Basic Information

Symbol
HIPK3
RNA Class
mRNA
Alias
homeodomain interacting protein kinase 3 PKY DYRK6 YAK1 FIST3 homeodomain-interacting protein kinase 3 ANPK FIST androgen receptor-interacting nuclear protein kinase fas-interacting serine/threonine-protein kinase homolog of protein kinase YAK1 Homeodomain-interacting protein kinase 3 Androgen receptor-interacting nuclear protein kinase Fas-interacting serine/threonine-protein kinase Homolog of protein kinase YAK1 EC 2.7.11.1
Location (GRCh38)
11:33256672-33357023 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001048200.3
BLAST PRIMER
NM_001278162.2
BLAST PRIMER
NM_001278163.2
BLAST PRIMER
NM_005734.5
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_005734.5
Sequence length
7614 nt
GC Content
0.3987

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2086.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -2233.16 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1962.08
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((...((((.((((....))))..))))..((((((.((((.((........)).))))...)))))).((((((...(((((((((...((((((((((....((((.(((((.((((...(((((((.......).)))))).....))))...)))))...))))...((((..(((((((....)))))))..))))(((((.((((.(((..((((..(((.((((..(((.((.....))..)))..))).)..)))..))))(((....)))....((.((.((....)).)).))))).)))))))))......((((((.(((((...((....))...))).)).)))))).)))))))))))))).))..)))...))))))))))))(((((...(((((((..((((.(...((((.((((((((.((((......))....)).))))))))..))))...(((..((((((((((((((((((((((((((((.((((...........)))))))).......(((((.(((..(((((((..((((((((((.(((........))))))).((((((..((((.((((.(......((((((......(((.(((..((((.(((((((((.....((((((((..((.(((((.......)))))))...))))))))......)))))))))))))..).)).))).....)))))).....).)))).))))...)))))).......(((.((.(((((.........))))).)))))((((...........))))))))))....)))))))...)))..)))))........))))))).))))))(((......)))......))))....(((.((((((((((((((((.(((((........).))))..))).)))))))).))))).)))..(((((((((((..(((((((.((((.(((..(((((...)))))..))).)))).((((((((.....((((..(((((((((.((.....((((((((((((((.(((.....))).))))..............(((..((((((..((((((((((.....)))))))))).))))))..)))(((((((((((((((.((((((((((.((..((((.....((((.......))))...((.((.....)).))(((((((((((((((......(((((((((((((((.....(((((((((............((((........))))((((((....(((((.((((.((((((.(((.((.((((((......((((((.(((....(((((.((.......((((((........))))))..)).)))))........)))))))))..)))..))))).)))..))))))))))..))))).......))))))((((......)))).......(((((.(((((((((..((...))..)))))......(((((((((...(((..((((((..((((..((((.....))))....))))..))..((((((((..((....))..)).)))))).(((((((((((.....(((((..((((((....))))))((((((((((.(.((((((((((..(((((((((..(((((((((.....)))))((.((((.((((((......))).))))))).))......))))..)))))).(((....)))...(((((((.....))))))).)))..))))))).((((..(((....)))..))))(((((((.......(((((.((..(((((((((((...((((((................(((((((((....)))))......((((....((((((((...(((.....(((((((...((((((..((((((((...(((((((...(((((((((......)))))))))(((((((((.(((((((((((...(((((.(((..........((((..(((((...((((....((((..((((..((((.(((..(((((.((((((((.....(((((.((((..(((((.(((((.......(((.(((((((..(((.((..........)).)))))))))).)))....)))))..............((((((((...))))..))))((((((((((((..............................((((.....))))((((.(((......))).))))......((....)).((((.((((...((((........(((((((((((((((.....(((((....((((((((.