Basic Information

Symbol
IRF4
RNA Class
mRNA
Alias
interferon regulatory factor 4 LSIRF MUM1 NF-EM5 SHEP8 lymphocyte-specific interferon regulatory factor multiple myeloma oncogene 1 Interferon regulatory factor 4 IRF-4 Lymphocyte-specific interferon regulatory factor Multiple myeloma oncogene 1
Location (GRCh38)
6:391739-411443 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001195286.2
BLAST PRIMER
NM_002460.4
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_002460.4
Sequence length
5314 nt
GC Content
0.4703

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1660.3 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1757.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1275.07
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((..((((((.((((((.((.(...((((....))))...).))))))))))))))..))((((((((((.(((((..((((....))))((((.......))))(((((((...((((((((((((((.((((((.(((((...(((((((((..((((.(((((((..((((((...((((...((((((((((..((((.(((....(((........))).(((((..((((((..(((((.(((((((.((((((((.(((...))).)).(((((................))))).))))))......)))))))(((((((((((.((((((((.....((((((..((((((((((.((.((((...((........))....)).)).))))))))(((((.....))))).....))))..))))))..)))))))).))).(((((((((((.......(((((...)))))((((....))))(.(((..(((......((((......))))....)))....))).)))))))))...)))................))).)))))...)))))))))))..))))).((((((........))).)))..........)))..)))).(((((...))))).))))))))))...))))..)))))).((((((((....)))).))))...))))))))))).(((((((...(((...........))))))))))((((.((....)).))))))))))))).....(((((((((((((((((((((..((((.....(((((((((..((((((....((((((.(....(((((((..((((((.(((.(..(((((...((((.(..((((((....((.((((........)))))))))))).).)))).((((((((((.((((.(((((.((((((...((((..(((((((((((((.(((......)))....(((((((........(((.(((..(((....)))..((((..(.(((((...((((...)))).))))))..))))))).)))........))).)))))))))))))...))))..))))...)))))).)))))...((.(((((........(((.(((....((((((((((.(((((..((((.((....))...)))))))))))).)).)))))))).))).))))).))...(((((((.....(((((.(((.((((((...((((.(((....))))))).)))))).))).((((......))))..(((((..((((...(((........))).(((.(((((.....))))).)))(((....))).))))..)))))..)))))..........((((.(((((((((((.(((((.................(((.....)))((((((..(((((((((((.(((((((((((((...........................((((.(((((((...))))))).)))).((.(((.((((((((...........(((((((((((.(((.((..((.(((.....(((.(......).))).....))).))..)).))).)))))...))))))))))))))))).))...((((.(((...)))))))......(((((((((((((.(((..((((((..((((((((..((((((((((((..((((....))))..))))))...)))))).))))..(((((..(((((..(((((((((.((((((......)))))).(((((((((((((((((.....((.(((((((...(((((((..(((...(((((((...(((((((..((.(((.(......).))).))))))))).)))))))..))).)))))))(((((............((.(((((((.(((((((((.(((.......))).)))))))))..))).)))))))))))...(((((((....)))).)))...))))))).))...))))))))..((((...((((.((((.(((...........((((((....))))))..(((.(((((((((.((((.((.((((((((.(((.(((((......))))).)))((((((((....((((....(((((......)))))...))))..))))))))(((((((((((((.....((((((((((((((...((((.....((.((.((((...(((((((((..((((....))))..)).........((((((((((((.(((((.(((....((((((((((........))))))).....(((((.(.((((((.((((((((((......(((....)))....)))))))...))).)))))).))))))...((((((.......))))))........((((((......((((((((((.((.(........).)).)))))).)))).....))))))..)))...)))...)))))...))))).))))))).))))).))...)))).)).))..)))).)))))))).).))))).....((((((....))).)))...))))))).)))))).)))))).))...))..)))))))))))))..))).))))))).))))...)))))))))))))))))))))).)))))..))))).((((.(((.(.(((((.........((((..((((..(((((....)))))..))))..)))).((((((((.(((((...((((.....(((.(((((....)))))...)))....))))...)))))..))))).)))......))))).)...))).))))..(((((........)).)))........))))..))))).)..))).))......((((((((((((..(((((((((.......)))))).......((((.......))))(((.((((.........)))))))...(((.........)))))).)))))).))))))..((((((((.....))))))))..............)))))))))))((((((((((.......))))))))))...((((((((((......((..(((((............(((((((....)))))))............)))))..))....((((((......((((((.......))))))....))))))..))))))))))...............))))))))))))......).)))))))).)))...))))))((((.((.(((((.(((.