Basic Information

Symbol
AFF1
RNA Class
mRNA
Alias
ALF transcription elongation factor 1 AF-4 AF4 FEL ALL1-fused gene from chromosome 4 myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia (trithorax (Drosophila) homolog); translocated to, 2 pre-B-cell monocytic leukemia partner 1 AF4/FMR2 family, member 1 AF4/FMR2 family member 1 MLLT2 PBM1 ALL1-fused gene from chromosome 4 protein KMT2A/AFF1 fusion protein myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia (trithorax homolog, Drosophila); translocated to, 2 proto-oncogene AF4 Protein AF-4 Protein FEL Proto-oncogene AF4

Secondary Structure

MANE Select
NM_001166693.3
Sequence length
9261 nt
GC Content
0.4477

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2726.9 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -2898.59 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1945.64
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
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NM_001313959.2 AGUCCCGUAACAUCGGGGCGCCGCGCCGGGACGCGUCCCCGCCCGGCUC… 9111 nt 0.4443
NM_001313960.2 AGUCCCGUAACAUCGGGGCGCCGCGCCGGGACGCGUCCCCGCCCGGCUC… 8090 nt 0.4361
NM_005935.4 AGUCCCGUAACAUCGGGGCGCCGCGCCGGGACGCGUCCCCGCCCGGCUC… 9108 nt 0.4443
Summary

This gene encodes a member of the AF4/ lymphoid nuclear protein related to the Fragile X E syndrome (FRAXE) family of proteins, which have been implicated in human childhood lymphoblastic leukemia, fragile chromosome X intellectual disability, and ataxia. It is the prevalent mixed-lineage leukemia fusion gene associated with spontaneous acute lymphoblastic leukemia. Members of this family have three conserved domains: an N-terminal homology domain, an AF4/ lymphoid nuclear protein domain, and a C-terminal homology domain. The protein functions as a regulator of RNA polymerase II-mediated transcription through elongation and chromatin remodeling functions. Through RNA interference screens, this gene has been shown to promote the expression of CD133, a plasma membrane glycoprotein required for leukemia cell survival. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2017]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image