Basic Information
Symbol
EPAS1
RNA Class
mRNA
Alias
endothelial PAS domain protein 1
MOP2
PASD2
HIF2A
HLF
bHLHe73
HIF-1 alpha-like factor
ECYT4
endothelial PAS domain-containing protein 1
EPAS-1
HIF-1-alpha-like factor
HIF-1alpha-like factor
HIF-2-alpha
HIF2-alpha
PAS domain-containing protein 2
basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2
class E basic helix-loop-helix protein 73
hypoxia-inducible factor 2 alpha
member of PAS protein 2
BHLHE73
Endothelial PAS domain-containing protein 1
Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2
Class E basic helix-loop-helix protein 73
Hypoxia-inducible factor 2-alpha
Member of PAS protein 2
Location (GRCh38)
2:46293667-46386697
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_001430.5
Sequence length
5155 nt
GC Content
0.5259
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1767.7 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1863.9 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1352.94
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........((((((........)))))).(((((((((.((..((((..(((((...(((((..(((((((((.((.((((.......)))))).)))))))))..)))))(((((....(..((((((((..(((......(((((((.((((((((((((((((......(((......))).(((((((.......)))))))(((((((((((((....((((..........((((..((.....)).))))..........))))((((((....(((((((((((((........................((....))........((((.(((((...(........)...))))).))))...)))))))))))))..(((((...............)))))..)))))).((((..(.((((....))))..)..)))).)))))))))))))(((((((((....))))).....))))..((((..........))))....)))))))))))))))).))))))))))..))))))))..)..))))).))))).)))).)))))))).)))((((..(((((((((((.(((........))))))).)))))))(((((...(((((((....((((((((..((((((((((.(((...(((...((((((((..((..........((((......((((......))))....)))).....)).))))))))))))))))))))..((((((((((((...((((((.(((((((((....)))).)))))..((((..((((.((....))))))......)))).((((((((.((((((((...(((((((.(((....((((((.(..((((((.(((......((((......((((((....))))))((((((.(((((........))))).))))))))))....))))))))))))))))....)))..((((......(((((.((((((..((((((.........))))))))).))).)))))))))..)))))))(((((((((((...((((((((...((((......................))))....))))))))((((......))))..(((((...((..(((.(((...))))))..))...))))).((((.....))))..((((....)))).)))))))))))((((((.((((((((.(((((.....)))))....(((((((......)))))))..((.(..(((....))).).))..))))..)))).))))))..............((((..((........))..)))).....))))).)))))))))))...)))))).))))))).))))))))).)).))))))))))))).....))))).((((((((.(((((.(((((((((((.(((........))).))...((((.((((((((..(((((((((...((..((..((((.....).)))..))..))...)))))))))......)))......((((.((((((((((.(((.........)))..))))))((.(((((..((((.((((..((((((.....(((....)))....))))))..))))...))))..))))).))....(((((((((...)))))))))....((((((((........)))).)))).....)))).))))......((((...)))).((((.((((..(((((((((..((((..(((.(((.((((.(((((...(((((.((..((((.(((((.......))))).).)))...)))))))))))).))))))).((((((...)))))).((((((((.((.((((.(((((((((....))))))........((((((..((((((.........((((((((........))))))))((((((((((.......((((.(((.((....))..))).)))).....(((((....((((((((.......(((((((...(((.(((...(((........(((....))).((((..(((((((.((((((((.(.(((......))).).))))..)))))))........))))..))))...((((((...)))))).............(((((((.((.(((...(((.(((...(((((((........((((...(((((..(((((((.(((.((....(((...((.((((((((((((((((((((((..((((......))))..))).((...))...((((.(((((((((((.((((((...(..((((((.(((.(((.((((((((........((((..((((((....(((((.((...........(((((((...)))))))...)))))))(((.......)))...(((..((((((.(((.(((((.(..(((((...((((..(((....(((((......)))))..)))..))))...)))))..).))))).)))))))))..)))))))))))))((.(((((((....((((..((....))..))))))))).....)).))..)))))))))))...))).))))))..)...)))))).))))))).((((((...))))))...((((((......((((((((((((((((((..((((.((((((........))).))))))).))...........))))).((((...((((....))))..))))))).)))))))).))))))..(((((.((((.........((....(((((.((((.((((.((....))..)))).))))...(((((.........)))))..)))))...)))))).).))))......)))).)))))))))