Basic Information
Symbol
HMGB1
RNA Class
mRNA
Alias
high mobility group box 1
HMG3
SBP-1
DKFZp686A04236
Sulfoglucuronyl carbohydrate binding protein
Amphoterin
high mobility group protein 1
high-mobility group (nonhistone chromosomal) protein 1
high-mobility group box 1
HMG-1
HMG1
high mobility group protein B1
High mobility group protein B1
High mobility group protein 1
Location (GRCh38)
13:30456704-30618872
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_002128.7
Sequence length
5456 nt
GC Content
0.3776
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1487 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1596.23 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1279.39
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001313892.2 | AGUCAGAACAGAAAUACAUCUCAGGGCCAAACCGAUAGGAAACGAGGCU… | 5482 nt | 0.3771 |
| NM_001313893.1 | UUUCUGCGGAGGGAUUACGCUGACGAAAGAGACCUGCUUGCGCGUCGCU… | 5030 nt | 0.3930 |
| NM_001363661.2 | AAUGUUACAGAGCGGAGAGAGUGAGGAGGCUGCGUCUGGCUCCCGCUCU… | 5506 nt | 0.3774 |
| NM_001370339.1 | AAUGUUACAGAGCGGAGAGAGUGAGGAGGCUGCGUCUGGCUCCCGCUCU… | 5611 nt | 0.3764 |
| NM_001370340.1 | GGGAUUACGCUGACGAAAGAGACCUGCUUGCGCGUCGCUGUUCCGUGGU… | 5687 nt | 0.3897 |
| NM_001370341.1 | AGUGCGGGCCCGGCCGGCCUCGGCCCGGUCGCGGCGGCGGCGGCGGCCG… | 5483 nt | 0.3846 |
| NM_002128.7 | AAUGUUACAGAGCGGAGAGAGUGAGGAGGCUGCGUCUGGCUCCCGCUCU… | 5456 nt | 0.3776 |
Summary
This gene encodes a protein that belongs to the High Mobility Group-box superfamily. The encoded non-histone, nuclear DNA-binding protein regulates transcription, and is involved in organization of DNA. This protein plays a role in several cellular processes, including inflammation, cell differentiation and tumor cell migration. Multiple pseudogenes of this gene have been identified. Alternative splicing results in multiple transcript variants that encode the same protein. [provided by RefSeq, Sep 2015]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