(((.((((....))))...)))..)))))))))).)))))))))((((((((((..((((((((....))))...))))........(((((...))))).........((((((((.(((((((((...)))).)))))((((....)))).....(((((...)))))((((((((...))))))))(((((((((((((.........(((.((((((.(((((((.......)))))))...(((((...)))))..............)))))).)))..(((((..(((...(((((.((.....((((((((((.................)).)).))))))....))...)))))..)))..))))))))))))))))))........))))))))...)))))))))).)))))))))))...)))))))))))((((((.((((((((((..........(((((....))))).................((((((((.(((.((((...))))..))).................))))))))((((((...))))))..(((.((((((((((.....(((...((((((((.(((((...............)))))..((((((((.....))))))))..(((((...(((((((.((.((.(..........).)).)).)))))))(((((........((((((((.((.....)).))))))))((((((((.(((..((((((.(((((.((((((.((((((....))).)))..)))..))).)))))..))))))..)))..)))))))))))))............))))).....))))))))))))))))))))))))....))))).).)))).))))))......((((((........)))))).................)))))))))).))))..............)))))..).))).))))))....)))).)))....).))))))...))))))..)).)))))))....(((((...((((.((....)).))))..)))))..((....))))))....)))))))))).)))))).)))))...))))).))))))........))))).((((((((((....))).))......((((((.....))))))...................))))).......)))))))))...)))))))(((..((((.(((......((.....)).....))).)))).)))....((((((...............((((..((.(((((((.((..(((((((((...(((((((((((.((((.((((...)).)))))).))))))))((((((......))))))............(((((((((((..(((((((((((((((...))))))).....))))))............))..)))))))))))....(((((.(.((((((......)))))).))))))..))).)))))))))...)).))))))).)).)))))))))).((((....))))...))))).))..((..((.((((((.(((.((((...)))).))))))))).))..))(((..((((((((.........(((((((((...................))))).))))..((((....))))))))))))...)))..(((........)))....((((((((.(((((.((.....)).))).)).)))))...)))(((((((.....)))))))....(((.(((((((....))))))))))(((((....))))).....)))))))).(((((........)))))(((((((((..(((((((......)))))))......))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{{..((((((.(((((((((.{...((((....))))...}.)))))))))))))|,.||(((((((((({({,{{.|||((.{,.}}})|{||,.{{,|.}||((((((((...((((((((((((((,((((((,((({(,,.((((((((({.((((.(((((((..((((((...((((...((((((((((..((((.(({,..{,(({,.,,...|||.(((((..((((((..{((((.(((((((.((((((((.(((...))).)).(((((....,.....,.....))))).)))))).,,...))))))){((((((((((.((((((((.....((((((..((((((((((.((.((((...{{{,{.....)),...)).)).))))))))(((((.....))))).....))))..))))))..)))))))).))).{{(((((((((,.,.{{,(((((...})))),||...,,||||,.{((,,{,......,((((......)))).,,,}||,},.|}}|.))))))))}.,||}.....,..........}}}.))))}..,)}})}))))))..))))).||{(({...,....}}}|))).,,..||},.,,...}))).(((((...))))).))))))))))...))))..)))))).((((((((....))))}}}))...))))))))))).|(,(((({..,,,.}}}}}.,,,.,||||}||,|,,..,.||,}}),,}},|))))))))).....,((((((((((((((((((((,,{{...,.{{((((({{{{{|{{((({...,(({{((,{.,..{{{((((..((((((.(((.{.,(((({...((((,{..{{{{{(....((.((((,,...,},)))))))))))).},}}}}.((((((((((.(({{.(((({.((((((...((((..(((((((((((((.{{(..(((({({,,..(((((((,(................)}.))).))}}|||},..)))|{{{{{|||}||||}{{(((((.....))))},,,}.}}....}}})})))}.))))))))),..})))..))))...)))))).}))))...((.(((((........(((.{{(....(((((((((,{(((({.{((((.{{....}}...)))))))))))),,).)))))))).))}.))))).))...(((((((.....(((((.(((.((((((...((((.(({....))))))).)))))).))).((((......))))..(((((..((((,,,,,{,.,,........,,,.{{(((.....))}}}.,}}(({....})).))))..)))))..))))).},.......((((.(((((((((((.(((((,................{{{.....})}((((({..(((((((((((.{((((((((((((...........................((((.(((((((...))))))).)))).((.(((.((((((((...........(((((((((((.(((.((..((.(((.....(((.(......).))).....))).))..)).))).)))))}..})))))))))))))))).))...{({{{(((...}))))}}.....{(((((((((((({.(((,,(({{{(,,((((((((.........,}}}}.....,{(({((({{..}}}},||}{{({{{{,,|{,|{((((..(((((..(((((((((.((((((......)))))).(((((((({((((((((....{((,{{(((((..,(((((((..(((...(((((((...(((((((..{(.(((.{......}.))).)}))))))).)))))))..))).)))))))|,,,,.....,,.,,.(((.(((((((.(((((((((.({(,{....}))).)))))))))..))).))))))),)}},..(((((((....)))).)))...)))))))}),...))))))))..{{{,...((({.((((.(((,,,,.......{{{{{|....})))))..(((.(((((((({,((((.((.