Basic Information

Symbol
DOCK9
RNA Class
mRNA
Alias
dedicator of cytokinesis 9 KIAA1058 ZIZ1 zizimin1 dedicator of cytokinesis protein 9 cdc42 guanine nucleotide exchange factor zizimin-1 Dedicator of cytokinesis protein 9 Cdc42 guanine nucleotide exchange factor zizimin-1 Zizimin-1

Secondary Structure

MANE Select
NM_001366683.2
Sequence length
7631 nt
GC Content
0.4554

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2253.1 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -2402.47 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2345.95
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((.(((((...(((((........)))))..)))))..(((((((((((((((..((((((.((....((((.((((((..(((((.((...((((((((((.(.(((((..(((.(.(((((((..(((((((((((((((.........)))))).)))))))))...)).....))))).))))...))))).).))..)))))))).)))))))))).))))))).((((.((((....((....))....))))))))((((((((((...(((....)))..(((((...)))))...(((((..((((((((...(((((.(...((..((((((((....)))..)))))..))...))))))....)))))))))))))......(((((((((((((..(((((..((((((((........(((((....)))))(((((.((.(((((((.....)))))..((((((...............))))))..((((((((((((((((((.............((((....)))).(((.(((((((...(((((.(((..(((((.....)))))))).))..)))....))))))).)))((((..(.((...((((.(((((((((....(((((((((((......)))))..)))))).(((((.((((.......((((((....(((((...(((((.(((........(((........)))........))))))))...(((((((((.(((((((....(((((((((((....((((((...(((((..............)))))..(((((((((.((((((.((((((((.(((...))).)))..(((..((((((((((....)))..)))))))..)))............((((((((((((..(((((((((.((..((((.....(((((..............)))))))))..)).)))))...))))...))).(((...((......))...)))............((((....((...))....)))).(((((((((.(((....)))...))))))))))))))))))(((.......)))........(((....))).......(((((((.(((((.((((((....))))))...))))).)))))))))))))))..))))))))))))...))))))....)))))))))))...))))))))))))))))(((((((........)))..))))...))))))))))).........(((((((((.((((..(((((((((......................)))))))))..........(((.((....)).)))........))))..(((..((((((.((((((.(((........))).((........)))))))).))))))))).(((((((.....)))))))....)))..))))))....))))))))))))))))))((((.(((((((.((((((((...(((.((.((...(((......))))).)).))).))))))))..(((((((((((.(((.((((.(((((.(((((((((....(((.(((....))).)))....)))))......(((((((((((((((..(((((((((((...(((((.((.((........))))....((((((((.((((((((.(((....((.(((((((.((((((((.(.((....))).))))))))((((.......)))).((.(((.....))).))....)))).))).)))))))).)))))........((((..(((((.(((((.(((((.((.....)).))))).).))))(((((((((....).)))))))).)))))..))))..((((((((.(((.(..............((((....))))...((((.((((...(((((.(((....))).).)))).....(((((...)))))..............((((....((((((((.(((...........(((((((((((((...........(((........))).(((((((.((((........(((.....))).((((((....))))))((.(((.....)))))))))...............)))))))((((((((.((((((((.....))))).