Basic Information

Symbol
HLA-DQB1
RNA Class
mRNA
Alias
major histocompatibility complex, class II, DQ beta 1 IDDM1 CELIAC1 HLA-DQB HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain MHC class II DQ beta chain MHC class II HLA-DQ beta glycoprotein MHC class II antigen DQB1 MHC class II antigen HLA-DQ-beta-1
Location (GRCh38)
6:32659467-32668383 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001243961.2
BLAST PRIMER
NM_001243962.1
BLAST PRIMER
NM_002123.5
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_002123.5
Sequence length
1605 nt
GC Content
0.5140

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-555.8 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -585.57 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 390.59
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001243961.2 AUCAGGUCCGAGCUGUGUUGACUACCACUGCUUUUCCCUUCGUCUCAGU… 1629 nt 0.5163
NM_001243962.1 UUUUUAUUCUUUCUGCCAGGUACAUCAGAUCCAUCAGGUCCGAGCUGUG… 1638 nt 0.5177
NM_002123.5 AUCAGGUCCGAGCUGUGUUGACUACCACUGCUUUUCCCUUCGUCUCAGU… 1605 nt 0.5140
Summary

HLA-DQB1 belongs to the HLA class II beta chain paralogs. This class II molecule is a heterodimer consisting of an alpha (DQA) and a beta chain (DQB), both anchored in the membrane. It plays a central role in the immune system by presenting peptides derived from extracellular proteins. Class II molecules are expressed in antigen presenting cells (APC: B lymphocytes, dendritic cells, macrophages). The beta chain is approximately 26-28 kDa and it contains six exons. Exon 1 encodes the leader peptide, exons 2 and 3 encode the two extracellular domains, exon 4 encodes the transmembrane domain and exon 5 encodes the cytoplasmic tail. Within the DQ molecule both the alpha chain and the beta chain contain the polymorphisms specifying the peptide binding specificities, resulting in up to four different molecules. Typing for these polymorphisms is routinely done for bone marrow transplantation. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Sep 2011]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image