((((((((.(((.(((((......))))).)))((((((((....((((...,(((({......))))),,.))))..))))))))(((((((((((((.....(((((((((((((({..((((.....((.((.((((...(((((((((((((,{,,...|},..,,,.......,||,,,,.(((((.(((((.(((....((({((((((........)))))}}.....((((,,(.((((((.{(((((((((......(((....)))....})))))}...}}).}))))).)))))}...{(((((.......}}})))},......((((((......{{{{((((((.((.{........}.)).)))))).)))}.....)))))),.)))...)))...)))))...)))))..}))))).))))).))...)))).)).)).,)))).)))))))).),})))).,...((((({,...))).)})...))))))),,))))).)))))).))...))..)))))))))))))..))).))))))).}))).,.}}}}}))))))))))))))))).)))))..))))}...((((({.((((((............)))))).},})))}..(((((....))))).......||||||||}||{||,,{(({,.....,,|}|||,,..,,|||||{..|||{{{,,}||.||,},,,.{|||||.,,,..))))}))),}))))))).}}}}}}|||{{,,,,,,,....,,..,|||...}||}..}}}}|,,..))}.))...,,,{{{{|||(((((..,,(((((((.......))))))}....,,{{{,.,,,,|}))))|||.(((|.........}}}}}}},..{{|.|,......))}}}}.)))))).))))))..((((((((.....))))))))..............}))))))))))|(((((((({...,.,,))))}}}}}}...((((((((((......{(..(((((............(((((((....)))))))............)))))..))......{{{{......((({{{,,,,,..}}}}},..}))).}}}..))))))))))...............))))))))))))......}.)))))))).)))...})))))((((.((.(((((.(((.(((.((((....)))).,.)))..)))))))))).)))))))))((((((((((.,({({((((....)))).,,|||,..||....(((({...)))))..,,,....{(((((((.(((((((((...}))).)))))((((....}}}}....,{{{((...|||}|{(((((({...})))))}}{{((((({{{{{{.........(((,{{{{||,(((((((.......)))))))...{({{{...})))}..............||||}|,|||.,((({{..{||,..|||||,||,....((((((,(({,.,,............,)),)).))))))....,,...))))),.)})..)}))}})}}})}}}}}},........))))))),...)))))))))).)))))))))))...)))))))))))((((((.(((({(((((.,,,,.....(((((....))))).,..,,...........{(((((({.{{({{({,....}||,{},......}}},,,.,,...))))))))((((((...))))))..(((.((((((((((.....(((...((((((((,(((((....,,,....}},.))))}.}((((((((,...,))))))))..(((((...(((((((.((.{{.{.......,..}.)}.)).)))))))(((((,.......{(((((((.((.....)).)))))))}{(((((((.(((..((((((.(((((.{({,,{.{{,(((....))).}},.,}}}..})).)))))..))))))..)))..)))))))))))))..........,.))))).....))))))))))))))))))))))))....))))),).}))).))))))......((((((........))))))............,.,..)))))))))).)))}....,,........)))))..}.))).))))))....)))).,}}.,,,}.}})))),,.)))}))|,}},}))))))....{(((|,..|{{|,||..,|)).}}}}..},))).}}|,..}))))))....))))))))))))))))).))))}...})))),)))))}.,,..|},})}}),|||{,{,{((,,,.))),)}},}},.((((((.....)))))).....,.,,.,|||,...,))}))}},,..,)))))))))...)))))))){{..((((.(((...{,,{,...,,),.....))).)))).}}|,,.{(((,(({{{{{{.........{{{{.,{,.(((((((.({..(((((((((,,.,{,((((((((.((((((({{...,).)))))).)))))))){{{{((......}))))),,....,.....{((((((((((..{,(((((((((((((...))))))).....))))))............}}..)))))))))}|{{,.(((({{(.((((((......)))))).)))))).,))),)))))))))..,)).))))))).|}.|||}{(((...((((....))))..))))||,},..,|}.,..((((((.{{{|{{{,...,))).))))))))).,,..,.(((..((((((((.........(((((((((...................)))))))}))..((((....))))))))))))...))).,|}|}|||},|}}},....{(((((((.(((((.((,...,)).))).)).)))))...))}(((((((.....)))))))....,,|,{{|||||}},,}})},}||||{({{{....}})))....,})))))))..{(((,,,,....,}|||{{{{{(((({.(((((((......)))))))......})))))))).

Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001195286.2 AGUUUCACCGCUCGAUCUUGGGACCCACCGCUGCCCUCAGCUCCGAGUC… 5311 nt 0.4702
NM_002460.4 AGUUUCACCGCUCGAUCUUGGGACCCACCGCUGCCCUCAGCUCCGAGUC… 5314 nt 0.4703
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the IRF (interferon regulatory factor) family of transcription factors, characterized by an unique tryptophan pentad repeat DNA-binding domain. The IRFs are important in the regulation of interferons in response to infection by virus, and in the regulation of interferon-inducible genes. This family member is lymphocyte specific and negatively regulates Toll-like-receptor (TLR) signaling that is central to the activation of innate and adaptive immune systems. A chromosomal translocation involving this gene and the IgH locus, t(6;14)(p25;q32), may be a cause of multiple myeloma. Alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2010]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image