((((((((...((((((..((((((..(((........)))..))))).)..)))))).((((((..(((..(((((((((.((((((........)))).......)).)))).)))))))).)))))).)))))))).(((.(((((..(((((...(((((((.(((.....(((((.(((((((((.(((.(((........))).))).)))..).)).))).))).))....))).))))))).)))))))))).)))....))))))))))).))))))))))))).(((......)))...........)))))))))))))))....(((((..((((....(((......)))))))..)))))..))))))))....).))).))))))))...(((((.....((........))..)))))))))))))((((((..((...........))..)))))))))))))))))((((((((((...(((((..((((.((((((...................(.((((..((.(((....)))..))...)))).)(((((((.....)))))))((((((((...(((.((((((..(((((.((........)))))))..)))))).)))(((((....(((.((((((((((..(((...)))))))))....(((.......)))..)))).))).....)))))......)))))).))........((((.(((..((((..(((.........(((((.((((((((((((.((.....)).))).)))))...........(((((((((((...((((.(...((((.....(((((.(((......))).))))).((((((.........))))))))))...).))))....))))))).))))........)))).))))).)))..)))))))))))...)))))).))))))))).)))))((((((((((((....((....)).((((((..(((((((((((((((((((((((((...(((.(((...))).)))))))))..)))))))..)))).)))(((((((((..((((((((........(((((((((.((....)).)))))))))....)))))))).((..((((..........)))))))))))))))...((((........))))...(((((((....)))))))..........(((((....)))))..)))))..)))))).))))))))))))(((((.((....)).))))).)))))(((.((((....).))).))).....)))))......))))))))...(((((((((.((((((((((.(((....)))........(((((((...(((((((((.(((((((((((((.((....((((((((((.((..(((.(((((...........)))))......((((((.((..(((..(((.((..((((((((((.((((((.(.....).)))))))).))).....)))))..)).)))..))).)))))))))))..)).)))))))))).((((((.(((((.((((((((((...........................))).)))))..((.(((......((((((((((......(((((((((((....(((((((((((......(((((((.(((....(((((((.((((.....(((..(.(((.(((.(((....))))))))))..)))......)))).))))(((((((((....((((...((((((.......))))))....)).))........(((.(((((((((........))))))))).)))..(((((((((.((((..............(((.((.(((.((((.....(((((.....(((...........))).....))))))))).))).)).))).)))))))))).)))....)))))))))((((.(((((((.........)))))))))))..((.((((.....((....))..))))))..)))...)))))))))).....(((.((((..(((..(((((..((((.((((..((..(((.......)))..)).))))))))..)))))....)))....)))).))).......((((.((((....(((((((((.((((((((.((((((....))).))).....((((((((((((..((((((..((((((...(((((((((.....)))))).)))........((((((......(((((.((((((.(((((...((((.....))))(((((((((........)).))))))).((.((....)).))(((..(.((((((..(((....)))..)))))).)..))).((((((((((((.((((((((((((((((((((.....((((....))))(((....((((.((..((.(((...((((.......))))...))).)).)).))))....))).)).))))))(((((..(((((((((.(.((((((((.(((....((((((.((.((((((.(((((......((.((((..(((.((((((.((((((((......)))).(((((......).))))(((......))))))).)).)))))))..)))))).......))))).)))..............))).)))))))))))....((((......))))....(((((..((((((.....(((((.((.(....).)))))))