Basic Information
Symbol
ERCC1
RNA Class
mRNA
Alias
ERCC excision repair 1, endonuclease non-catalytic subunit
RAD10
excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 1 (includes overlapping antisense sequence)
excision repair cross-complementation group 1
COFS4
UV20
DNA excision repair protein ERCC-1
Location (GRCh38)
19:45407333-45478867
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_001983.4
Sequence length
3379 nt
GC Content
0.5623
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1327.57 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1380.51 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
725.97
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001166049.2 | GGAAGUGCUGCGAGCCCUGGGCCACGCUGGCCGUGCUGGCAGUGGGCCG… | 3307 nt | 0.5637 |
| NM_001369408.1 | GGAAGUGCUGCGAGCCCUGGGCCACGCUGGCCGUGCUGGCAGUGGGCCG… | 1911 nt | 0.5353 |
| NM_001369409.1 | GGAAGUGCUGCGAGCCCUGGGCCACGCUGGCCGUGCUGGCAGUGGGCCG… | 1953 nt | 0.5392 |
| NM_001369410.1 | GGAAGUGCUGCGAGCCCUGGGCCACGCUGGCCGUGCUGGCAGUGGGCCG… | 1881 nt | 0.5407 |
| NM_001369411.1 | ACAGAGCCUCUAGCGCUGGGUGUUGGGGACCUGACGCUAUGGAGCUCUC… | 1891 nt | 0.5362 |
| NM_001369412.1 | GGACAGCUUCCCGGACACAGGAUGGAAGGACCACGGGCUGCCUGUCUCU… | 3314 nt | 0.5576 |
| NM_001369413.1 | GGACAGCUUCCCGGACACAGGAUGGAAGGACCACGGGCUGCCUGUCUCU… | 3386 nt | 0.5567 |
| NM_001369414.1 | GGAGUCUCGCUUUCGCUCUGUGGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCGCGAU… | 3440 nt | 0.5578 |
| NM_001369415.1 | GGAAGUGCUGCGAGCCCUGGGCCACGCUGGCCGUGCUGGCAGUGGGCCG… | 3337 nt | 0.5604 |
| NM_001369416.1 | ACAGAGCCUCUAGCGCUGGGUGUUGGGGACCUGACGCUAUGGAGCUCUC… | 3389 nt | 0.5598 |
Showing 1 to 10 of 15 entries
Summary
The product of this gene functions in the nucleotide excision repair pathway, and is required for the repair of DNA lesions such as those induced by UV light or formed by electrophilic compounds including cisplatin. The encoded protein forms a heterodimer with the XPF endonuclease (also known as ERCC4), and the heterodimeric endonuclease catalyzes the 5' incision in the process of excising the DNA lesion. The heterodimeric endonuclease is also involved in recombinational DNA repair and in the repair of inter-strand crosslinks. Mutations in this gene result in cerebrooculofacioskeletal syndrome, and polymorphisms that alter expression of this gene may play a role in carcinogenesis. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. The last exon of this gene overlaps with the CD3e molecule, epsilon associated protein gene on the opposite strand. [provided by RefSeq, Oct 2009]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
