Basic Information
Symbol
GFAP
RNA Class
mRNA
Alias
glial fibrillary acidic protein
FLJ45472
intermediate filament protein
ALXDRD
Glial fibrillary acidic protein
Location (GRCh38)
17:44903159-44916937
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_002055.5
Sequence length
5501 nt
GC Content
0.5712
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2197.9 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-2290.65 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1579.54
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001131019.3 | AGAGCCAGAGCAGGAUGGAGAGGAGACGCAUCACCUCCGCUGCUCGCCG… | 1774 nt | 0.5998 |
| NM_001242376.3 | AGAGCCAGAGCAGGAUGGAGAGGAGACGCAUCACCUCCGCUGCUCGCCG… | 2128 nt | 0.5973 |
| NM_001363846.2 | AGAGCCAGAGCAGGAUGGAGAGGAGACGCAUCACCUCCGCUGCUCGCCG… | 3154 nt | 0.5894 |
| NM_002055.5 | AGAGCCAGAGCAGGAUGGAGAGGAGACGCAUCACCUCCGCUGCUCGCCG… | 5501 nt | 0.5712 |
Summary
This gene encodes one of the major intermediate filament proteins of mature astrocytes. It is used as a marker to distinguish astrocytes from other glial cells during development. Mutations in this gene cause Alexander disease, a rare disorder of astrocytes in the central nervous system. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct isoforms. [provided by RefSeq, Oct 2008]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
