Basic Information
Symbol
ACTN4
RNA Class
mRNA
Alias
actinin alpha 4
focal segmental glomerulosclerosis 1
ACTININ-4
FSGS
FSGS1
alpha-actinin-4
non-muscle alpha-actinin 4
Alpha-actinin-4
Non-muscle alpha-actinin 4
Location (GRCh38)
19:38647605-38731589
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_004924.6
Sequence length
4990 nt
GC Content
0.5858
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1949.7 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-2029.95 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1404.68
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001322033.2 | GAAGCAGCUGAAGCGGCGGUAGCGGCGGCGGCUCGGGCAGAGGGGCGGG… | 4975 nt | 0.5833 |
| NM_001411143.1 | GAAGCAGCUGAAGCGGCGGUAGCGGCGGCGGCUCGGGCAGAGGGGCGGG… | 4990 nt | 0.5854 |
| NM_004924.6 | GAAGCAGCUGAAGCGGCGGUAGCGGCGGCGGCUCGGGCAGAGGGGCGGG… | 4990 nt | 0.5858 |
Summary
Alpha actinins belong to the spectrin gene superfamily which represents a diverse group of cytoskeletal proteins, including the alpha and beta spectrins and dystrophins. Alpha actinin is an actin-binding protein with multiple roles in different cell types. In nonmuscle cells, the cytoskeletal isoform is found along microfilament bundles and adherens-type junctions, where it is involved in binding actin to the membrane. In contrast, skeletal, cardiac, and smooth muscle isoforms are localized to the Z-disc and analogous dense bodies, where they help anchor the myofibrillar actin filaments. This gene encodes a nonmuscle, alpha actinin isoform which is concentrated in the cytoplasm, and thought to be involved in metastatic processes. Mutations in this gene have been associated with focal and segmental glomerulosclerosis. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
