Basic Information
Symbol
ESR1
RNA Class
mRNA
Alias
estrogen receptor 1
ER
NR3A1
Era
ER-alpha
nuclear receptor subfamily 3 group A member 1
estrogen receptor alpha
oestrogen receptor alpha
E2 receptor alpha
estradiol receptor
ESR
ESRA
ESTRR
estrogen receptor
estrogen nuclear receptor alpha
estrogen receptor alpha E1-E2-1-2
estrogen receptor alpha E1-N2-E2-1-2
Estrogen receptor
Estradiol receptor
Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1
Location (GRCh38)
6:151651284-152129619
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_000125.4
Sequence length
6327 nt
GC Content
0.4693
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2050.9 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-2166.29 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1674.82
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((.(((((....)))))((((..((....))))))(.(((((((((..((..(((((...((((.((((((((((..(((((.(((((.(.((((.(((.(.(((((((....((((((((..(((((..((((.(((((((((((.....((.((((...)))))).....)))).....((...))(((((..(((((((.(((..(((.((((((.(((.(..(((.(.((...............(((...(((....)))...)))......((((.((((..(((((((.((.........)).).))))))....))))..))))((((((((((((..((.(((((.(((...((.....))...))).))))).))..))).)))).)))))...)).).)))..)))).))))))(((....)))..)))....))))))))))...))))).))))))).))))..)))))))))))))..((((.....))))(((((((...))))))).....(((((.((......)).))))).(((....)))))))))))))))))).).))))).(((((.(((....)))..))))).)))))....))))).....)))))..)))).....))))).))..)).))))))).)(((.........)))................))))))(((((((((.......((((((...((........))......)))))).....)))))).....((((((((((((((((..((......))..)))..((((((.(((...)))))))))((((((.(((((((....)))))))((((((((((........(((((((.........)))))))..((.((((..(((((((.....((((((((.(((((((((((((.((((..((..(((..((((.....))))..(((((((((......((((((...((.......))....((((((((..(((......))).((((..(.(((((((..((((((((((((((((.(((((((((((....((((((((.((((((((...)))))..)))...)))))).))......((((.((((...((((((((.....((((....((.((((....)))).))((((.((((((((.(((((((((.((((((......))))))....((.((((.....(((((((.((((.......))))))))))).....)))).))...)))....)))))))))..))))).))))....)))).))))))))..((((((((((.(......).))))))))))))))))))..(((((.(((..((((.((........))))))))).)))))((((.((((((....((((.((........))))))....))))))))))..((((((.((((....((((((..((((..(((..((...))..)))..))))..))))))..))))))))))(((.((....)))))...(((..((((((((((((((((.......................(((.((((..(((((((((((.((.((((....(((((((.((...((((((.........).)))))......(((((.((...)).)))))..((((.(((((((((((((......))))).((....))......((((((.((..(((((((......(((..(((.(((.(((((.((((..((......))..)).)))))...)).))).)))..)))(((.((((((((((((((....((((.(((.(.(((((...((.....))...)).))))))).))))))))))))))))))))))))))))..)).))..)))).))))))))...)))).......((((.(((.((((.(((.(((((((......((((((((.(((.((((((.(..((....))..).)))))).))).))))).).))((((((.....(((((((((..(((((((((((((((((.((((.(((...........(((((((((((((.((((...(.((((((....((((((((((.....))).))))))).........(..((((.((((.(((.((....((((((((((.((((......)))).((((.(((.(.(((........((((((((..............))..))))))..))).)..))).))))