((((((((...((((((.....((((.......((((......)))).((((((.....))))))....(((((((...((((.....))))....)))))))(((((((.((((((((.....)))..))).(((((((.(((((.((((((.....(((((..(((((((.(.(((((....)))))).))))...)))..))))).)))))).))).)).)))))))))))))))).......))))))))))..)))))))))))))))))).)))))).))))))))))))))))..))))))))......((((.....((((((....))))))....)))).)))))))))))))))))..)))))))))(((((((((.((......(((((((...........(((((........))))))))))))........))..)))).))))).....(.(((((((((((((....((.((((((.(((......)))))).....))).))....))))))))))))).).............)))))....)))..)))))...))).))))..)))).))))...))))..)))))..)))).(((((....))))).(((........)))..(((((((((..(((((((((.(((..........(((((..........)))))(((((...)))))((((.(..((((....))))..).))))))).)))))))))..))(((((.((.....((((((.......))))))...)).)))))..........(((((...(((((((((((.......))))).))))))..))))))))))))...(((((...)))))..........((((......))))...((((((((.(((............((((((((.(((((......(((.......)))........)))))....))))))))(((((((((((.((..((((....(((((((.((.((((((((((....))).......))))))).)).)...)))))).............((((((....((((((((....((((...))))..))))).)))...)))))).((((....((.((((((((............))))))))))..)))).......))))..)))))))..))))))..........))).))))).))).....(((((......)))))))).)))))....)))))))))))...)))))).))).)))))).)...)))))(((((((.(((((((.((((((....((((((((((.((.................)).)).))))..))))...))))))))))))).....(((.....)))....(((....))).)))))))...(((((....................))))).)))...))))))...))))))).........)))...))))))))))))))))...)))))).)))))...)))...)))....)).)))))......)))))))......))).).)))))))))).))))).....))).)))))))))))).....))).))))))))).))))))))).)))))))))..))))))).............((((.((.(((..(((((.(((.((.((((.((((((((..((((((((((((........))))))..............)).))))..)))))))))))))).))))))))......(((..(((((((((((((...((((((...........))))))...........))))))))).))))))))))..))))))...............))))))))..............((((((((((((((...((((...((((((((..(((.((..(((......)))..)).)))..)))))))).......((((((((((......))))))))))((.((((.....)))).))......)))))))))))))))))).((((((((((.((...((((....))))......((((.(((((((((.((((.(((((...(((((((((.....))))))..((.((.((((((.(((....((......))..))))))))).)).)))))...)))))..)))).))..))))))).)))).(((((((....)))))))......)))))))))))).....((((((((((((..(((((((...............))))))).........))))))))))))(((((((((........((((((...(((.(((..............))).)))..)))))).........))))))))).)))))))))))))))))))..)).))))))))))((((((((((((...............((((((((((.(((((((((((.(((...(((((((((((....)))))((((((((((((......))))(((((.(....).)))))....(((((((((((((.......(((((((((...))))))).))(((((..(((((((....((((((((((((((((.(((((((....((((((((.(((.(((((((((((((...(((((..........)))))...)))))))))))))..))).))))))))....((((((..((((((....((((...((((......))))...((.(((.....))).))...........((((((((........))))))))...(((((((((((...(((((((((.((((((............))))))..)))))))))....)))))))))))(((((((((((((((((.......((((((..(((.((((......((((((((((((((...(((((.(((((.........))))).)))))...)).))))))))))))..(((((......((........))......))).)).((.(((((..(((((((.((((.............((((.....))))....)))).)))))))))))).)).....((((((....)))))).))))..))).)))))))))))))))))))))))(((.((((((((((((..((((.(((((.(((((...((((((.((((.((((((........((((((((((((((.....))).)))))))..((((.((((((((((.....(((..(((........)))..))).....)))))))))).)))).(((((((((((((.((.((......)).)).)))))))))))))