Basic Information

Symbol
CSPG4
RNA Class
mRNA
Alias
chondroitin sulfate proteoglycan 4 MCSPG MEL-CSPG MSK16 NG2 MCSP HMW-MAA CSPG4A melanoma-associated chondroitin sulfate proteoglycan chondroitin sulfate proteoglycan 4 (melanoma-associated) chondroitin sulfate proteoglycan NG2 melanoma chondroitin sulfate proteoglycan Chondroitin sulfate proteoglycan 4 Chondroitin sulfate proteoglycan NG2 Melanoma chondroitin sulfate proteoglycan Melanoma-associated chondroitin sulfate proteoglycan EC 2.7.8 EC 3.6.3
Location (GRCh38)
15:75674322-75712848 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001897.5
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_001897.5
Sequence length
8290 nt
GC Content
0.6352

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3873.64 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -4004.81 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2593.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((.((((...)))))))))......(((((((.(((((((....(((((((.((......((((((.((.......)).))))))(((((...((((.((((((((......((((((.((((((((((..((((((((((((((((((((((.((((.(((...(((((((..(((((...((((.....)))).))))).))).))))...))).)))).))))))))((.(((..(((((((((((((.(((((((((((..((..((((.((((((((((((.((((((..........((((..(((((((((....(((((.((.((((.(((((((.((((((((.((((((((((((((.((((..((((.(((((.....)))))))))..((((((((((((((.((((((.(.(.((.((...)).))).).)))))).)))(((.(..((((((.(((...(((((((.....(((((((..((((((.((((((.(((....))).))))))..)))))).)))))))..(((((((((((..(((.(((((..........))))).)))((((((......))))))..((((...((((.(((((((((..(.((((((((.......)).)).)))).).((.((.(((.(((..((((.(((((...((((((((.(((...))).)))))(((((..(((((((((((((.((((((((...)))))).))..)))).....((((....))))........(((((((..((.((....(((((....(((((((((((((((.((((.(((((..((((....))))..))))).)).)))))((((((.(((((((((((((.(((((((.....((.(((((.((((.....))))(((((.((((((.....(((.((.......)).)))...)))))).)))))(((....)))))))).)))))))))..))...(((((...))))).((((((((((.((((......))))..)))(((((((((((((((((.........)))))))))...(((((((.....((((((.((((((((((..(((((..(((.(((..(((....)))..))))))..).)))).))))))..))))..))))))..((.((.((..(((((((......))))...)))..)).)).))...)))))))))))))))..)))))))((((((...)).))))......))))))))))).))))))((((((.((((((((((((((((........(((((((.(.(((((((((((..((((((((.((...((((...(((((.((..(((((...)))))...))))))))))).))))))))))...)))))))).)).).).))))).)).((((..(((((.(((..((((((((((((.((((.........)))).)))))))((((((.((((((((((.((((..((((....(((((.....(((((((....((((.......))))....))))))).(((((((((.((.......)).)))).)))))..((.((.((((...)))).))))(((((((((((..((.((((((....((((((((((((((((............(((((...........))))).((((.((((.(((.((((((((...)))(((((((((.....(((((((.((.(((((((((..(((((..(((((((...(((((.(((..(((((((((........))))))..((((((((((((..((((((((((((..(((.....((((.(((((..((((.(.((....)).).)))).)))))))))((.(((((..((((((..((((.((((......)))).))))..))))))..))))).))...........))))))))).))))))....)).).)))))))))(((.(((((((..((((.(((....(((((((((...))).))))))....))).))))