Basic Information

Secondary Structure

MANE Select
NM_001391906.1
Sequence length
6397 nt
GC Content
0.4629

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1863.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1981.04 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1593.88
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
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NM_001391894.1 AGCCGUCCUGCCGGACUGCUGGAGGCGGCCACAGCGCCAUGUUGGAUGC… 6106 nt 0.4510
NM_001391895.1 AGCCGUCCUGCCGGACUGCUGGAGGCGGCCACAGCGCCAUGUUGGAUGC… 2278 nt 0.5206
NM_001391896.1 AGCCGUCCUGCCGGACUGCUGGAGGCGGCCACAGCGCCAUGUUGGAUGC… 6079 nt 0.4616
NM_001391897.1 AGCCGUCCUGCCGGACUGCUGGAGGCGGCCACAGCGCCAUGUUGGAUGC… 6352 nt 0.4613
NM_001391898.1 AGCCGUCCUGCCGGACUGCUGGAGGCGGCCACAGCGCCAUGUUGGAUGC… 6115 nt 0.4626
Showing 1 to 10 of 20 entries
Summary

The protein encoded by this gene is thought to be part of the eIF4F protein complex, which is involved in mRNA cap recognition and transport of mRNAs to the ribosome. Interestingly, a microRNA (miR-520c-3p) has been found that negatively regulates synthesis of the encoded protein, and this leads to a global decrease in protein translation and cell proliferation. Therefore, this protein is a key component of the anti-tumor activity of miR-520c-3p. [provided by RefSeq, May 2016]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
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