...)).)))).)))))((((.......))))...)))))))).).))))))))))))))......((((..(((((...(((.(..(((((.(((((......)))))........)))))..).)))...)))))..))))...............))))))))))..((((((...(.((......)).)...))))))...........)).)))))))))))))))))))))))...)))))........))))))((((.......))))......))))))...))))))..........)))))))))...)))(((.((((.((((((((((((...((((((((......(((...((.....))...)))......))))))))...)))))...))))))).)))))))...((((((((((((.....))))(((((.(((((((((((...(((((....((((...................))))......)))))....)))).))))))).)))))......)))))))).....))))))))..)))))))))...)))).)))))))))).)))))..))))...)))))))((((((..(((....))).....((((((....))))))((.(((((((((........)))).))))).)).....))))))))))))))))......))).)).))...))))).)))))).)).))).)))))))))).)))))))))..)))))))..((((((((.....(((..............)))...)))))))).)))).......)))))).)))..))))))....)))))))....((((((((((.(((((..(((.........((((..(((((...((.((.(((....))).)).)).))))))))))))..)))))......(((...(((.((((........)))).))))))..))))))))))(((((((....)))))))......(((((((((((................((((...((((........)).))...)))))))))))))))))))))))).))))...(((((....))))).....((.....))...((((.........))))..(((((.(((((((((((........((((.((....))...)))).......)))))))).....))).))))).....)))))))))))))).(((((....))))).....)))))))......)))).....)))).)).)..))))..........))))))))))))))).))))))).)))))(((((((.(((...))).)))))))))))))))..)))))...)))))..........))))))))(((((((...........))))))).))).)))))))..)).))))))))))))))).((((((......(((((.........)))))......))))))....(((...((((((((((....))))))))))...))))))))).....((.(((((((((..((((((..(((....)))...))))))...))))...))))).))......((((((((((...(((((.(((((.......((((...........))))))))).).))))...)))))))))))))))...........((((.((((........)))).)))).)))))..........................((((((((((.((((.((((((((((((((((((.((....)).)))))))))..(((((..((.......))..............((((....((((.(.((((((.((..(((((((((((((((...(((((..((((..((((((.(((((((.....(((((((((((...((((.((((.((.(((((....(((.((.(((((((((..(((....)))......((((......)))).((((((....))))))......))))))))).)).)))....))))).)).....(((((.(((((((((............(((((((((((((.....))))))))..)))))......(((((((...))))))).........................((((((((....))))))))..))))))))))))))).))).))))..))))))))))).....)))))))..))))))..))))....)))))..)))).))).)))..))))).)))))))).).))))...))))((((.((.........))))))......(((((((((..........((((....))))........))))))))).)))))........))))))))).))))...))))((((((....(((((((((.(((((((.((((........((......)).......)))))))).))).))))))))).....))))))(((....))))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((.(((,({(((,{(({,,..,,.,,||||,||||,..{||||((((((((((..((((((.((.{{.((((.((((((..(((((.((...((((((((((.(.(((((..(({.{.((((((((.(((((((((((((((.........)))))).))))))))).,..,....,))))).))}}...))))).).))..)))))))).)})))))}))},))))))}|(((.((((....