...))).)))).))).((.(((........)))))))).))))))))((((((((((((((((..........(((((........)))))..)))))))))).).))))).))))))).)))))))))))..))).)).)))))))((((....)))).......))))))))))))))((((.((((.(.(((.....))).).))))))))..))).))))...)))).))))).))))))))))))))))))).)))))))).)))...((((((((((.((.((((((((.(((((.((((((..((((((....)))).)).)))))).)))))..(((((..(((((.(((((.((((((.((((.(((((((((((((..(((((.(((........((((((((((((((((((((.(((..(((((.(((((((.(((.((.(((........))))))))(((((.......))))))))...)))).)))))...)))..((((........((((((..((((((...)))))).(((.....)))((((.(((((((((((....(((.((.(((.((((((.((.....)))))))).))))).))).(((.((.....)).)))(((((....(.((((((...................................)))))).).....)))))))))))........))))).))))....)))))))))))))))))))))...))).)))))).....(((((....)))))...((.((((((........(((.((.((((.((((((((((.(((.(((((.(((.((((((.(.((.....)).).)))).))))).((((((......)))))).......))))).))).)))))(((((....))))).......))))).)))).))..))).((((((((....((.(((.((..(((((.((.(.((....))..).)).)))))..)).))))))))))))).....(((((((.....((((((....(((((.(((((((((((((.((...((((..((((((.((.((((..(((((((((.(((((((((....))).......(((..(((((((.(((......))).))))))).))))))))).)))))))))....))...(((((((.((..((...(.(((.(((((((.(((.....))).))))))).))).)))))))))))))).))))))))..)).))..)).)).)))))..))))))))((((((((((....))))))).))))))..)))))).......))))))))))))).))))))))))((((.((((........))))...))))...)))))))))).(.(((((((....)).))))).)))).)))).))))))..).))))...))))).....(((((...((((.(...).)))))))))..........))))).(((((((((((((((((((((((.((((...((((((...((((....((((.(((((.((.(((((.(((...((((((((((((((...((((...)))).((....))....((....((((((......))))))..))(((((.((((..(((................)))..)))))))))))))))).....)))))))....))).))))).))....((((((....))))))..))))))))).)))).))))))...)))).))))..(((((((((((((((((..(((((..((((...........(((((((.((((((.(((....((((((.((((((((.(.(((.((.((((((((.(((......)))((((.(((((.....(((.((..((((((....))))))..)).)))))))).))))((((((...(((((((((((((((((((...(((((.......)))))......))))))).((.(((((((((..((.((((.(((((((.((((((((((((.(((....((((((((((...(((.(((((.........))))).))).))))))))))........))).))))))..)))))........((((((.................))))))....(((((((((((((.......))))))......))))))).).)))))))..)))).)).((((((..((((((((((((((........)).))))).)).)))))((((((.(((.....)))..)))).)).((((.....))))...))))))..(((....))).....(((((...((((((....((((..(((((.....(((.((((((.((((((...((.....................))...))))))((((((..(((((.(.((....)).).)))))..))))))..((((....))))..)))))).)))...)))))..)))))))))).....)))))))))).))))))...))))))).))))))))))))))))))).))..........))).).)))).))))...)))))).))).))))))..(((((.......((((((......((.(((((((....))))))))))))))))))))((((((.((((..(((..(((((.....))))).)))....))))...))))))...))))))).((((((.(((.......))).))))))((((((.(.(..((......)).).).))))))...(((((..(((.(.((((((......((((.(((((((((.....((((((.((((((((........))))..)))).))))))..)))))))..))...)))).(((((((((((...)))).))))..((((.(...((((((....(((((......((((.(..(((.