Basic Information

Symbol
DDX42
RNA Class
mRNA
Alias
DEAD-box helicase 42 RNAHP RHELP SF3b125 SF3B8 splicing factor 3b, subunit 8 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 42 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box helicase 42 DDX42P ATP-dependent RNA helicase DDX42 SF3b DEAD box protein splicing factor 3B-associated 125 kDa protein DEAD box protein 42 RNA helicase-like protein RNA helicase-related protein Splicing factor 3B-associated 125 kDa protein EC 3.6.4.13 EC 3.6.1
Location (GRCh38)
17:63773603-63819429 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_007372.3
BLAST PRIMER
NM_203499.3
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_203499.3
Sequence length
3959 nt
GC Content
0.4812

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1269.2 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1346.69 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1056.73
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_007372.3 CAACGGGCCGUGAGGCGGUGGCGGUGGUGGCGGUGGCGGCGGCGGUGGU… 4032 nt 0.4782
NM_203499.3 GUUCCCCUCCCCCCUUCAGCAACGGGCCGUGAGGCGGUGGCGGUGGUGG… 3959 nt 0.4812
Summary

This gene encodes a member of the Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD) box protein family. Members of this protein family are putative RNA helicases, and are implicated in a number of cellular processes involving alteration of RNA secondary structure such as translation initiation, nuclear and mitochondrial splicing, and ribosome and spliceosome assembly. Members of this family are believed to be involved in embryogenesis, spermatogenesis, and cellular growth and division. Two transcript variants encoding the same protein have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image