((....))....)))))))(((((((((((...(((....)))..{{(((...}}}}}...(((((..((((((((...(((({{(...((..((((((((....)))..)))))..))..,})))))....)))))))))))))...}|,(((((((((,,(({{(((((..((((((((........{((((....))))}(((((.(({(({{{{{,,,..}}}}}..((((((...............)))))).{((((((((((((((((((.....,{,,{{{.{(({.{{.||||{{{{.({{((({,,..,.,|}|||,},,{{({{{..,,,,)))),||{,|}}|,,}}}}||||{|,,,,..))))}}...,,|,.{{{(((((({{{.(((((((((((......)))))..)))))).,((((,(((({{{{...(((((({,..,(((({..{((((.((({{{....}|||,,....,,||,....,,,,}}}}))}}...(((((((((.(((((((....(((((((((((....((((((...{{{{{.....,........))}))..{((((((((.{{((({.,(((({{{{(({{{{,,,.,..,((((,({((((((((((((,.,,.|}}}}.)}},}}}....,..||,..{{((({{({((((.,..((((((.((..((((.....(((((..............)))))))))..)).)))))}..}))))..}}}.|||...||,...,,})||||||{,......,|,,|{,,...{((..{{{{.,{{{||{(((,,,(((.,{{....))},,.)))))))))},)))),,,}}).......,||,....,..,||}...|||,......|{|||,,,|||||.{{{(((,.,.}})))).,,)}}})|))))))}}}}}}}}}.,)))))))))))}...))))))....)))))))))))...))))))))))))))))(((((((........)))..))))...)))))))))))...(((((((((((..,,((.......)).}..})))))))))))..{{{.(((.((({(........}.}}}...))}}}}..(((((.|........))))).{((,.{{{{{{.||||{(.(((........))).,,..{,,,,,||||}|}}.}}}}||||{{((((,..}}}}},)))))|{{{.,||{.{||||{{|..||}}|||,|||,||||||{..{,(((((((,({{{{{({...,{(.{{.{{...{||.,,,,,))))),}}}}}}.}}}}}},|,{((((((((((({(((........|||{(((.(((((....(((.(((....))).)))....))))).||{((((((.,{,,,....((((((((((((.......(((.....))).....)))))...)))))))(((((((((..{((((((..((((((.((((((.(((((((.......(((((({..{{((((.......)))}.||.(((.....}}}.||..,,{{{{,..,{.,...,(((({{((((..{{{{((((..(((((.(((((.(((((.((.....)).))))).),,))){((((((({....}.)))))))}.)))))..)))).....,(((,......,.,,,}........,,,......,,)},,.)))))))}}..{{,{|.|{|,...,}}.||||||,....(((((...))))}..............((((....((((((((.(((....,{,....(((((((((((((.,,,,......(((........))),{{{{{{|,||||........(((....|}}|,((((((....))))))|.,(((,....}))))}|||.....,},}}...,,}})))},(((((({{{(((({(((,....))))}.((((((((...((((((..((((((..(((........)))..))))).)..)))))).((((((..{{,.{(((((((((.{{((((.,....}.)))).......)).)))).))))))}).)))))).)))))))).(((.(((((..(((((...(((((((.(((...,.(((((.(((((,(({.(((,(((........))).))).))}..}.}).))).))).))....))).))))))).)))))))))).)))...,))))))))))).))))))))))))),||{....,,))|,,.........))))))))))))))).|||...,)))|,.,...,|||,,.})))))){(((..{(((..,.....({(((((((({{{{(,{{{..((((((,{.{{,(((((...,,...,,|||.,{,,,{{(((({.....{{.(((({....|,{{{||{{|,||{{.(({(({.{((,,((({{{(({{{{{{.||||,|,,|}................{{(.((((,{{{,(({..,,}}|,.||...}}},{,(((((((.....))))))),||||.|||||,}}})))))}.,))},))},})).}}}})),}))).},,)}}}})}}))).,|.|,.}}))).}),,,.)}}}|||((((((((,(({{,.,,{{,.....,{|((({((((((((({.,,...{{{.{{{{{{..{,,.||{,,,,|....,|{{.{......,,..,.))),,,..,,...|||||..)))))),},}}))}),)})))))}.}},||,.))))))))