((((((....)))))).))))))))......))))).)))))).).))))))))))))).).)))..))))).......)))).)))))..))))))))).)))))))))))))))))..(((((..((((.((......)).))))..))))).....)))))))))))))))))).)).)))))).)).))(((((((..((((....))))...))).)))).....)))))))))....)))).))))))))))..))))))((((((((((....))))..))))))(((.((.(((((((((..(((.(((((((...(((((((.(((((((((......)))))))(((((((....)).)))))..)).)))))))...)))))))))).)))))).....))).))))).))))).))))))))..))))))))))))))))...)))).))))))...((((((((.....))))))))...........)))))))))..)))..)))))...)).))...))))))).((((.(((((((((((.(..(((((((.((...((((((((.(((.....))).)))))))).)).))))))).).))))))(((((((.(.(((..(((....((((.....))))))).((((((((.(((((((((.(((.(((((((((((((.((.(((((((...(((((.(((((((((.(((.(...(((.(..((((.(((.((....)).)))))))..).))).).))))))))))))...))))).)))))))..((((.((((........))))..))))....((.((.(((((.(((......((((.((((((((...)))))))))))).......))).))))).)).))((((((((..(((..((((((((...((((((((...(((((.((.(((((((.((((...))))..)).))))))))))))...))((((((((.(((((...............))..))).))))))))....))))))......))))))))..)))...))))))))(((((((((.((..(((((...(((((....)))))))))).(((((...))))))).)))))))))..)).)))))))...)))))).)))))))))))).))))))))))).))))))))....((((((.(..(((((((.((.(((((..(((...(((...((((((.(.((((.((....)).)))).).)))))).))))))))))).)).))))...))))))))))))))))))))))))))))..))))).)))..)))))..)))))))))).)).))))))))))).)))).)))).))))))))))).((((.(((((((.((((..((((((((.....)))))....((((((((((...(((((...)))))...((((((((...((((......(((((((......((((((..........))))))......)))))))))))..)))))))).((((.((((((((((..(((((.(((((((.((......)).).(((((((..(((((......((.((((((......(((((.((((((((((...))))))))))..)))))....)))))).))........))))).)))))))....)))))))))))((.......)))))))))..)))...))))....((........))((((..((.(((......))).))..))))..((...))...((((((((((((..((((..((....))....))))..)))).)))))))).....)))))))))).)))..)))).))))))).))))))))))))))...))))))..)))).(((((((((.(((((((((((...(((.((........)).)))...))))))).(((((((.(((.(((((.(((....)))))))).))).)))))))((.(.(((((((((((((....(((((((.(((((((...........((.((((..(......)..)))).))))))))).)))))))....(((((.....))))))))))))))))))).))(((((...(((((((........))))))))))))....)))))))))))))))))....))))))))))).))).)))....)))))))).)))))))).))))))).)))).....(((((((((((((((((.....((.((((((((((.((((((((((((((.........))))))...)))))))))).......(((((.(((.((((..((..((((((((((((((((....(((((....)))))..))))))).)))...))))))..)).)))).))).))))))))))))).)).......((((((((((....((((((((.(((...)))))))))))...))))...))))))...((((((....((((...(((....)))..))))............))))))...))))).))))))))))))....)))))))......)))).)))))))))............))).)))..))).)))))))..)).))))...))..)))).)))))))..)))))).)))))))))).))...(((..(((((.........)))))..)))....(((....)))))))).))..)))))))))))))))))))))))......))).....))))).))))))))))).)))))))....)))).))))).))).))((((.(((((((((..........((((((((......))).)))))(((((.(((((.(((.((((((((............)))))))))))(((((((((.((((......)))).))).))))))....(((((((....)))))))((((((((...((((((.