Basic Information

Symbol
ITCH
RNA Class
mRNA
Alias
itchy E3 ubiquitin protein ligase AIP4 itchy (mouse homolog) E3 ubiquitin protein ligase itchy E3 ubiquitin protein ligase homolog (mouse) ADMFD AIF4 NAPP1 E3 ubiquitin-protein ligase Itchy homolog HECT-type E3 ubiquitin transferase Itchy homolog NFE2-associated polypeptide 1 atrophin-1 interacting protein 4 itchy E3 ubiquitin protein ligase homolog Itch Atrophin-1-interacting protein 4 EC 2.3.2.26 EC 6.3.2
Location (GRCh38)
20:34363235-34511773 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001257137.3
BLAST PRIMER
NM_001257138.3
BLAST PRIMER
NM_001324197.2
BLAST PRIMER
NM_001324198.2
BLAST PRIMER
NM_031483.7
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_031483.7
Sequence length
6743 nt
GC Content
0.3917

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1852.9 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1979.74 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1564.48
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001257137.3 AGUAGCUGUGGUCGGGGCUCGGGACCGGCUGCCAUCUUAGUCUAGGGAC… 6866 nt 0.3946
NM_001257138.3 AGUAGCUGUGGUCGGGGCUCGGGACCGGCUGCCAUCUUAGUCUAGGGAC… 6601 nt 0.3913
NM_001324197.2 AGUAGCUGUGGUCGGGGCUCGGGACCGGCUGCCAUCUUAGUCUAGGGAC… 6887 nt 0.3948
NM_001324198.2 AGUAGCUGUGGUCGGGGCUCGGGACCGGCUGCCAUCUUAGUCUAGGGAC… 6764 nt 0.3919
NM_031483.7 AGUAGCUGUGGUCGGGGCUCGGGACCGGCUGCCAUCUUAGUCUAGGGAC… 6743 nt 0.3917
Summary

This gene encodes a member of the Nedd4 family of HECT domain E3 ubiquitin ligases. HECT domain E3 ubiquitin ligases transfer ubiquitin from E2 ubiquitin-conjugating enzymes to protein substrates, thus targeting specific proteins for lysosomal degradation. The encoded protein plays a role in multiple cellular processes including erythroid and lymphoid cell differentiation and the regulation of immune responses. Mutations in this gene are a cause of syndromic multisystem autoimmune disease. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, Mar 2012]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image