...))))........)))))).))))(((.(((((((...(((((((((.((..((((..((((.((.....)).))))..))))..)).)))).)))))..((((.((((.........)))).)))).(((((........))))).............(((((..((((((((..(((....)))..)).)))))))))))...))))))).))))))))).....))))).))))).))))..))))))))))))..))).......))))....))))))(((((.......)))))((((((((((((((.....)))))).))))))))........)))))).............)))))))...(((((.......)))))..(((...........)))..(((((((.(((....)))...)))))))......)))))..))))))))))).......)))))))...)))))))).))))))))))..............))))))))...........))))))..((((((((((...))))))))))..............(((((.((((....(((((....((((.(((((.......(((((((...(((......)))...)))))))..((((((........(((.....))).......))))))..))))).))))....))))))))).))))))))))))...))))))).)))))))))).)))))...............(((((.(((((((((((.....))))))))...(((((....)))))(((((.((.(((......(((((...))))).....)))..)).)))))(((((((......)))))))....(((((((......)))))))..))).))))).)))))))..(((((((((((((.(((((..(((((((.(((((((......)))))))..))))))).))))).)))).....)))))))))........(((((((((((((((((((((((((..((((...(((.....((((...............))))(((((((......)))))))..............(((((((((...))))))))).........)))...))))...)))))))))...(((.((((..((((..........))))..)))).))).......((((((.((((.((((....(((((((....)))).))).....))))))))...))))))....)))))))))..)))))))...)))))))))))))))...(((((((((....))))))))).))))))))))..(((((.((((..((((((((......))))))))..))))..)))))..............((.((((((....)))))).))((((((((.(((.((....)).))).)))))))).......(((((((((.((((((....))))))..))))))))))).)))))).)))..))))...)))))))).........))))))).....(((((((....(((((..((((((...)))))).)))))....))))))).........((((((.....))))))...))))))))))).....)))))))..))).............((((((.(((.........))).))))))...).))))....)))))))..((((((((......))))))))..((((((.((((.(((......))).)))).))))))...............)))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((({((((((,((({....}|||,.|}}...||||||,,|||,,,}}.,,..))))).{((((,((((((((((((((((..(((.((((((((({(((,,({{{((,.((((((...((...((((.......(((.(((((..((({...})))..)))))..)))....((((..(((((((....)))))))..)))).,,.,)))),.,)).,),}}}}}},..,,.......}})))}.)),.)).})))))))).)))..(((,,...,,.))).,.((.((.((....)).)).)).((((((((((((.{...(((..((((((((,.,..((((........)))).((((((((((....((((,,.||||((({,(((,,(((({(,,,((((.,({,,,.,|},.,))))...)))))}}))}}.}})))),,.||}}|....}})).)}}))))))))))..}.))))))))..))).(((((((((((((((((.((((...........)))))))).......{({{{.,{{..{{((({(..((((((,,((((((({,,.....(((......}}}....,,((((((((..((..(((.{{...,,.|||..||..((((.(((((((((.....((((((((..{,,(((((.......})))},).}.))))))))......))))))))))))).}},.),)}))))))))|||||,,|||||||..}}})}}}}}}})}},},)))|||,{(.(((((.........))))).))}))||}}.||,.,{,...,|}|}}||}|,,..}}}))))}.,)}}|||..,}..}))}..)))))))}})))))(((......)))...,{{{{((((.{.(((((((((((((((((((.(((({{{...,,.,.))))..)))},))))))).))}}))).)}.}.))))..(((((({{(({...,))}((((((((((({{((((((((({{,((..,{{{{{(((,(({((({{(((((...,.((((.((((({.....}}|,||}}}}}.,.,,))))},,.....,{{{,.,,{|{|{{((((({..((((((((({.....)))))))))),|||,,,,{|||(...{(((((((...,(,{{{{,{{{{,..{{..,,,{|||{{{{,...,,}))))}.{{,({..,,,)).}|,,,((((((((({,{.{{,{,{{(({(({(((((((....,(((((((({......,,{,,,((((,..,,...|}}}((((((..,,(({((.(({{.((({((.(((.((.{((,{{,{,.,,{{{|||.,(({{,,,,,,...........{(((((........))))}}{{||....(({{,{{{........)))))))...})))).,},..}}})}})))),.})))),...,,.}))))){(((......)))).......(((((.(((((((((..((...))