpha 1 chain Ehlers-Danlos syndrome type IV, autosomal dominant collagen, type III, alpha 1 EDS4A EDSVASC PMGEDSV collagen alpha-1(III) chain alpha-1 type III collagen alpha1 (III) collagen collagen, fetal Collagen alpha-1(III) chain

Secondary Structure

MANE Select
NM_000090.4
Sequence length
5490 nt
GC Content
0.5220

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2127.2 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -2220.8 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1070.9
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_000090.4 GGCUGAGUUUUAUGACGGGCCCGGUGCUGAAGGGCAGGGAACAACUUGA… 5490 nt 0.5220
NM_001376916.1 GGCUGAGUUUUAUGACGGGCCCGGUGCUGAAGGGCAGGGAACAACUUGA… 5490 nt 0.5220
Summary

This gene encodes the pro-alpha1 chains of type III collagen, a fibrillar collagen that is found in extensible connective tissues such as skin, lung, uterus, intestine and the vascular system, frequently in association with type I collagen. Mutations in this gene are associated with Ehlers-Danlos syndrome type IV, and with aortic and arterial aneurysms. [provided by R. Dalgleish, Feb 2008]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
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