Basic Information

Symbol
ERCC1
RNA Class
mRNA
Alias
ERCC excision repair 1, endonuclease non-catalytic subunit RAD10 excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 1 (includes overlapping antisense sequence) excision repair cross-complementation group 1 COFS4 UV20 DNA excision repair protein ERCC-1
Location (GRCh38)
19:45407333-45478867 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001166049.2
BLAST PRIMER
NM_001369408.1
BLAST PRIMER
NM_001369409.1
BLAST PRIMER
NM_001369410.1
BLAST PRIMER
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BLAST PRIMER
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BLAST PRIMER
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BLAST PRIMER
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BLAST PRIMER
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BLAST PRIMER
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BLAST PRIMER
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BLAST PRIMER
NM_001983.4
BLAST PRIMER
NM_202001.3
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_001983.4
Sequence length
3379 nt
GC Content
0.5623

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1327.57 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1380.51 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 725.97
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001369417.1 GGAGUCUCGCUUUCGCUCUGUGGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCGCGAU… 3368 nt 0.5591
NM_001369418.1 GGAAGUGCUGCGAGCCCUGGGCCACGCUGGCCGUGCUGGCAGUGGGCCG… 3265 nt 0.5617
NM_001369419.1 ACAGAGCCUCUAGCGCUGGGUGUUGGGGACCUGACGCUAUGGAGCUCUC… 3317 nt 0.5610
NM_001983.4 GGAAGUGCUGCGAGCCCUGGGCCACGCUGGCCGUGCUGGCAGUGGGCCG… 3379 nt 0.5623
NM_202001.3 ACAGAGCCUCUAGCGCUGGGUGUUGGGGACCUGACGCUAUGGAGCUCUC… 1963 nt 0.5349
Showing 11 to 15 of 15 entries
Summary

The product of this gene functions in the nucleotide excision repair pathway, and is required for the repair of DNA lesions such as those induced by UV light or formed by electrophilic compounds including cisplatin. The encoded protein forms a heterodimer with the XPF endonuclease (also known as ERCC4), and the heterodimeric endonuclease catalyzes the 5' incision in the process of excising the DNA lesion. The heterodimeric endonuclease is also involved in recombinational DNA repair and in the repair of inter-strand crosslinks. Mutations in this gene result in cerebrooculofacioskeletal syndrome, and polymorphisms that alter expression of this gene may play a role in carcinogenesis. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. The last exon of this gene overlaps with the CD3e molecule, epsilon associated protein gene on the opposite strand. [provided by RefSeq, Oct 2009]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image