((((((........((.((((((.....)))))).))((.((((....)))).)).....))))))((((((((((((.(((((((...(((((...)))))((((...(((((((..(((((.((...........((((((...............)))))))))))))..)))).)))))))....)))))))..)))))).))))))...((((((((((((((((((.............(((((((((..((.....))..)))))))))((((..((.((((...)))).))...))))...........)))))))))))))))))).......))))))))))..........(((..(((((..((((((((.......((((((((((.....)))))...))))).....((((((((((((((((...((.........))...))))).))))...)))))))..))))))))...)))))..)))(((((.....)))))..((.((((((.....((((((..((((((...))))))))))))....(((..(((......)))..)))......)))))).)))).))).)))).))))..))))))))...)))).))))))).........))))))...........))).)))).)))))))))))))))))..))..........)))))))(((((((.((((....)))).)))))))......))))))))))))).))))))).))).)))))).))))))).....))))...)).))))))))).))..)))).))))))))))))..))))))).))).(((((((...(((...)))....)))))))((((....)))).))))))))))).))))))))..(((.(((((((((...))))))))).))).))))))))))))))))..))))(((((((((((((...((((((((...))))))))((.((((((...((((((((..((..(((.((.((...))))..)))..))..))))))))....))))))))..((((((((..(.(((((...((......))....))))).)..))))).)))....))))..)))))))))......(((((.((...)).))))))))))))))))))).))))))).)).)))..))..)))).))))))..)))))))..((((.((((.((....)).))))...)))).((((.((((((((.(.(((((((..((((((((.(.(((.....((((((((.....(((......)))..(((((.......)))))......(((.(((((((((....((((.....)))).....)))).....))))).)))...)))))))).))).).)))))).)))))))))))))((((((((((((..((((.(((((....((((...........))))....))))).))))..)).)))))......)))))..)))))))))...............))))))))))))))).....)))))).......(((((((((((((.((((.((((((....)))))).............(((((.((.((.((((......)))).)).)).)))))))))))))))....)))))))))))))))))......((((.((((..((((.(((((((((.(((..........))).)))))).))).))))...)))).)))).....((((((((((.....)))))))))).......(((((((....((((....))))....)))))))((((((((.((.....))...((((((.(((((....))))))))))).................(((((((((((((........(((((.....)).))))))))).)))))))))))))))....((((((........))))))...(((....))).........))))))(((.......)))....(((((((((........))).))))))))))))))....)))))..((((((((((((...(((((..((((((..((.((((.....................)))).))..))))))..)))))(((((((.(((..(((...................)))..))).)))))))..........((((((((.......((.(((((((.(((........)))((((...((((((((......)))..)))))))))((((((.(((((.....))))).))))))..))))))).))(((((((((((.((((((((((((((.....))).))))(((.((((((....(((((((.(((...............(((((..((((((((((((((.((((((.(...............(((((.....)))))....).))))))..))).)))))))))))..)))))..(((((.((((((...............((.((((((.(((..(((((.....(((((.....(((((.(...((((((..(((.((......)).)))))))))).))).))))))).....)))))..))).(((((((...)))))))...)))))).)).(((((((((..(((..((((..(((....((....))...)))..)))).))).))))))))))))))).))))).........))).))))))))))))).)))(((((((((((.(((((...((((.((......)).))))(((..((((.((((((((.............(((((((((((((........(((((.....(((((..(..(((.((.((((..........((((((...........))))))..........)))).)))))..)..)))))...)))))..((((((((....)))))))).................(((((.........))))).....(((.(..(((.(((((((.(((.((..(((.............(((..((((((.........))))))