Basic Information
Symbol
HOPX
RNA Class
mRNA
Alias
HOP homeobox
LAGY
HOP
OB1
NECC1
SMAP31
homeobox only domain
CAMEO
HOD
TOTO
homeodomain-only protein
lung cancer-associated Y protein
not expressed in choriocarcinoma clone 1
odd homeobox protein 1
Homeodomain-only protein
Lung cancer-associated Y protein
Not expressed in choriocarcinoma protein 1
Odd homeobox protein 1
Location (GRCh38)
4:56647989-56681877
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_032495.6
Sequence length
1123 nt
GC Content
0.4417
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-329.6 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-353.02 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
301.03
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........(((((((((((.((((..((..(((.((((((......................)).)))))))..))..)))).)))))).....)))))(((((....((((((((((((((....(((((....(((.((((((..(((.......)))((.(((.((((((.(.....((..((((...))))..))((.((......)).)).(((((((.(((((((((...))))))....((((.....).))).)))))))))).).))))))))).)))))))).)))(((((((((((((((((((((..((((.(((((......((((((.(.((...)).)))))))......((((((((((..(((...............)))...)))..)))))))........(((((.....)))))))))).))))....))))))))((((....))))(((((........)))))((((((.((((((((((.((((((((...(((((((((.((((((((((((.((((((((((((..........))))))))))))))))))..((((.((.....)).)))))))))).)))))))))...(((((......))))).)))))))).(((((((((.((((.(..((((((((((......)))))))..)))..)...))))))....(((((...((((...)))).((((((((..(((((((...........)))))))..)))..))))))))))))))))).......(((((((.(((((......)))))(((((.((((((((((......)))).)))).))..)))))......)))))))((((((((((.........))))...))))))....)))))))).)).))))))..))))))))..))))).)))))..)))))).............((((((((.((.....................(((((.((..((((((.......))))))..)).)))))..(((((((((((.....)))))))))))))))))))))((......)).................)))))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........(((((((((((.(((({{((..((({((((((.......,..,{,,{{.....{||{|,,},||{{||{{|,||.,,,))}.,,.})))))|..,.,}}||{{{|{||||||{{....(((({....,.|}}}}..,..,||..,.,}.}))}})|)}.|||||{|(.{,..{{,.((((...)))),,}}||{||,...{,||.,|,((((({(((((((((((...))))))....((({.....}.))).)))))))))).}.}))}})))).,},,||||,|||(((({((((((((((((((((..((((.(((((....,.((((((.{.(,...}},))))))|{.,...((((((({((.,{{(,,......,}}.,..})}...)))..))))))).,},....(((((.....)))))))))).))))....))))))))((((....))))(((((........)))))((((((.((((((((({.((((((((,.{({(((((((.((((((((((((.((((((((((((.{......,.)))))))))))))))))),,{(({.{{.....)}.})},)))))).))))))))),..(((((......})))).))))))))...{,,,,,..((((...})))(((((((......)))))))..,{{{{{{{.,({{{{{{{..,,.({{.,((...{||({.,,,,,,,,..,,,||||}.....}}..})),}}},..|||.,||||||||(((((((({....,)))))))|{.{((((......)))))||,,|}||||||||||,.....,,,,..))))))}})))))},....,,}}|||((((((((({.........}}},..,))))),.,,,))))))))},).))))))..))))))))..)))))})}))}}.}}}},},{,,...,.....|{{{{,,,{||,,,,.................(((((.((..((((((.......))))))..)).)))))..(((((((((((.....)))))))))))))))))))))........}}..,,,,..........,||||,}}}})))),.
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001145459.2 | AGAAGGCCGCCUACCGGGGAGGCCGGAGGCCGGCUAGUCGCGGACUCGG… | 1174 nt | 0.4668 |
| NM_001145460.2 | GCUUCCAAACCCAGGGCUUGCGCUUGCCUUUGCCUCUUCCACACUAAUG… | 1253 nt | 0.4477 |
| NM_032495.6 | GCUUCCAAACCCAGGGCUUGCGCUUGCCUUUGCCUCUUCCACACUAAUG… | 1123 nt | 0.4417 |
| NM_139211.5 | AGAAGGCCGCCUACCGGGGAGGCCGGAGGCCGGCUAGUCGCGGACUCGG… | 1130 nt | 0.4584 |
| NM_139212.4 | GCUUCCAAACCCAGGGCUUGCGCUUGCCUUUGCCUCUUCCACCGCGCAG… | 998 nt | 0.4349 |
Summary
The protein encoded by this gene is a homeodomain protein that lacks certain conserved residues required for DNA binding. It was reported that choriocarcinoma cell lines and tissues failed to express this gene, which suggested the possible involvement of this gene in malignant conversion of placental trophoblasts. Studies in mice suggest that this protein may interact with serum response factor (SRF) and modulate SRF-dependent cardiac-specific gene expression and cardiac development. Multiple alternatively spliced transcript variants have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2009]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