(..(((((((.....)))).)))..)))))))...))))))))..)))))))))).))))))))).)))).))))).((((((..(((....((((..((....)).))))(((((((((.((((((...(((...)))))))))...)))))).)))..................))).)))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.((((,(((((.((((...)))))))))....,((({{,||,{{{((((,,,.{(({(({.,{,,||.,||}|||{..(((.,,,,,,,|||..||||{...((((.((((((((.,....(((((((((((((((((..((((((((((((((((((((((.((((.(((...(((((((..(((((...((((.....)))).))))).))).))))...})).)))).)))))))){(.(((..(((((((((((((.(((((((((((..((..((((.((((((((((((.((((((({{,,...,{((((,,,((((((((.(((((((.(.((((((.((((.(({.(((((.,.))))),))}||||,.}}||}}.|}}}||,||}}}.}))))|||||(({{((((({{(,{{.,{||||{{{{(,{{{{{{{.|,{|||{|{||}.||||||,,|{{||((({{{{(((...(((((((.....(((((((..((((((.((((((.(((....))),,)))))..)))))).))))))),{((((((({((((.{{{.||||{...{,,,,..}||||{|||(((((((({(.{((,((({.......}))}.}}}(((((((((((((((((,,..,,..,{{{{..,.((((((((.(({.(.(((((((((..(((.(((,(((({((((((((((.{{(((((((((...((((({....,(((((((((((,..,.,(((.,.|{{{...,},.((({....})))..........(((....)))..)))}.)))},)))))))))))))))).))))))....(({..((((((((({...||||({{{,|,|((({(({{{{(({{{{...{||||,|||.}},}..,|}}}}}}.}|,}},}))},})||||.{((((....))))}..}}))}))))))))))..}))....((((((.((..((.((((((,.{{({{{{,,.,,....(((({...}||)),||,,,|{{{,.((({|.||{.,}})}|{(((((((....))))))))},.{((((.((((((.(((((..(((((,....((((((.((((((((((..(((((..((,,(((..(((....)))..))))))..).)))).))))))..))))..))))))((((((((,,..{{{{{(({...{{{{..((((((,({(((((.((((((((.(({((((({{{{{{{{..{{{{,,,..,)}.),)),}....)))))))).}||}||||..,,.)))},)))}}))),)).}))}),}}..})||||(|(|(((((((((((,{((((((((.{(,,.((((...((((({((..(((((...)))))...))))))))))).)))))))))}.,})))))))).}},}.)}}}})}}))))))).,.)))))..)))))))))))...))))||.....},.))))))),)).||(((.(({...))))))))))))).))..)).))))))....))))))))))))))}.........((((((({.....,,.).))))))).{{,.(((((((..((((((((.(((((((..(((...((((....(((((((((((..((.((((((....((((((((((((((((,,,,........(((((,..........))))),((((.((((.(((.((((((((...)))(((((((((.....(((((((.{{.((((((((,.{(((((..{((((((,,,((((,,(((..({(((((((.,.....,)))))),.((((((((((((.,((((((((((((..(((.....(((,{(((((..((((.{.((....}),).)))).)))))))))((.(((((..((((((..((((.{{(({,....))))}))))..))))))..))))).)).........,.))))))))).)))))).,..)).),}))))))))(((.(((((((.,((((.(((....(((((((({...})),})))))....))).)))).,.))).)))).))).{{.{{(,,,,....}})))))}.)))))))){{{(((((((((((((.{,.....,,{{{{,...}}}..,},.}}})))))))))).).))))).))))))).))))))))))).,))).}}.)))))))((((....))))...,...))))))))))))))((((.((((.(.(((.....))).).))))))))..))).)))),,,)))).))))).))))))))))))))))))).)))))))).))).{((....)))))))....(((,,(((((((.((((((..((((((....)))).)).)))))).)))})))).).))))))..)))))))...))))))))..))))},...))).,}}).))})))...)}}...)))))))))}}))).)))))))).,,|)))))}}.....))))))))).((({..{|||,,||,,{{{{.......),))})))}..))))....)),.,)))))))}....,,.,))))},,..))}})}},,,.))))}))),,|{{(((.((.,..(...,,{,{{,{||||}||,{{,.,((((((((,,..{|{(((||,.})))}|},(((((((((..{,,,..,,|||||.,{{{{,{{{{{{..,{((({({.,,,,.,(((,,,.,,,...((((((((((.