...))))).))))))))).))..)))...))))).)))))))..)))))..))))....))))))).)))..))).))).)))))))))........((((.((..((((((...))))))))))))(((((..((((...))))..)))))...........(((((.....)))))...)))))))))))))))).......))))))))...)))))....((((..(((...(((((....((((((...))))))......))))))))..)))).(((((((......)))))))......(((...)))((((((.............))))))......................(((((........)))))(((((((((((((((..((((......((((......(((((....((((((((((((.(((((...............(((.(((..((((((.(((....))).))).)))))).)))...((((((((((((.(((..((((..(((((......)))))...(((((.(((((.............))))).)))))....((((...))))..))))...))).))))))).)))))(((((((.((((((((((((...((((..........(((((..((((......................))))...))))).......)))).)))))))))))).)))))))....((((.((.((((((......(.(((((.(((.(((..(((......)))..)))))).))))).))))))).)).))))(((((((.....(((((..........)))))....)))))))))))))))))))....)))))))))).....)))).....))))............(((((....)))))...))))).))))))))))......)))))))))).....))))))..))))))......((((((((((...))))))).)))...((.((((((((((.((((((.(((((...)))))..)))))..((.(((((((....((((((((((((......)))))))).).))).)))).))).)).........).)))))))))).))(((((((((((((((.....)))).........(((.(((.((....)).))))))...)))))...))))))..))))))).).).))))))))))))))).(((((....((((.......((((........))))....)))))))))((((.....).)))(((.((((((.(....(((.(((((((..((((((......(((((...)))))......))))))((((....))))(((((((............))))))).((((((..(((((((........)))))))...))))))(((((.(((((..((.(((((((..((......)).((((((....))))))..)))))))))..))))))))))..))))))))))..).))))))))).)))))))))....)))).))))...))))))))))))))))))..))))).))))))))...((((.(((((....)))))))))(((((.((((((.((((.(..((((((((((.......)))))(.(((((((.((((.((((((.(((....))))))))).))))...))))))).).......((((((((((.........((((..(((....)))..))))(((.........(((((...............((((....))))((((((((((.((((......))))......((((.((.((((......)))))).)))).((..(((((......)))))))))))))))))...((((......))))....))))).......)))))))))))))(((((.......)))))....)))))..).))))............((((.............)))).........((((((((((.(((.(.(((((......(((((.((.((((((.........)))))).)).)))))((((.((........)).))))..))))))))).))))))..))))......)))))).))))).)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,{{.,..,.((((((........)))))).|((((((((.((..((((..(((({...(((((..(((((((((.{,(((((.......)))))}.)))))))))..)))))(((((....(..((((((((..(((......(((((((.(((((((((((((((({.....({{......)}}.((((((((....)})))))))(((((((((((((....{{((,.,.......((((..(,.....,,.}}}}..,,,.....})))((((((....(((((((((((((.....,..................((....))....,{|.((((.(((((...{........)...))))).)))),,.)))))))))))))....{((..........,||,.,,)))..)))))),((((..{.((((....)))).....)))).)))))))))))))(((((((((....})))).....))))..((((..........)))).,,,}))))))))))))))).))))))))))..))))))))..)..))))).})))).)))).)))))))).))}.((.(.(((((((((((.(((.,....,,}}}}})),}})))}}||||,.,}||((((({{{{(({,(((({{(,,,((((((.(((...(((...((((((((..((..........((({..,...((((......))))....))),..,..)).))))))))))))))))))))..,|||||,||(((,{.(((,,,,||{|||||{.{{{||||.},,))..,|||}}{{{{.((....}}}))).,....,})).{{{{(((({(((((((({{{(((((((.({{....((((((.(..((((((.(((......((((......((((((....})))))((((((.(((((........))))).))))))))))....))))))))))))))))..,{|||{{({{{......(((((.((((((,,{(((((.........))))))))).))).)))))}}}}.,||||}}|(((((((((((.......((((.{{{({...........,..))))))...,,,,....{{{{((({((,....,((,,..,,|((((...((..((({{{,...}}))))..))...)))),.,..,.}}}})))))}{{((....)))).)))))))))))|{((((.{(({(((({((({(,,...|||||{{{.(((((((......)))))))..{{....{{||.,.,}|....}}.||||{|||||,}}}}||{.{,{{........||||.}||.{,,,,..,}..},}}.....))))).|}}}}}||||}...}))))),))))))).},))))))),)}.}})}|||||}}},.,}}})||||{((({{{(({(((((,(({((((((({.(((........}}},||{{....{{(({{{,{.,||||,,,{{{{{{{{,|{{||{{{{{,,,||,||||.||.,|,.,|}}|||||({(((((.,{{,|{{{.,{{{,{,,(((((((.(((.,.......)))..))))))},,,,,,|},,,||.{{{|||.{||||}||||{{{|.,.||,,...|{{{{{..,,.,........}))))).,((((,(((((((((...)))))))))....{(((((((.,....,.)))).))))...})}}}..,}}}....,,((((...))}}.