Basic Information

Symbol
GBP5
RNA Class
mRNA
Alias
guanylate binding protein 5 GBP-5 guanylate-binding protein 5 GBP-TA antigen GTP-binding protein 5 guanine nucleotide-binding protein 5 Guanylate-binding protein 5 Guanine nucleotide-binding protein 5 EC 3.6.5.-
Location (GRCh38)
1:89256189-89272890 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001134486.4
BLAST PRIMER
NM_001391920.1
BLAST PRIMER
NM_052942.5
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_052942.5
Sequence length
6812 nt
GC Content
0.3978

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1781.9 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1918.72 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2179.77
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001134486.4 ACUGAGGUCACCCUCCAGGCUGUGGAACCUUUGUUCUUUCACUCUUUGC… 6704 nt 0.3981
NM_001391920.1 ACUGAGGUCACCCUCCAGGCUGUGGAACCUUUGUUCUUUCACUCUUUGC… 6527 nt 0.3953
NM_052942.5 ACUGAGGUCACCCUCCAGGCUGUGGAACCUUUGUUCUUUCACUCUUUGC… 6812 nt 0.3978
Summary

This gene belongs to the TRAFAC class dynamin-like GTPase superfamily. The encoded protein acts as an activator of NLRP3 inflammasome assembly and has a role in innate immunity and inflammation. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2017]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image