..)))(((((((((.((((.......((((......))))....)))).))))))))).))).)))))..)))))))..)))..).)))..((.((((((((.((((..((.(((.....))).))............((((((((((....(((......))).....)).)))))))).......(((((((..(((((((.............(((.((((.....)))).)))............)))))))..).)))))))))))))))))))).)))))))))))))................))))))))))))..)))..............)))))..))))))))))).))))))))))))))))))....((((......(((.(((.(((((((((.........))))))))).))))))..))))........(((((....(((((.(((((.(((....(((((((.((((((((((((((((.((((((.(((((..(((((((..((((.(((((..(((.(((((..(((.(((.((((((.(((((......))))).))))..))))).)))..)))))..)))....).)))).))))...)))))))..........(((((((((........))))).))))............))))).))))))........((.(((((((((((((((......))))))))...........).)))))).)))))))))))....)))))))))....)))))))).))))))))))....))))).))))))))..((((((.....)))))).....))))))))))))(((((.(((....))))))))..............)))(((((((...)))))))...............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((({,(((({{{{|||||((({..((,,,,|||}||{,,((({,,|({(({..,,||||.,((({.{{{{{{||||{,(((({.{((((.(.((((.(((.(.(((((((....((((((({..(((((..((((.((((((({,,,.....,,,((,({..,|||||...,{||}|,....(,,,{||((((,{,{((({{{.|||.||||}((((((.(((.,..(((,{.,{.....,,........{{{..,||{.,,,}}}...|}}..,.,.((((.((((.,((((((,.(,.........},},.))))))..,.))))..))))((((((((((((.{((.(((((.(((...((.....))...))).))))).)).}))).)))).)))))....,.}.))}..,))).)))))),{,....})))))).,...))))))))))}}.,))))}))))))).))))..)))))})))))))..((((.....))))(((((((...))))))).....(((((.((......)).))))).(((....)))))))))))))))))).).))))},|||||.|||,.,,))}.,))))),))}}}....))})),,,,,)}))),.}))),|,{.}||||,,||||}}}},|||||}|||,{{{{.,,(({|,,..,{.,{,,,{.,.,|||{{(,{((((((.....,,((((({.,,({..,.....|},.,,,,})))}},....}}})))},{,,({{{{{|{,|{{{||||,{|,|,.,|,},,}}}||{(((((.(({...}))))))))|,{{{,.(((((((....})))))).{{{{(((((((......(((((((.........))))))).,{{.,....{((((,..}}}}}....,,,..(((((((((((((.((((..((..(((..((((.....))))..{{(((((((..,...((((((...{{.......}}....((((((((..,{{....,,,},.((((..(.(((((((..((((((((((((((((.(((((((((((.,{,({((((((.((((((({...}))))..)))...)))))).))......(((,{((((...((((((((,,.{{(,{,,}}{((,((((....)))).},|||{.((((({{(,{{{{{{{||,|{((((......))))}|,,,,{{,((((.....(((((({{((({,......))))))))))).....}))).}}..,)))..,,)))}}}}}},,))))),}))},..,)))).))))))))..((((((((((.{......).))))))))))))))))))..(((((.(((..((((.((........))))))))).)))))((((.((((((....(((,{((........))))))....))))))))))..((((((.((((..,{((((((..(((({{,(({,,...,))..)))}}),))..))))))..))))))))))(((.({....}))))...{{(,,((((((((((((((((.....,.,{.......,}},...(((.((((..(((((((((((.((.((((...,(((((((.((.,.{((({,....,....|,|}||}{,,,,,({(({.{{...}),))})),.((((.(((((((((((((......))))).,,.,..||....}}((((((.((..(((((((,{,,{{({{..{((.(((.{,,,,}||||..,,.,,}.,)),.}}.|||||,,.,}.,,,.)))}.}))(((.((((((((((((((....((((.(((.(.(({{(,.,({....,)),..)).))}}))).))))))))))))))))))))))))))))..)).)),.,))).))))))))...))))}}},...{(((.(((.(((,{(((.(((((({......({((((((.(((.((({({|||,{|....)|..|.}}}}}).))).))))).}.))((((((.....(((((((((..(((((((((((((((((.((((.{{{......,{,,,{{{{{((((((((.((((...(.