Basic Information

Symbol
GAPDH
RNA Class
mRNA
Alias
glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase G3PD GAPD HEL-S-162eP OCAS, p38 component Oct1 coactivator in S phase, 38 Kd component aging-associated gene 9 protein epididymis secretory sperm binding protein Li 162eP peptidyl-cysteine S-nitrosylase GAPDH Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Peptidyl-cysteine S-nitrosylase GAPDH EC 1.2.1.12 EC 2.6.99.- EC 1.2.1
Location (GRCh38)
12:6534012-6538930 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001256799.3
BLAST PRIMER
NM_001289745.3
BLAST PRIMER
NM_001289746.2
BLAST PRIMER
NM_001357938.1
BLAST PRIMER
NM_001357943.2
BLAST PRIMER
NM_001357944.1
BLAST PRIMER
NM_002046.7
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_002046.7
Sequence length
1285 nt
GC Content
0.5611

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-468.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -490.41 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 318.46
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001256799.3 GUCCGGAUGCUGCGCCUGCGGUAGAGCGGCCGCCAUGUUGCAACCGGGA… 1386 nt 0.5657
NM_001289745.3 GCUCUCUGCUCCUCCUGUUCGACAGUCAGCCGCAUCUUCUUUUGCGUCG… 1377 nt 0.5730
NM_001289746.2 GCUCUCUGCUCCUCCUGUUCGACAGUCAGCCGCAUCUUCUUUUGCGUCG… 1525 nt 0.5908
NM_001357938.1 GCUCUCUGCUCCUCCUGUUCGACAGUCAGCCGCAUCUUCUUUUGCGUCG… 977 nt 0.5763
NM_001357943.2 GCUCUCUGCUCCUCCUGUUCGACAGUCAGCCGCAUCUUCUUUUGCGUCG… 1231 nt 0.5662
NM_001357944.1 GCUCUCUGCUCCUCCUGUUCGACAGUCAGCCGCAUCUUCUUUUGCGUCG… 1115 nt 0.5570
NM_002046.7 GCUCUCUGCUCCUCCUGUUCGACAGUCAGCCGCAUCUUCUUUUGCGUCG… 1285 nt 0.5611
Summary

This gene encodes a member of the glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase protein family. The encoded protein has been identified as a moonlighting protein based on its ability to perform mechanistically distinct functions. The product of this gene catalyzes an important energy-yielding step in carbohydrate metabolism, the reversible oxidative phosphorylation of glyceraldehyde-3-phosphate in the presence of inorganic phosphate and nicotinamide adenine dinucleotide (NAD). The encoded protein has additionally been identified to have uracil DNA glycosylase activity in the nucleus. Also, this protein contains a peptide that has antimicrobial activity against E. coli, P. aeruginosa, and C. albicans. Studies of a similar protein in mouse have assigned a variety of additional functions including nitrosylation of nuclear proteins, the regulation of mRNA stability, and acting as a transferrin receptor on the cell surface of macrophage. Many pseudogenes similar to this locus are present in the human genome. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Nov 2014]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image