(({.,((......))))).))))))))))...,,..,,}}||.,,,}||||||{|||||||||,||,||{|{{,,,,,{{{{{.,,,,}|}|,{{{,.,,|{|{{{|||,{{{(,.,|,||||,}||,||||||,||{,||||||||,{((|{{({({(({.{{,|,,|.}}}}.}}},,.((((((......)))))}..,..,.|||||,|||{|||||(((((,...}}|||,,,,.,,}}|,,,}}||,|||.{||{(|||,|||,,,,.}}|||,,,,{{{{|||{,,|}|.{|||||,.{,{||,,}|{||{|{||{|||||||||||||{({({((({.....||||{{,...||{,|.|||||{||||((({(({{.(((,..((((((,,(,((({.{((((((((({(((((((((....))).......(((..(((((((.(((......))).))))))).)))||||||{}||||}}}}.,,,||,..,{{|||||||..{{{{{({(((,(((((((.(((.....))).))))))).}},.,,|||||||||,||,|||}}})}|,}|.||.,||{||,|||}|,|||||}||,,{(((((({(,,,.}||||||.||||||{.}}}))}.,,,,,.||||||}.||..(((((((.((..((((.((((........))))...))))..)).)))))))..}))))))||...,)))))))|||||.||},}|||(((({{({({((({{..||||,|,..(((({,,,,{(,,.{,||||,||||||......{{.((((.((((.((.(((.((((((((..(((.((...((((((....)))))))))))..)).))))))))).)).))))))))})|||||........{,,,.,,)))).)))}))}))))}))},}.((((((......))))))..,{{((((,(((({{...{(.{{{.{({{{.{..|||.{{{{{((({{.,.(((((....)))))..,,...{{{{...)))).,..{{{{{(,,..}}|}||{.(((((((((..(((....{{..{(((.((((((((.({{.(((...,.|||.,,(((((..((.((((((((...{(({(,(...{{{{{{{.,,)}},.}))).})))),,)))))))))))))))))}}|{{{......)))}.))))}}))).)))).},))).))))))))).))})))})))),))),,|,|||}}...}},)))))}||{{,||||||,({(((((,((.((((({{{{.{{{||{,||{}}{||,|||||((({{,,{|,.,|||||}.}})),,)}))|||((((((.((({...((((((((((...(((.(((((.........))))).))).))))))))))........))).))))))..}},))}}}}}.{{|||}}}|,((((({{,.(((((,,({({{{,||(((((((((((((.,.....))))))......)))))}|,,(({{(,{(({(((,...{{|||.,|,{{..{{||||||{,.,)))),,)),)}}}|,|||||||||||||},||{.({(((((((.{,{.((((.((((((,,,,...,|||,.(({((({...{|,{((,...})))..}}...)})))))..|||}}...},)))))).)))),),))))))}.,,.....{{{{{{,{(({(,,..........,,.((((({..{{(((,(|({{,..}}}).))),),,))))))||||||}|||..||}|}}}}))}..))),}}})))))))}}.((((....))))...{{{{((((.{{...,,))})))..}|||.|||||||{{{.((((.(((,,(({....,,,,)}},))))))).||||{||||}}||{}},.)))|||||{...,.)))),,,|||||..((((((....))))))((({,,,.|,.||}((((((.((((..(((..(((((.....))))).)))....))))...)))))),|,},||,},.}}|)||,{(({{,....,))}))|||||||||||||||||}.{(((((,{(({((((((,,(({((({(({{{{{.||{||,{||||.{,,,,(({((((((,,,,,,{{(((.({(((((({{..{{{{||||{{||||.}},}}}..|||}|||,|||,..}|||,.((((((((({...}))}{||}||{{{|}|||,}}}}}))....||||||.}}}}||{|.|..|||,||||||,,,,)))))).)))})))),,,,.,,{}|||,||||}||,,,,.|}||||{||||((((((.(((.(((((.......))))).((.((....)).)).)))}))))),.,.}}|||{|,,||{{.||,,,,,.)}.}|||,,|||||...,.{{|||({{{,{(((({{(....}).}}||{|||||||.,.(((((.,{((,,{((((((((((..........)))))).(((((((...)))))))....||,||,,{{{{,{{(({.{,||||,..|||||{{||}.}}{{((((({,.(((.(((((((...(((((((.(((((((((......)))))))(((((((....)}.)))))..)).)))))))...)))))))))).))},.,|,,....,||{{{(((((({(((({{.(((((((((({.(,((,(((...}},..}|,|,}}}}|||||||(,{{.,}}},,})),}}....,,,}.)}}}}}.,}||||,|}|||||||||{{{{,((((((({,((((,(((((((((((....(((((((,((...((((((((.(((.....))).)))))))),)).))))))).).))))))||{{{((,({(({.|{{{,...((((.....))))}}}|||{{{({(|{{{{{({||{{{{.|||{{{{{{{(({,(({(((((((...