Basic Information

Symbol
AHNAK
RNA Class
mRNA
Alias
AHNAK nucleoprotein MGC5395 AHNAK1 desmoyokin AHNAK nucleoprotein (desmoyokin) AHNAKRS PM227 neuroblast differentiation-associated protein AHNAK AHNAK-related Neuroblast differentiation-associated protein AHNAK Desmoyokin
Location (GRCh38)
11:62433542-62556235 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001346445.2
BLAST PRIMER
NM_001346446.2
BLAST PRIMER
NM_001620.3
BLAST PRIMER
NM_024060.4
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_001620.3
Sequence length
18761 nt
GC Content
0.4928

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-6278.6 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -6612.89 kcal/mol
Frequency: 2.74e-236
Diversity: 5159.39
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
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NM_001346446.2 AAGCUGCGCUCGCUGGAACCCUGCGCUCCAGCGGUGCGCGCCAGGAGAG… 18713 nt 0.4916
NM_001620.3 GGCCACUCGGAGCUGCUCUGCCGCGGGGACUGCACCGCCCGCCCUGCCA… 18761 nt 0.4928
NM_024060.4 GGCCACUCGGAGCUGCUCUGCCGCGGGGACUGCACCGCCCGCCCUGCCA… 1036 nt 0.5927
Summary

The protein encoded by this gene is a large (700 kDa) structural scaffold protein consisting of a central domain with 128 aa repeats. The encoded protein may play a role in such diverse processes as blood-brain barrier formation, cell structure and migration, cardiac calcium channel regulation, and tumor metastasis. A much shorter variant encoding a 17 kDa isoform exists for this gene, and the shorter isoform initiates a feedback loop that regulates alternative splicing of this gene. [provided by RefSeq, Oct 2016]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
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