Basic Information

Symbol
HOMER1
RNA Class
mRNA
Alias
homer scaffold protein 1 Ves-1 SYN47 HOMER-1B homer homolog 1 (Drosophila) homer scaffolding protein 1 HOMER HOMER1A HOMER1B HOMER1C homer protein homolog 1 homer homolog 1 homer, neuronal immediate early gene, 1 homer-1 Homer protein homolog 1 Homer-1
Location (GRCh38)
5:79372636-79514565 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001277077.1
BLAST PRIMER
NM_001277078.1
BLAST PRIMER
NM_004272.5
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_004272.5
Sequence length
5798 nt
GC Content
0.4022

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1647.1 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1763.79 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1756.69
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001277077.1 GGCCCCAACGCGGGCUUAGCCUCCCGCCUUGGCUCGGGCAGGCGCCCGU… 3922 nt 0.3914
NM_001277078.1 GGCCCCAACGCGGGCUUAGCCUCCCGCCUUGGCUCGGGCAGGCGCCCGU… 3963 nt 0.3957
NM_004272.5 ACUCUGCCGCCGCGCUAGCUUCACGCCGGCGGCGCUGACCGGGAAAGCA… 5798 nt 0.4022
Summary

This gene encodes a member of the homer family of dendritic proteins. Members of this family regulate group 1 metabotrophic glutamate receptor function. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image