}||{|||||||{.,{,{{....,}}},|{{{,{||.,.,,,}}}.)}))),{{{{{{..,.,,...))))))))))))..}})))},..)))))))).)}....,,)))).)))}...)))))))..)))))).))))))..)))))......}}..))))))))),..((((....)))),,,))))))){|||{{((((((({,(((((((((((((..,(((.(((...))).)))))))))..))))))).|||||.}}}||||||{{,..,{{(((((,,....,.(((((((((.({....}).)))))))))...,}}}}}}}}.{{,,{{{{..|,},....))}))}))))))}},......{{{{{{{.{{{{({,.(((((((....)))))))...||{{...((({{...,))))}..)))},.{{(({((.{((.,,{||.{}||||{,|{,,,,)).))))),),||||.,},,|}{||{(({,(({{((((,..((((.....)))),,,))}))|(((((((({(((((({{{{.(((....)))..{{....(((((({{,.(((((((({.,((((((((((({.{(....{{{{||||||,||,,,{,||||({{({({{.,,{,|{{|{,{,...((((((.((..(((..(((.((..(((((((({{.((((((.(.....}.)))))))}.))).....)))))..)).)))..))).))))))))))).,)}.}}}}}))))),{,{{(({((((({{{((((((((.{,,.......................))}|)))}}}}|||}....||||({{{|||||{..,{{,(((((((((((,...(({{(((((,,.{(((,,(({,,..,{|}.}}|||||||,.,.||.,,,.,...{,,{{.,,,|{(({,,.||||{{({{{{||{{,.....},}|,|}}|{{((((((,.{(((..,{{.,,,{{|}...}}}),,)))}},.|||||,,,}},,.(((.(((((((((........))))))))).))).}|{{||||||,||||}.,,,,......,,|||}||,|||}{{{|,....|{{{{.}},.|||}}}},}},,,.,,,.}}}.))},})))),))),}},|||,}}}}}}}}}}.}}},...,))))))}}{(((.(((((((,........))))))))))).,((,{{{,....}}}|{||||||||,,|||,|||...,}}}}}}}},.,,..{{({(((,.,(({..((((({,(((((,({{,,((,{((({{,...,|||{,||{,},,}}}}.,|||||{{,.|||....||||,|}}..,,{{{,,{,.,,,,....,{|||||{{.||{{{{{|,|{{{||,.,,))}.|||.....|||(({{{{{{,..,{((((,{(({({{.,,{{{{{{{{{..,,,)))))},))),.......||||||,,...,||{|{.{{(((,,{{{{|{,.({{{.....,}}}(((((((((........)),})))))),{|}}}..,.))})||||}}|}|||,||}},,...,.,},}}))),,}.|{.}}||(({{{{{{||||.{{||||||{{||||||||||....{((((....))))}....,.|{{{.,.,,((.(((...((((.......))))...))).)),)).}})),},})))}))}.,))))||{||}}}||,{(((({,{(({(({,..||,,,,.||||||}||}||||||,|,,{{....{((((....)))))...,{((,{,,.||||....,,}}}|.|||||},...,},})))|||...,...,)))))}))},))))))..,|||.,..)}}..,))))})))}).}}}}.......}}}.},))))))|}},}..}}|)}}}}}}),})}}}.{((((..(((({{.....(((((.((.(....).)))))))...)).)))).))))},,,{{{{,...,)))},.,,,,,,,)})}))))),||||||,|{{,...{{{{..{(({{.{{(|,{(,...||}..}||,{.,{(((({((.........,,.)})},))))),}||||..}})),,.............||||}}|}}}.{((((((,{{,{(({{,,{,||,|{{,||||||{{..{{,{{{.||,|||}|||||||||}|||||}|||{{{,,,||{.{,....,,))))|,||}}.,,..)))),..{,,}}|}||,..,}||||,{{.......,}}}}}}||,{{||,{(({({((,((((((((((((...((((((((.(,..,(((...((.....))...))).,,}.,))))))))...)))))...))))))),|||||||...((((((((((((.....))))(((((.(((((((((((...(((((...,((((...................)))).,....)))))....)))).))))))).)))))......))))))))......})))))}..,}}|||||,..,)))).))))))}})}.})))),.,)))...|||||||(((,,,..{,{....,,},,.,.((((((....)))))),({(((((((((........)))).))))),)).....,}}))))}}}))))))..,,,.}}}}.},}}}}},,},.,},||||{|,,||,,|||}}}}|||,|||||}}}|,,|||||||..{{(({(({...,,{||.,.,,,,,,},...)))...}}))})))})),,.,}}}.,)),)})}))}.