Basic Information

Symbol
FAM120A
RNA Class
mRNA
Alias
family with sequence similarity 120 member A KIAA0183 OSSA oxidative stress-associated Src activator chromosome 9 open reading frame 10 C9orf10 HBVPTPAP constitutive coactivator of PPAR-gamma-like protein 1 family with sequence similarity 120A oxidative stess-associated Src activator Constitutive coactivator of PPAR-gamma-like protein 1 Oxidative stress-associated SRC activator Protein FAM120A

Secondary Structure

MANE Select
NM_014612.5
Sequence length
5160 nt
GC Content
0.5072

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1714.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1813.57 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1312.59
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((.(((.((((((((.(((((((.((((((.((((.((.....(((.(((..(.((..((.(((.((.((((((.((....)).)))))).))..))).))..)).)..))))))......)).)))))))))).))).))))..).))).)))))))....))))((..(((((.((((((.(((((((.((((((((..(.((.((((.(((.((((((.((((((((((..((((.(((((..(........)..))))).))))....)).)))))))).))))))((((.....))))))).)))))).)....)))))))).))))))).).))))...((((......))))((((.(((((((.(.(((((((((((((((((((((.....)))))(((((.......((.((((((((.(.((((((((..(((......)))))).))))).))))))))).))(((.((....))))).....(((((.(.((((........)))).).))))))))))((((.(((((..((.....))..))))).))))...(((((((((.(((....((((...(...((((((..((((.....((((((..(((......)))..)))....))).....)))))))))).).))))..))).)))))))))....(((((((((((((.(((......))).))))(((((..(((((((.((....((((((((..((((((.((((...))))(((((((((((((((((......)))))).....))))).((((...((..((((((..............))))))..))...))))............))))))....((........))((((((...))))))(((......))).......................))))))..))))))))....)).)))))))..))))).((((((((((.(((((.(......).)))))...........((....(((((((.(((((.(.....((((((((((.....((((((((((((.(.(((.....))).).))))))).)))))....))))))...((((((((((((((...(((.......))).....))))))).)))).)))..((((((((.((.(((((((((.........))))))))).......((.........)))).))))))))...................))))..).))))).)).)))))...))..((((((.(((.(..((.(((((((((((((((.((.........(((((....))))).......((((.((((((....(((((((........)))))))..)))))))))).....(((((....((....((((.........))))....))......))))).)).)))))).))))..)))))))..).))).))))))....))))))))))....((((((.....))))))(((((((......((((((((((...(((.....(((((((((((((((((((.......((((..((((((..((((..((....))..)))).((((((((.(((((((((.............(((((((........(((.(((((((..((....)).....(((((...((((((.((....)).((...)).......(((((...(((((.((((.(((((((((((..((......)).(((((((((((..(((.....)))..((((((.........(((..(((((...........)))))..))).))))))....((((((((...(((........)))...)))))).))((((((((((((..((((.......(((((........))))).(((((((.(((((((.....)))).(((((((....))..)))))))).)))))))...((.....)).)))).)).))))))))))..((((.((((.((((..(((((...(((.(......(((((......)))))......).)))...)))))..)))).)))).)))).........((((.(((((...((((...(((..(((((....)))))...))).....((((.....))))........))))))))).))))))))))))))).(((.((......)))))..))))))))))).)))).)))))...(((((...........))))).((.((((((((.....)))))(((((.(.(.((....)).).))))))))).)))))))..))))))......((((..(((((((((.((((((((..((...(((((((...(((((((((...(((((((((.......))))...))))).)))))))))...)))))))...))...((((((((((((((((((((..(((..((((....))))..)))........(((((....((((...)))).)))))((((((((.(((((((......)))))))....(((((((.((((((((...(((....))).....)))))))..).)))))))..(((.((((....)))).))).....((((...........)))).......))))))))(((((........)))))))))))))))))).)....)))))))))))))).))))))).))..)))))))))..))))))).))).((((.....))))...))))))))))).))).))))))))))....(((((..(((.........(((((...(((((((((((.((((...))))..)))(((((.((((...)))).))))).(((.(.(...((((...))))...).).))).)))))))).....)))))(((((....((....))..)))))((((((.(((....)))..)))))).)))..)))))..))).)))..))))))))))))))).......(((((....)))))....((((......))))...))))))))))).))))))))))....))))))).))))))))).(((((.....)))))))))))))))...)))))).)