Basic Information

Symbol
FCN1
RNA Class
mRNA
Alias
ficolin 1 FCNM ficolin (collagen/fibrinogen domain-containing) 1 ficolin (collagen/fibrinogen domain containing) 1 ficolin-1 M-ficolin ficolin-A ficolin-alpha Ficolin-1 Collagen/fibrinogen domain-containing protein 1 Ficolin-A Ficolin-alpha
Location (GRCh38)
9:134903232-134917954 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_002003.5
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_002003.5
Sequence length
7588 nt
GC Content
0.4506

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2693.3 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -2829.17 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1851.33
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_002003.5 GUUAGAGCUGGGGGACUCUUCAGAGUCAAAGGCCAGAGAGCAUGGAGCU… 7588 nt 0.4506
Summary

The ficolin family of proteins are characterized by the presence of a leader peptide, a short N-terminal segment, followed by a collagen-like region, and a C-terminal fibrinogen-like domain. The collagen-like and the fibrinogen-like domains are also found separately in other proteins such as complement protein C1q, C-type lectins known as collectins, and tenascins. However, all these proteins recognize different targets, and are functionally distinct. Ficolin 1 encoded by FCN1 is predominantly expressed in the peripheral blood leukocytes, and has been postulated to function as a plasma protein with elastin-binding activity. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
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