..))))),,....(((((((((.,{(((.{((,(((((.{......,.))))}.}}}},},},........((((((((..((....))..)).)))))).,{{{(((({{{.,,,,{{(((,.{{|{{|,...))))||((((((((((.(.((((((((((..{((((((((..(((((((((.....))))){{.{(((.{(((((......))).)))}}))})}...,..))))..))))))}|,{....}},...(((((((.....))))))).,}}..))))))),,{{,.{({{..,|},},.})))|((((((.......(((((.((..(((((((((((...((((((...,...,{.......{((((({{,....,}))}.....,{|||....((((((((.,,({{.....(((((((...((((((..((((,{{{...((((({,...(((((((((......)))))))))(({{{{{{{.(((((((((((...(((((.(((....,,,,,,((((,,(((((,..{{{{....((((,.((((..((((,{{{.{(({{{,|{{{(({(||,,.(((({,((((..(((((.{,,,,.......{(({(((((((..(((.({..........}).)))))))))}.)),,,..,,,,,...........,..((((((((...})))..))))(((((((((((({.....,..........,,.......,{{{(,,(({{..,|,,((((.(((......))).)))),,..,,{{....||.{(((.((((...{{((,.......(((((((((((((((.....(((,,....((((((((.(((((((({{.,,{,(({....}}}|....,,.((((......))))}|,,,.,.....||||,|,...{((({,....}})))}..,|{{|||,..{,(((((((((((.{({({(((.....)))..}}}.(((((((.(((((.((((((.....(((((..(((((((.,.(((((....)))))).))))...)))..))))).)))))).)))},).))))))))})))))))...}}))),))))))))}.)))))))))))))))),,.))}})}}})))))})}}))))))..))))))))}}}}}}}||{.....((((((....))))))....,,.),}))))))))))))))))..)))))))))(((((((((.((......(((((({..........,{((((........))))))))))))........))..)))).)))))...},|||||{{{{{{{{{|,,,,||,||||||||||......}}}},,.....}}}.}}....}|||||}}}|||}||............,))))),}}}))}{{||}}|,..||}.}}}}..}))},||||,..}}}}..|||}}..}))).(((((,...}}|||{((({{{.,..((((({......|}}}}}.,|,..}|}))|......,,}|(((((..........)))))(((((...}})||(((.((((((((((.{|,,|.,{{|,}},,,.,)))})},(((((...))))),.},)})))))))}}}}.}},},,...||,|}}},..,...,,..,}))))).(((((((((((.......))))).))))))....,,,.))))))..,||,||,,||||}}..))))}}}.((((......))))...(({(((((.(((.,..........((((((((.(((((......(({.......)))........)))))....))))))))(((((((((((.((..((((.,{,(((((({.((.((((((((((....))).......))))))).}),)...)))))).............((((((....((((((((,{{{((,,..,}))),}))))).)))...)))))).{(((....((.((((((((.{,.......},)))))))))),,)))}....,,.))))..)))))))..))))))..........))).))))).))).....(((({......}))))))).))))}..,,)))))))))))...}|||||{|||{|,||||{|{,{||||,{((((,(,(((((({{((((((....(((({{((({.((.................}).)).})))..))))...))))))))))))).....,{|,.,.}))},,}.{,|,,.})))},)),,,)}}}|||||},........,|,.,,,}}.))))),)))...))))))...)))))))..,.,,,..}}},,.))))))))})))))))...)))))).)))))...))),..}))....)).)))))......))))))}......,)).).))))))))))}),,,,,}},,,||||||}}}}))))).....))),))))))))).,}))))))).))))))))).,))))))).............{{,{.,,.,,{{(((,(((((,.....|||||((((,((({(.....((((((........))))))...,.))}}}}}}}|||,....,},((((((((((....))))))},)))....,..{((((((((((((...((((((...........))))))...........)))))))))}})))}))}},..}})}))...............}}}}}}}}.,...}})},}}},((((((((((((((...{(({...((((((((..(((.{{,,{(,......},).,}}.)))..)))))))).......((((((((((......))))))))))((.{(((.....)))).))......},,,)))))))))))))).{{{,.{((|,,,|,,.{(((.,,.}}}}.,{{{{(((({({((((({{.((((.(((((...(((((((((.....))))))..{{.{{.((((((.(((....{,......,,..))))))))).,,.}})))...)))))..)))).)),,)})))},.,}}},{((((({....})))))).....,))}},,,,,})))))}}}}}....,,..||||||.||||....,,...,}||,,,,|,{((((({....|})))||.,|,.,{{{,|{,|},,..,..||||||},,|||,|||}}}}...,,,,,}},,)},))}},))))}}}},}}}}}),,)))))).,,))})),)))))))))).)))))))}||,|||{{{((({{((((({{{{{{,,.....}}))))))))).....))))}}.,)}))}.}}.)))