Basic Information
Symbol
COL3A1
RNA Class
mRNA
Alias
collagen type III alpha 1 chain
Ehlers-Danlos syndrome type IV, autosomal dominant
collagen, type III, alpha 1
EDS4A
EDSVASC
PMGEDSV
collagen alpha-1(III) chain
alpha-1 type III collagen
alpha1 (III) collagen
collagen, fetal
Collagen alpha-1(III) chain
Location (GRCh38)
2:188974371-189012746
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_000090.4
Sequence length
5490 nt
GC Content
0.5220
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2127.2 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-2220.8 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1070.9
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_000090.4 | GGCUGAGUUUUAUGACGGGCCCGGUGCUGAAGGGCAGGGAACAACUUGA… | 5490 nt | 0.5220 |
| NM_001376916.1 | GGCUGAGUUUUAUGACGGGCCCGGUGCUGAAGGGCAGGGAACAACUUGA… | 5490 nt | 0.5220 |
Summary
This gene encodes the pro-alpha1 chains of type III collagen, a fibrillar collagen that is found in extensible connective tissues such as skin, lung, uterus, intestine and the vascular system, frequently in association with type I collagen. Mutations in this gene are associated with Ehlers-Danlos syndrome type IV, and with aortic and arterial aneurysms. [provided by R. Dalgleish, Feb 2008]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