((({.{(((..((({{{{{{,,{{{{,,|||.(((.{(((.(((((...(((((.((..((((.(((((.......))))).)},))...)))))))))))).))))))).{{{{{{..,)))))),{{{|||||.,}|||}|,,||((((((....)))))).,..{{..,{,{|{.,{{{{{{,,{{{,,,,({((((((........}}}|||||{|{{|||{|{{|{,,|,|||||(((.((,...)}..))),}}}}.,...{{(((....{{{{{||{.......{{|||||...|||.{{|..,|||...,....|||||.}}}..((((..(((((((.((({(({{,{.{((......})).),))}},}))))))),.......})))..}))),,.((((((...))))))..,|.......,,||||||||||.|||.,.|||,|||}|.(((((((........((((.{.(((((..(((((((.(((.((.{.,(({,..{(.((((((((((((((((((((((..((((......))))..||}.{{...}}...{{{{.(({{(((((((.((((((...(..((((((.(((.(((.((((((((........((((..((((((....(((((.((....,......(((((((...))))))),,.))))))),{,.,.....}}..,.{((,.(((((,{(((.(((((.(..(((((...((((..(((....(((((......)))))..)))..))))...)))))..).))))).)))))))))..)))))))))))))((.((((((,...{((((..((....))..))))))))).....)).))..)))))))))))...))).))))))..}...)))))).))))))).{(({{,..,}|||||...((((((..,...(((((((((((({(((,,..{(((.((((((........))).)))))}}.}}.,,,...,,..,}})).((((...((((....))))..))))))).)))))))).}}}}},..((((..,}}|}...,.,}}||,.,.{((((.((((.((((.((....))..)))).))))...(((((.........)))))..))))}...|}|||,.}.}}}},.....)))).)))))))))...))))).))))))))).)),.)))..,))))).)))))))..)))))}.)))),...))))))),)))},))),)}),)))))))),.}}}}...(({,,({..((((((...)))))))})||}(((((..((((...))))..))))).,,...,,{{{(((((....,|||||{|.||}}}}}}}})})),),......||||||||,..}}}},....((({..{{{...|||{{....{{{{{....}))))),.....}}))))))..)))),||||{{{......)))))}}......(({...)))((((((..,.......,..)))))),,,.....},....,}}}}}}}|{({.{.{{{{{{{{{{{((((((((({(((((..((((......{(((......{{{{(...,((((((((({{{.{{{{{|{,.,,,,,,,....(((.(((..((((((.(((....))).))).)))})).)))...((((((((((((.(({..{{||,,.,,,,.....,|||,....{{(((.(({((.{{.......,,.))))).))))),...{{{|..,|}}}..})}},}.))).))))))).)))))(((((((.((((((((((((...{{{{..........((((,..,,(({{{{...............,,,},)),,,)))))..||...}))).)))))))))))).)))))))..,.{(((.{{.((((((,,,,,,(,({{{{,{{|,|||.)})))},,,.},,..|,}},),},.,|,.||}}}}.}),})))..,,,,,.....,{{,(,,,,,.....,}})),,,.,}}}}))))))))}}}}}}....}))))}}})},....)))).....)))),,....,,....(((((....)))))...))))).))))))))))...,}}))},,,})))})),),))))|{||{|},,|||.,{{,{{((((({|{{({,{{{{{{|....,,.((((((((((.{(((((.(((((...)))))..))))),,({.(((((((.,,.((({((((((((......))))))))})}.)).)))).))).)),,.......).)))))))))){(|{((((((((({{{,,....{{{((((...,,..}}},|||.,,....,}.}|}||{{{.}||}}.,,},)))),,)},))))})}.,)))))))),)))|}|{((((({{{,(((({....}}}|}|........,|||{{.,{,|{|||||(({(...,,|{|||(((.(({{{,.,....(((.(((((((.,{{((((......(((((...)))))......)))))}((((....))))(((((((............))))))).((((((..(((((((........)))))))...))))))(((((.(((((..((.(((((((..((......)).((((((....))))))..)))))))))..)))))))))).|))))))))))..}.}||||||||{|||}||||,....)))).,,,)}}}))}}}))))))))))))),.)))))}))}))}))}..((,(((((({....}))))))})}))))}}}},,,},.,}}..,{{{{{(((((.......))))){.(((((((.((((.((((((.(((....))))))))).))))...))))))).,.......{(((((((((..{{,,.,{((((..(((....)))..))))|{,.,,.,,,,,,,,,..............,,(({{....}}},.,}}|}}}|{{{((,.,,...,,}..}}}}))}}},|}{.((((((.{{.(((((((((((.,,.(((((......||}}},,{{||||}}..}))}},})).))))))...))))).)}.)))))).,)))))))))|(((((.......))))),...)))))})))}|||||,,...)))))))},}}}..,,...}))))).......,.))}})})},...}}}}.|.||}}}}}}}}(((((.{{.((((((.........)))))).}}.))))).,,)))))))))}.,{{{{{,,((({...(({{{,{,|.,..,,,.,}}},})))))),,.....}}}}.
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001430.5 | ACACUCGCGAGCGGACCGCCACACGGGUCCGGUGCCCGCUGCGCUUCCG… | 5155 nt | 0.5259 |
Summary
This gene encodes a transcription factor involved in the induction of genes regulated by oxygen, which is induced as oxygen levels fall. The encoded protein contains a basic-helix-loop-helix domain protein dimerization domain as well as a domain found in proteins in signal transduction pathways which respond to oxygen levels. Mutations in this gene are associated with erythrocytosis familial type 4. [provided by RefSeq, Nov 2009]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