}}||}||,...,}}}}},....{{((((({,{.,{,||,,|}|||,{,,|},||{|,}||||,.,.{|.||,|||}}}}))).))}),.,))))))))..,)})))))})},..,,...}}||,,(({...{{{{{|||},||||||,,|||}||||}}(((((((....)))))))...(((((((((((.{{{{{,.......,...{{{{{...{(((,,......}}.}|.|,|}}}}..,,.,})}}}}}}},.,)))),)))))))))))||},,}}|,,,}||||..,},..,{(((.........})}},.(((((.(((((((((((........((((.{{....}}...)))).......)))))))).....))).))))).,.,})))})))))))))),(((((....))))).....,}))))}.},},))))}...,|}}}},,|||}.}}))..,.,}},,,))))))))))))))).))))})).)))))(((((((.(((...))).)))))))))))))))..))))},..})))}.........)))))))))|(((((,..,........))))))).))).)))))))).)).)))))))))))))))},|||(((((((((.{.....,.})))))))}.....{{{{|||,,,,{{{,}}||||||||||,,,,,}}}}}}}}}..|))).))))).....{{.{((((((((..((((((..(((....}))...))))))...)))}..}))))},||......|||(((((((...(((((.(((((,,.....,{{{...........}}))))))).).))))...)))))))))}))))}...........((((.((((........)))).)))).))))}{{,,,,....{{,,,...,}}}}}},|(((((((((.{(((.((((({(({(((((((((.{{....}}.))))))))),,,,|||.,{|,..{{{.,|{{,{..,,....}}..))))}..})}}|,|||||||.((((((((((,..,(({{({{....|}}}}}}}}}))))})),,||||},.,,|||||||{{|||||||||.,,{,.({,{(((({{..{((,{(.{{{{{{{,,..(((..{{{||({,..{(((({,,{{{||||,{{{{{{...,||||||{....,||||}},,),)).,,)}}..,,,))}))}}}..||||||||{{{,{{|............(((((((((((((.....))))))))..)))))....,,||||||,.,.))))))),}}.,.{,{,.....,}}..,....{(((((((....))))))))..}})))|))}}}}}}},}}||||||,,}}}|}}}}|},.|{{{|||||||.{{,{(({{{,((({(({...,}}}|||}||||.,}||,.,,,,,}})},.})}}|}))}|}|,|||||,|,.,..,},,))}))}}))}}.,,.|{{{|{{{|.,{{||,,,,{{{,,,,,}},,.....,,,)}}}))))},})))},}.,,,,.))))))))).))))...))))((((((.,{.(((((((((.(((((((.((({.,......{{......)}.......,))})))).))).)))))))))..,,.))))))(((....)))))))))..,,.....

Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001130048.2 AGGCUCUGCAGACCCAGCCAGCGGGGCUGACCACUUGUGCCUGGGAAGC… 7681 nt 0.4574
NM_001130049.2 ACCCCGCCCCGAGGAGGCGGCCCGGCGAGUGGUCGCCGAGGGAGGCUGG… 4267 nt 0.4961
NM_001130050.2 AGGCUCUGCAGACCCAGCCAGCGGGGCUGACCACUUGUGCCUGGGAAGC… 4076 nt 0.4642
NM_001318849.2 ACCCCGCCCCGAGGAGGCGGCCCGGCGAGUGGUCGCCGAGGGAGGCUGG… 7803 nt 0.4729
NM_001366676.2 AGGCUGUUGAGCAGGAGCGGAUUCUAGUACGGCAGCUCAGAGCUUCCCU… 7670 nt 0.4512
NM_001366677.2 AGGCUGUUGAGCAGGAGCGGAUUCUAGUACGGCAGCUCAGAGCUUCCCU… 7632 nt 0.4499
NM_001366678.2 AGGCUGUUGAGCAGGAGCGGAUUCUAGUACGGCAGCUCAGAGCUUCCCU… 7739 nt 0.4534
NM_001366679.2 AGGCUCUGCAGACCCAGCCAGCGGGGCUGACCACUUGUGCCUGGGAAGC… 7574 nt 0.4539
NM_001366680.2 AGGCUCUGCAGACCCAGCCAGCGGGGCUGACCACUUGUGCCUGGGAAGC… 7538 nt 0.4541
NM_001366681.2 AGGCUCUGCAGACCCAGCCAGCGGGGCUGACCACUUGUGCCUGGGAAGC… 7736 nt 0.4573
Showing 1 to 10 of 14 entries
Summary

Enables cadherin binding activity. Predicted to be involved in positive regulation of GTPase activity and regulation of Rho protein signal transduction. Located in membrane. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image