}||(((,,,,|||||....,,,.((((......))))(((((.{....}.)))))..}},,,}}}|,,,||||||||..,))}))}))}))))))))))),{{{.((((...,,..{((((({{{(((((((((((...........((((((((.(((.(((((((((((((...(((((..........)))))...)))))))))))))..))).))))))))........(({...})){{{{.,....}))}}}|||||}}},||}}||.{||,.,,,)))}))}}}........((((((((........)))))))).,.(((((((((((...((({(((((.{(((((............)))))}..})))))}))....)))))))))))..,,}},}.,.))))))..})}},))))))))))).......))},((((((((((((((...(((((.(((((.........))))),))))}...)))))))))))))))....))))))))))))...............)))))))))))))))).}.}}}|.{((((((.......{(((((....((((((..(({....(((((...((.((((((...((((.....(((((((((((({..,{..{{{.....}})..))))))))))))..)))))))))))).))))).)))..))))))...}))))}})}}}||,{..,{,,,,......,|||{{||||{.,,,.}}).)))))))}))}))}...{((({{(.((((((((((((..(((((,..((((,,.((((.....)))).,,,}))}{(((((((((((.({.((......)).)).)))))))))))),.........,,,},,,,))....)))))))))))).)))))){{{{(((,((..((({.,((((.({.....}},)))},.))))..}).)))),)))},{{((|.{{(((({{{{,.{{...,......(((((........)))))...........{{||{,...(((((,.((((((.((((((((((.(((((.((...((((.((((((.((((((({(((((((((((..(((.(((((((((,,,(,,,.....,,||},..........|||....(((((.......)))))((((((((((((((.....))))))}})))))))....{{,{({{,(({.,{...,)},)}},))),....{((((,,,....}}}))..(((...........)))..(((((((.(((....)))...))))))),,,({.((((((((((((((((....,.....,||...{((((((((((....{{(((({{...,,,,......,}},,,,,,,,}}......},}..)))))))),,,.,,(((((((((.,,..(((........))).......))))))))).......{(((((((((.(((((((.......,,,,....,|{{((((({({(((((((,,.(({.....(((.(((((...(((((.((((((({{....{{{{.(({((,,.|}}},.})}}}}},)).))))))).)))))))))))))....})).,,.))))))),},))))))),..((((((((.....))))))))...{{{....))}.(((.(((((.((....))))))).))).........})))))).)))))))))|(((((......)))))},.,,,{((((({......})))))|{((((............))))||(((((((((((,({(((,.{((((({.(((((((......)))))))..))))))),)}))).}))).....)))))))},........,,|||||..((((...(((((((((..((((.,.(((....,((((...............))))|((((((......)))))),.....{{{,.....(((((((((...)))))))))..}}},...))).,.))))...)))))))))...)))){{{{..((((,{........))))..)))).,...)))))))))))))))).,,...((((((((..,.{({,(((....{{{{{({..||.{((((((({{.,|||,,{{{{{..,{{|},,}}}},}},,.............(((((((((....)))))))))..||,.,}}),)})))))))}}}..,}})))}}.))).,))....)))))))).})))))}}}.))))))))).)))..).))))))))){(((((,{{...((...((((((,((({.((...(((...,.{(((.(((((((((.((((((....))))))..)))))))))))))}..))).)).}))).,,)))}}},...})...,..})))}|((((((...........)))))),((((({...}))))){((((....((((((((((((((.((((,(,((((((....)))))}...,.).)))).)))).)),))))))))..))))}.....((((((.(((......,..))).))))))....))})}))))))))))).))))....)).))))).)))))))))).))).)))..,.)))))..,|||||...})),,),,,,,,,.,)))}))}})),,.

Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001048200.3 GGUGGCAGCUGCCUCAGUGACGACUGCCGGCAUCGCGGCGACCUGAGGA… 7551 nt 0.3989
NM_001278162.2 CUCCGCAGUCCUAGGCCGUAACUACGGAGAUCCCUUUCCUUUCAUUAAG… 7442 nt 0.3893
NM_001278163.2 GAUUUCCUAAUCUCCAGGAGGAAAGAAACUAGUCUUUGGGAGUUAAACC… 7123 nt 0.3755
NM_005734.5 GGUGGCAGCUGCCUCAGUGACGACUGCCGGCAUCGCGGCGACCUGAGGA… 7614 nt 0.3987
Summary

Enables protein serine/threonine kinase activity. Involved in mRNA transcription; negative regulation of apoptotic process; and protein phosphorylation. Located in cytosol; nuclear body; and plasma membrane. [provided by Alliance of Genome Resources, Nov 2024]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image