Basic Information

Symbol
FARP1
RNA Class
mRNA
Alias
FERM, ARH/RhoGEF and pleckstrin domain protein 1 CDEP PLEKHC2 MGC87400 PPP1R75 GLCC1 protein phosphatase 1, regulatory subunit 75 glycolysis-associated lncRNA of colorectal cancer FERM, RhoGEF (ARHGEF) and pleckstrin domain protein 1 (chondrocyte-derived) FARP1-IT1 FERM, ARHGEF and pleckstrin domain-containing protein 1 FERM, RhoGEF and pleckstrin domain-containing protein 1 PH domain-containing family C member 2 chondrocyte-derived ezrin-like protein pleckstrin homology domain-containing family C member 2 Chondrocyte-derived ezrin-like protein Pleckstrin homology domain-containing family C member 2
Location (GRCh38)
13:98142165-98455176 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001001715.4
BLAST PRIMER
NM_001286839.2
BLAST PRIMER
NM_005766.4
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_005766.4
Sequence length
10419 nt
GC Content
0.4955

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3326.1 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -3509.92 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2860.43
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
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NM_001286839.2 GGAAGCCCGUGCCUGUGGCUCCGGGGGAGGGGAGGGCUCGGUGGGUCCC… 10302 nt 0.4875
NM_005766.4 GCACUUCCCGCUCGCCGGCCUCAGAGGCGGCGGGUCCGGCGCGGGCGCA… 10419 nt 0.4955
Summary

This gene encodes a protein containing a FERM (4.2, exrin, radixin, moesin) domain, a Dbl homology domain, and two pleckstrin homology domains. These domains are found in guanine nucleotide exchange factors and proteins that link the cytoskeleton to the cell membrane. The encoded protein functions in neurons to promote dendritic growth. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Nov 2013]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
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