Basic Information
Symbol
HIF1A
RNA Class
mRNA
Alias
hypoxia inducible factor 1 subunit alpha
MOP1
HIF-1alpha
PASD8
HIF1
bHLHe78
PAS domain-containing protein 8
Class E basic helix-loop-helix protein 78
Member of PAS protein 1
hypoxia inducible factor 1, alpha subunit (basic helix-loop-helix transcription factor)
HIF-1-alpha
HIF-1A
HIF1-ALPHA
hypoxia-inducible factor 1-alpha
ARNT interacting protein
basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP1
hypoxia inducible factor 1 alpha subunit
hypoxia-inducible factor1alpha
member of PAS superfamily 1
BHLHE78
Hypoxia-inducible factor 1-alpha
HIF1-alpha
ARNT-interacting protein
Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP1
Location (GRCh38)
14:61695456-61748263
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_001530.4
Sequence length
3946 nt
GC Content
0.3938
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-960.8 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1039.34 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1019.16
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001243084.2 | AAUAAGUGGUGGUUACUCAGCACUUUUAGAUGCUGUUUAUAAUAGAUGA… | 3865 nt | 0.3656 |
| NM_001530.4 | AGUGCACAGUGCUGCCUCGUCUGAGGGGACAGGAGGAUCACCCUCUUCG… | 3946 nt | 0.3938 |
| NM_181054.3 | AGUGCACAGUGCUGCCUCGUCUGAGGGGACAGGAGGAUCACCCUCUUCG… | 3819 nt | 0.3941 |
Summary
This gene encodes the alpha subunit of transcription factor hypoxia-inducible factor-1 (HIF-1), which is a heterodimer composed of an alpha and a beta subunit. HIF-1 functions as a master regulator of cellular and systemic homeostatic response to hypoxia by activating transcription of many genes, including those involved in energy metabolism, angiogenesis, apoptosis, and other genes whose protein products increase oxygen delivery or facilitate metabolic adaptation to hypoxia. HIF-1 thus plays an essential role in embryonic vascularization, tumor angiogenesis and pathophysiology of ischemic disease. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2011]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