..))).)))).)))).....((((..((((((((((((((((((.......)).))))....)))))((((((((((((((((((.........((((((((((....(((.....))).....))))))))...((((.....((((............))))...))))))..........))))))))))...(((((.(((....))).)))))..(((((((..((((..((...(.(((((((((.........)))))).))).)....))..))))......)))))))..)))))))))))))))..)))).....(((((....((((....))))...))))).......(((((((...((((.(((((......)))))..)))))))))))...(((((((((((....))).)))))))).).)))))..))(((((((((((((((((((((..........((((((...((((...((((....))))..))))...))))))(((((((......((((..(((((....)))))..))))((((((.((((((..............(((((.(((((.....((((((((......))))))))))))).)))))(((.....(((((.....)))))..)))..((((((..........(((((.((((.......(((((((((..((((((((...((((.((((((........))))))))))......((((...(((((((((....(((.(((((...))))).)))...(((((.........))))).)))))))))..))))......((((((...)))))).......)))))))).....))))))))).((((((((...((.....))......))))))))...((((.(((((....))))).)))))))))))))..........)))))).......(((((...(((((.((((((((...((((..(((((((((...............................((((((((........(((((((((......((((((((..((((((((...(((((.....(((((...))))).)))))........((((((....((((((((...(((..(((((....))))))))..))))))))....))))))((((((((((((((((..(....)..)))))))..........)))).)))))..((((((.(((((...................)))))))))))...))))))))......((((((.((((.....((((((((..((((((((.((((.....(.((((((...)))))).)......)))).))....)))))))))))))).....))))))))))..............................((...(((((.(((((..((..((((((((.((....)).))))))))..))....))))).)))))...)).((((((((....)))))))).)))))))).........)))).)))))........................(((((...)))))......))))))))((((((...........))))))..)))))))))))))...))).))))).)))))...)))))......((((....)))).....)))))).)))))).....)))))))....((((((..((((.(((((.((.(((((((.......(((....)))((((.(((((((((((.(((((..((....))...)))))............))))..))))))).)))).....((((.(((.((.(((....(((((.......)))))..))))).))).))))..))))))).)).))))).))))..)).)))).(((........))).......)))))))))))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((.(((.((((((((.(((((((.((((((.((((.((.....(((.{((,..,(({.((.(((.((.((((((.((....)).)))))).))..))).))..)),),,}}})))......)).)))))))))).)))))}))..)})))})))))))....))))((..(((((.,(((((,(((((((.((((((((.,..(({((((.(((.((((((.(((((((((({{((((.(((((..(,......,)..))))).))))....))})))))))).))))))((((.....))))))).)))))).))..,)))))))).))))))).).))))...((((......))))((((,(((((({.{.((((((((((((((({,,((({{{{{|||((((((({.{{.{{(({((((((((.(.((((((((..(((......))))))}})))),}))))||||.,||||.{{,,.,))(((....((((((.(.((((........)))).).))))))....))).{(((((..{{{{{{{|,{{{,|({{|(({...(((((((((.(((....((((...{...((((((..{(((....,((((((..(((......)))..))}...,))).,...)))))))))).}.))))..))).)))))))))....{{{{(({,,{,({{(,,{{.,..|}}..,},{((((..(((((((.{(.{,,((((((((..((((((.,(((,,,||}|((((((((((,(((((.......,,,|||{.,{,|,,,,.{{{{...,,..{{|||{,,.,,,,,.....,)))))),,)).,.}))}...,},.},,,,})))))}...,,.,..,,,.},{(((((...)))))}(((......})),....,,..,,,.......,,,.))))))..)))))))).,,,)}.)))))))..))))}}||,,||||,,.||||||{,{{{..|{|||,|{,.{((({...(((({.....{{({{,{(({,..,,.,,,|||{{{|,....((((((((((((.(.(((.....))).).))))))).)))))....}}))))...((((((((((((((...(((.......))).....))))))).)))).))}...((((((...)))))}.}.,},,.))).)).,.)))))....})).}.}}}}}))}})))).)))).))}.}}}}},...........)))))}.)})))))}).)).)))}}.))}.((((((.(((.(..((.(((((((((((((((.((.........(((((....))))).......((((.((((((....(((((((........)))))))..)))))))))).....(((((...,((....((((.........))))....)).,..,.))))).}).)))))).))))..)))))))..).))).))))))....,,,}}}},,,....((((((.....)))))),({((((......((((((((((...((,....{((((((({(((((((((({.....,{((((..((((((..((((..((....))..)))).((((((((.(((((((((.............(((((((...({{{,((((((((((...,(((((,,.,{(((.((((((((..((({(.{...((((.(,.........(((((..((({..{((.,.{,,,...,||},}}}}..}}.))}{,(((((.((((.((..,.(((((...)))}}}}...)))).)))))||{({,{(((.{{,...|}.....).))),))}}...,,..,}}.}}))...,,).)))..)))))))).)))||(((((((({(..