((((((....,{((((((((,....|||.}}}}|}|,.,,{{{{.({{,,(({(((({,(({{(({..,(((,,(((,{(((,{{{.{{|,,..((((.(((.(.(((........((((((((..............)),.})))))..))).)..))).)))),,,|||.}}}.}}}|,}||{{||,....}||}||{||((,({((....}}}}.|}.....,}}}}},|||{|||{|||,|{||{((((.(((({...}))))}))}...,{{{,,{..{{{,|,||},}}}}}}},.|||{{{,,,}},,....,..,|}}}}}}})))}}..)))||}))}|}},..,)))))))..||||||.,},}}},.{(({(((((((((((((((.,{((.,......(((((((((..{{.....}}..))))))))){(((.,{{.((((...)))).}||..)))}...))}}....)}))))))))))))))))....,{{|||}|||}}|{{{{.{{..{((,.{((((,..{((((({(,,..,,,((((({{(((,....))}}}...)))))..||}((((((((((((((((...((,........))...)))))}})))...))))))),,)})))}}),,.,)))},})))|,,||}..,},))))}..|||||||,..,.,{{,,,,..,,,{||,..))))))}}})))},,.|,|.{((({{{{,{|,,..}})}}}).}}))))},}}|},}}},}))),))))...)))))))...)))).)))))))},,.....,))))}|,||,...,},,))).)))).)))))))))))))))))..)),.........)))))))(((((((.((({....}))),)})))))......))))))})))))).))))))).))).)))}}}.))))))).,...))))...)).))))))))).))..)))).))))))))))))..))))))).))).(((((((...(((...)))....))))))){{{{....)))}.))))))))))).)))))))}..(((.(((((((((...))))))))).))).)))))))))))))))}..)))){((((((((((((...((((((((...)))))))){{.((((((,{.((((((((..((,.(((,({.{{,,,))})..}}}..})..)))))))),,..)))))),}.,{(((((((..{.{{|||}|||{.,,,,,||..,.}}}}}.}}}))))).}}}....))))..})))))))}......(((((.({...}).))))))))))))))))))).))))))).}}.)))..))..)))).))))))..)))))))..,{{{.{{({.((....)),||,,...}},,{(((,...,,||||.{.(((((({.{{|((((((,{.{{(,....{{((((({.....{((.....,))}..{({{{.......}})}}.....,{{,.(((((((((..,.,{{{.,,,.)})}..,..)))).....))))).,},}}})))))))).))}.}.)))))).)})))))))||))||||||||{{{,.,(({{.(((((.{{{((((,...,,}}},,)}}|,||.|}}}|,|}}},,,,.}}))}.})}||}},,,,}}|}}|||||{{(((((((((((({|,,,,,,,{({{,{{{{{{,,|||,|{||{..,|{{{{{{(({{{,,{{{{|{{{{{{..,,}))))},,,,,,,,}}},||{,{,,||,||},{||},.,,,|}}}.}}|}},}}))},}}||||||,.....}}}|||{{{{{{{,........((((.((((..((((.(((((((((.(((.{,,...,},))).))))))})}).))))...)))).)))).,...,|}}}}}|}}},..,.,))))))))))))))}|||{{{|,},,||{{....)))),,},)))))))|{|,{{{,,||}...,})}}}((((({.(((((....}))))})))))...,,,...........(((((((((((((........(((((.....)).)))))))))}}))))))}))))))}..{{{......,}}((((((({{{{((((((((.{,.....}}.)))))))))..}}})))))))....(((((((((........)))))))))),}})))))}..}))))),.((((((((((((...(((((..((((((,,((.((((,......,,,,,...,,....,},,.}}..))))))..)))))(((({((,({{..{((.,{,,..............))}..))),))))}})..,,,,,...((((((((..,{{{.((.,(({{{{.,||.,,...},},|((((...((((((((,.....))}..))))))))){(((((.(((((.....))))).))))))..|||,,,,,)){((((((((((.((((((((((((((.....)))}})))(((.(((((({...,((((((.(((...............(((((..((((((((((((((.((((((.(...............(((((.....)))))....).))))))..))).)))))))))))..)))))..(((((.((((((.............,,{|.{{{{{{.(((..(((((.....(((((.,{,.(((((.{...(((((({.,((.{(......)).)})))))))}.))).)})))})}}},.)))))..))).(((((({...}))))))...}}}}}},}}.(((((((((.,{({..(({(,,{{{....{{....}}...))).,)))).))).))))))))))))))).))))).,,...,..))).))))))))))))).)))(((((((((((.((((({,,((((.((......)).)))){((..((((.((((((((.,.{,,,......(((((((((((((....,,,.{({{{.,,,,((({,,,,,{(((.{,.({{{....,{{{{,{(((((.,........,)))))|........,,|||}.