(((((.(((((((({{(((.(...(((.(..((((.(((.((,...)),))}))))..).))),).))))))))))))...))))).)))))))...|||,|{|{........)})}},)))}}}}.||}|{}||||{}||{.|}}}}||||||(((((({...})))))))))))}}.....)))}))))).))}))||{|||{,..|||,.{|||||{{,,,||{{||||...(((((.((.(((((((.((({...})))..)).))))))))))))..}))||{{{{{|,|||||.......,,,,},..)),,}}),)}})))))}},.}}}}},......,,,)))))}}),)},})))))))}|,|||||||}||..}||||.}}|}||}}..,}}},}||||.{(((((...)))))},.},))))}}},|||||,||}||{,.||||||{||}|||}}||||{|}},))))))}})))))}}),,,}||||||,.,}||,||||,||}|||||..|||,},||{.,}||{|||,|,|,|||((||||||,|||},||||||,},)))}|)}})))|||.||||{{.,||{}}}}}})}))}}}))}},)))}.(((((((((....))))).)))).))),,.}}.)}}||}|})})}|||})}}}}))}))))||||}}},|||||||((((,,{{{{{{{{{{{(|{|{|..,,,,.}))},)))}})))}.}})))}.)))),}})))}||((((((...((({.....{(((((((......((((((..........))))))......)))))))))))..))))))}}.((((.((((((((((..(((((.((((((..{(......)).}.(((((((..(((((......((.((((((....{{(((((.((((((((((...))))))))))..))))).},.)))))).))........))))).)))))))....)))))))))))((.......)))))))))..}))...))))....{{,.....,.})((((..((.(((......))).))..))))..||,,.)}...((((((((((((..((((..(,....,}.,..))))..))))}})))))))..,,.))},))))))).)))}))),.)))))))))})))})))||{{{((({|||}}|.|||.((((((((((.(((((((((((...(((.((........)).)))...))))))).(((((((.(((.(((((.(((....)))))))).))).))))))).,...(((((((((((({....(((((((.(((((((.{.{{{..,..{{.({{{..{....,,}.,})))}})))))))).)))))))...,(((((.....)))))))))))))))))),.}|(((((...(((((((........)))))))))))),...)))))))))))))).))))..)))}))}})})})}...},}}}}),,,))))),)))))))}))),|||.,}.,..,..||((({...||||||....))}}|.}|||||||||}{|||||{{{|{|||}|},,,,},)))))},,,)}}}))))},}},..}}||{|,,|||}|{||},||,.|||||(((((((((((.,..(((((....))))).,))))))).)))).,))))))}},,|||||,|||{|||,||||||||,.,.....}}}},{((((((({{..,,||||||.||.,,.,,}}})))),)}}}))))}},)))),},).|}))|))))}}|,}}}}|||},..))}..,,||,.....,.}))}))}).))))))))).})}}}}}}}})))))})))}}}}}}},.})))),,,||..},..)}...,,....))),)))..))).)))))))..)).))))..,))..)))).)))))))..)))))).)))))))))).}}...(((..((((({(,....}})))))..)))....{{,.,...))))))).))..)))))))))))))))))))))))....,.))).....))))).)))))))))|}.||}}}}},,,.}}}}.))}}}.)))},)}}||}{((((((((..({{{.,,.{(((((((......))).))))}(((((,(((((,,{{.((((((((,,..........))}))))))}((((((((((.((((......)))).)))}))))))){{{((((((({{..,,)))),||||||||...((((((.(..(((((((.....)))).)))..))))))).,.)))))))),,)))))))}}}.))))))))|||||{.,},))}))))))},..{{{..(((({.,({{|.||...,,(((((((((.((((((...(((...)))))))))...)))))).))).................}),)}))))))).}}.

Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001897.5 GCGCCCAGGAGCAGAGCCGCGCUCGCUCCACUCAGCUCCCAGCUCCCAG… 8290 nt 0.6352
Summary

A human melanoma-associated chondroitin sulfate proteoglycan plays a role in stabilizing cell-substratum interactions during early events of melanoma cell spreading on endothelial basement membranes. CSPG4 represents an integral membrane chondroitin sulfate proteoglycan expressed by human malignant melanoma cells. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image