((((,......(((((........))))).(((((((.{{{,(((.....)))|,(({{,{,....,}.,}))))}}}.)))))))...{{.....)}.)))).))}))))))))}|..((((.((((.((((..(((((.,.(((.,.,..,.(((((......)))))....}.,,)),...)))))..)))).)))).))))..,....}.))))).,.....))))).))))),)}}......{{.{((((({{{,....{(({.....)))},.,,{{..,...,,))))}},||,...))||||(((..(,((.....,)})..))))))),(((.{.(({((((((.((((((.,.{(....,,.,,(((((.({,(((...,||,|||||,}...,})))}}...)))},})).)))))}}))),)))..,.)))))).}}.((((..(((((((((.((((((((..((...({(((((..,(((((((((...((((({({{,,,....}}}),..))))).))))))))),..))))))).,,},...((((((((((((((((((((,.(((..((((....))))..))).}......(((((....((((...)))).)))))((((((((.(((((((......)))))))....{((((((.((((((((...(((....))).....)))))))..).))))))},,(((.((({....)))).})).,,..{{{{...........)))}.......))))))))(((((........)))))))))))))))))).)....)))))))))))))).))))))).))..)))){{{{|.{|||,,.,}))).)})))....,,,,...))))))))))).))).)))))))))}....(((((..((({........(((((...(((((((((((.((((...))))..)))(((((.((({...|))).))))).(((,{,,...((((...))))...),).))).)))))))).....))))){{(((||{,|,,,.,))}.))))}((((((.(((....)))..)))))).}})..)))))..})).)))..))))))))))))))).......(((((....)))))....((((......))))...,)))))))))).)))))))))).,..))))))))))))))))).(((((.....)))))}))))))))),..}))))).}.,))),))}}.))))|,...((((..((((((((((((((((((.......))}})))....)))))((((((((((((((((((,,.......{{{(((((((....(((,....}}),,,..))))))}|,..{{{{.....((((........,,..)))}...})))}},.........)))))))))),..(((((.(((....))).)))))..(((((((.,((((..((.,.{.(((((((((.........)))))).))).)..,.))..))))......)))))))..))))))))}))))))..)))).....(((((....{{{,....,}}}...))))).......(((((((...((((.(((((......)))))..)))))))))))...{((((((((((....}}).)))))))}.}.)))))..))(((((((((((((((((((((.{,....,||{(({((..,{{(({{,{((({{..||||{,||||,{.||||||,,,,|,|,,,,,.{{(({.(((({....})))),,)}||((((...,|}|||}...........,.,{{{{.(((,(({{{{(((({((({,,,,{|||}}}}},,,,,.,,,,...........,{{,.,||||||}||}}...{{((((......,},,.{,{,...,{,...,}}}|||||,||}.,,,(((,..,,((((.((((((........)))))))))).....}||,,..,((((((,,,....|||}|||,{,,,{{|||{||}...(((((......,..))))).,,,,|||||{.{|||{{,...{{{{{{,,.,|((((({{....}))))))),.,,.,,,,|||||.((((((({...{{,....,..,.,,.)))))))).,,|{{,.{((({....})))),)))},|,}}))),...,,,....,}))))}}..}}}|||,|,,,|||||,|||({(({..,{(({..{(((({(((.,,,............,.,........,,..,{{{{{{{||,..,,|{(({{{{{{|{,,.,((((({{{..(((({{((....,{{{.....{((((...))))}.}}}},...,,},,{{{{{{....{|||||||,},|{{,,{((((,,,,||}||||}.{||}}}|||,,..,}}})),||||,{{{{||{{||,.{....),,))))))).........,)))),)})))..{{||||.{{|||,..................}}}}))})))},..}}}}}))}......((((((.((((.....((((((((..(((((({,.((((.....{.((((((...)))))).}..,...)))).,,....)))))})))))))).....))))))))))...........................,..{{...(((((.(((((..((..((((((({.{{....}).))))))))..))....))))).))))}.,.}}.((((((((....)))))))).,}}})))}.....,,..}})},})}}}........................{{{{,..,}})),.,,,,.))))}})|((((((,........,.)))))),.,}}|||||||},}...}}))))))).})))),,,)}},},||,..{{{{....}))}.,}|}},,|||,|,}||||....,}}}....|,,||||,,..{(((.((({{.{{.{(((((,...,,,,{{{....})}((({.(((((((((((.(((((..((....))...))))).........,..))))..))))))).})))....,||||,||{.|{,|||,,,||{|||,},},,})))))..))}}),})).)))},.})))))),)),))))).))))..}|||}}}.||{........)}).,.....)))))))))))))))))))))...

Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001286722.2 CUCGGCCUCGCAGCGGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCAGGUCCCUCCCCAG… 5157 nt 0.5071
NM_001286723.2 CUCGGCCUCGCAGCGGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCAGGUCCCUCCCCAG… 2400 nt 0.5808
NM_001286724.2 CUCGGCCUCGCAGCGGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCAGGUCCCUCCCCAG… 3793 nt 0.4711
NM_014612.5 CUCGGCCUCGCAGCGGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCAGGUCCCUCCCCAG… 5160 nt 0.5072
Summary

Enables RNA binding activity. Located in cytosol. [provided by Alliance of Genome Resources, Nov 2024]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image