|,}||.,,,.,,,}}.,,}}))}..((((((((....)))))))).............,,..{((((.........))))}.}}}}}},|{,|{,,.{{,,,{|||||.{,..,{{.............{{(..{(((((.........)))))},,))},{|||||||.{|||||||,},{{{{......))))..,,|},..,,,,..||||}}|{|,}||{{|||||||,,|||,,||||,..|{|,,,,,{{{||||,..||.|||,....})).,||,.......,,.|(((((((({{{{,(((......})},},..,,.)))))))},}))))))}..}}}.}|||,,,,..,..,,,.....(((.((({.....)))).))).......,.,..}}}}|||.{{{{{.....)))))))),,,,,.))))))))))))).......},.......))))))))))))..}}}............},}})))..))))))))))).)))))))))))))))))).,..((((......(((.(((.(((((((((.........))))))))).))))))..))))..,,....,{{((,,{.(((((.(((((.{{{....{((((((.(((((((({(((((({,((((((.(({{{..{((((((..((((.(((({,,(({.(((((..(((.(((.{,((((.(((((......))))).))))..||})).}))..)))))..,,..,..).)))).))))...))))))),.....,,,,|||{,,,,{{{,......}})}|}}||,,,.........))))),)))})).,.....,((.(((((((((((((((......)))))))).,.........),}})))).))}},))))))...,)))))))))....)))}},),.))))))))))..,,)))},.))))))))..((((((.....)))))).....))))))))))))|||||.{{|,,,.)))))))).........,,,.....(((((((...))))))).,}},,.........
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_000125.4 | AGCUGGCGGAGGGCGUUCGUCCUGGGACUGCACUUGCUCCCGUCGGGUC… | 6327 nt | 0.4693 |
| NM_001122740.2 | AUGCAACCGCACACCCCAUUCUAUCUGCCCUAUCUCGGUUACAGUGUAG… | 6480 nt | 0.4664 |
| NM_001122741.2 | ACACACUGAGCCACUCGCACAUGCGAGCACAUUCCUUCCUUCCUUCUCA… | 6282 nt | 0.4639 |
| NM_001122742.2 | AGAACGGAUUUUACCAAAACUGAAAAUGCAGGCUCCAUGCUCAGAAGCU… | 6435 nt | 0.4609 |
| NM_001291230.2 | ACACACUGAGCCACUCGCACAUGCGAGCACAUUCCUUCCUUCCUUCUCA… | 6288 nt | 0.4636 |
| NM_001291241.2 | ACACACUGAGCCACUCGCACAUGCGAGCACAUUCCUUCCUUCCUUCUCA… | 6279 nt | 0.4638 |
| NM_001328100.2 | GCUUAAAAAUAAUCUCCUGCCAGCCCAGUGACAAGCCUGUCCCACCCGG… | 5436 nt | 0.4253 |
| NM_001385568.1 | AGUCAGAGAAAUAAUCGCAGAGCCUCAAAUAUCUCCAAAAUCUGAUACC… | 6389 nt | 0.4600 |
| NM_001385569.1 | AUGCAACCGCACACCCCAUUCUAUCUGCCCUAUCUCGGUUACAGUGUAG… | 6475 nt | 0.4666 |
| NM_001385570.1 | AGAACGGAUUUUACCAAAACUGAAAAUGCAGGCUCCAUGCUCAGAAGCU… | 6251 nt | 0.4577 |
Showing 1 to 10 of 12 entries
Summary
This gene encodes an estrogen receptor and ligand-activated transcription factor. The canonical protein contains an N-terminal ligand-independent transactivation domain, a central DNA binding domain, a hinge domain, and a C-terminal ligand-dependent transactivation domain. The protein localizes to the nucleus where it may form either a homodimer or a heterodimer with estrogen receptor 2. The protein encoded by this gene regulates the transcription of many estrogen-inducible genes that play a role in growth, metabolism, sexual development, gestation, and other reproductive functions and is expressed in many non-reproductive tissues. The receptor encoded by this gene plays a key role in breast cancer, endometrial cancer, and osteoporosis. This gene is reported to have dozens of transcript variants due to the use of alternate promoters and alternative splicing, however, the full-length nature of many of these variants remain uncertain. [provided by RefSeq, Jul 2020]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
