Basic Information
Symbol
DENND1B
RNA Class
mRNA
Alias
DENN domain containing 1B
MGC27044
FLJ20054
connecdenn 2
family with sequence similarity 31, member B
chromosome 1 open reading frame 218
DENN/MADD domain containing 1B
C1ORF18
C1orf218
FAM31B
DENN domain-containing protein 1B
Connecdenn 2
Protein FAM31B
Location (GRCh38)
1:197504748-197775706
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_001195215.2
Sequence length
8365 nt
GC Content
0.3604
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2147.21 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-2317.2 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
2195.33
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_144977.5 | GCAAGAAGGUGCAGGAGCCGCAGCGGGCGGCCCCGGUCGCAGGAACUGA… | 2327 nt | 0.4349 |
| NM_001300858.2 | GCAAGAAGGUGCAGGAGCCGCAGCGGGCGGCCCCGGUCGCAGGAACUGA… | 2478 nt | 0.4447 |
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| NM_001195215.2 | GCAAGAAGGUGCAGGAGCCGCAGCGGGCGGCCCCGGUCGCAGGAACUGA… | 8365 nt | 0.3604 |
| NM_001142795.1 | GACUUCCUGAUUUGCAAGAAGGUGCAGGAGCCGCAGCGGGCGGCCCCGG… | 2689 nt | 0.4634 |
Summary
Clathrin (see MIM 118955)-mediated endocytosis is a major mechanism for internalization of proteins and lipids. Members of the connecdenn family, such as DENND1B, function as guanine nucleotide exchange factors (GEFs) for the early endosomal small GTPase RAB35 (MIM 604199) and bind to clathrin and clathrin adaptor protein-2 (AP2; see MIM 601024). Thus, connecdenns link RAB35 activation with the clathrin machinery (Marat and McPherson, 2010 [PubMed 20154091]).[supplied by OMIM, Nov 2010]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
