Basic Information
Symbol
KLK3
RNA Class
mRNA
Alias
kallikrein related peptidase 3
PSA
prostate specific antigen
kallikrein 3, (prostate specific antigen)
APS
KLK2A1
hK3
prostate-specific antigen
P-30 antigen
gamma-seminoprotein
kallikrein-3
semenogelase
seminin
Prostate-specific antigen
Gamma-seminoprotein
Seminin
Kallikrein-3
Semenogelase
EC 3.4.21.77
EC 3.4.21
Location (GRCh38)
19:50854915-50860764
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_001648.2
Sequence length
1464 nt
GC Content
0.5485
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-543 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-573.52 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
262.69
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((..(((((.(.(((.(..((.((.(((((((.(.((((((.((((.(.(((((((((((((((.....(((..((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.....)))))))))((((.(((((((((((.((.(((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((......((((((..........))))))))))))).)))))..(((((((((..(((((((((.(((.((((((.((........)).))))))...........((..(((....)))..))......((((........))))..(((((.(((....))).)))))....))).)))).)))))...))..)))))))...))))).).))))..)))))..)).))))......(((.(((((...)))))...)))((((...(((((((......(((((((........)))).))).(((((((.((((((..(((((((((.......))).))))))..))((((.((...(((((((((...))))))))).)).)))).(.(((((.......))))).)..))))))))))))))))))...))))..))))).)).))))))))))).))))......(((((...((......))..((((((((...(((((....((....(((((((((...))).))))))...))....)))))....))))))))(((.(((((.(((..((...(((.(((..((.....)).)))))).))..))))))))))).....)))))..(((.(((...(((((...(((((......)))))))))))))))))))))))))))))....((((((.(.(((((....))))).).)))))).........(.((((..((((((((.....((.(((((((.....)))...)))).))..((((((((.((((((((((((((((....(((...)))..(((........)))...)))))).)))))))))).))))))))))))))))...)))).).))).)))).)))....)))))))).).(((((.((...)).)))))..((..((.(((((((((...))))....))))))).))....(((...))).....))))))).)))(((((((.(((((((((.((...........)))))))))))..((((........)))).......)))))))(((((((((((....)))))).)))))...)))))))).))).....)))).).))))))))))).)))....)))).)))).).)))).))))).......(((.....)))..........((((.(((.(((......))).)))))))......)))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{,,,.{{{{{.,({{{{.{.{{{,|.,||,{(.(((((((.(.(((((({((((.({(((((((((((((((.....(((..((((((({.((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.....)))))))),((((.(((((((((((.{(,(((((,(((((,,(((({(((((((((({((((((((((,.....{((((((.,.....,..))))))))))))))))})}..(((((((((.,(((((((({.(((.((((((.((........)).))))))..{{,......((..(((....))).,)}..,,}.((((........)))),,(((((.(({....})).)))))..,,))).}))).))))).}.))..)))))))...))))).).)))).,))))),.}|{||||{...))}}},{((((...))))),,,},,((((...(((((((.{{{..,,,|||{,,..{{{.|,)),))).((((((,{((((((..(((((((((.......)))}}}))))..))((((.((...(((((((((...))))))))).)).)))).{.(((((.......))))).,..))))))))))))))))))...))))..})))),)}.))))))))))).))))......(((((...{{......,,..((((((((...(((((....{(...,(((((({{{...}},.))))))}..))....)))))....))))))))(((.(((((.(({..((...(((.(({.,{......}).)))))).}}}}})))))))))).....)))))..,{(.(((...(((((..,(((((......))))))))))))))})))))))))))))},,.,((((((.(.(((((....))))).).))))))}.|}},...,.{{{{..((((((((.,,..((.(((((((.....))}...)))).)),,{(((((((.((((((((((((((((..,.(((...))).}(((........)))...)))))).)))))))))).)))))))})))))))).,.}}}}.}.))).)))).)))},..,))))))).}.(({{(,((....,,)))}}.,{{..{{.(((((((((...))))}...,))))|,{((....))).,.,}}.,...))))))).)))(((((((.(((((((((.((...........)))))))))))..((((........)))).......)))))))(((((((((({....})))))))))))...)))))))).))}.....))))},.))))))))))}.)))....)))).)))}.),)))|,|||}}....,,,{{|,|||,{{{....,,..,.||||.{||,|||......}}}.}|||||,,,,...},}.)))}...,,,..
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001030047.1 | AGCCCCAAGCUUACCACCUGCACCCGGAGAGCUGUGUCACCAUGUGGGU… | 1906 nt | 0.5551 |
| NM_001030048.1 | AGCCCCAAGCUUACCACCUGCACCCGGAGAGCUGUGUCACCAUGUGGGU… | 1335 nt | 0.5498 |
| NM_001030049.1 | AGCCCCAAGCUUACCACCUGCACCCGGAGAGCUGUGUCACCAUGUGGGU… | 1341 nt | 0.5377 |
| NM_001030050.1 | AGCCCCAAGCUUACCACCUGCACCCGGAGAGCUGUGUCACCAUGUGGGU… | 555 nt | 0.5838 |
| NM_001648.2 | AGCCCCAAGCUUACCACCUGCACCCGGAGAGCUGUGUCACCAUGUGGGU… | 1464 nt | 0.5485 |
| NM_145864.1 | AGCCCCAAGCUUACCACCUGCACCCGGAGAGCUGUGUCACCAUGUGGGU… | 1099 nt | 0.5387 |
Summary
Kallikreins are a subgroup of serine proteases having diverse physiological functions. Growing evidence suggests that many kallikreins are implicated in carcinogenesis and some have potential as novel cancer and other disease biomarkers. The gene is one of the fifteen kallikrein subfamily members located in a cluster on chromosome 19. It encodes a single-chain glycoprotein, a protease which is synthesized in the epithelial cells of the prostate gland, and is present in seminal plasma. It is thought to function normally in the liquefaction of seminal coagulum, presumably by hydrolysis of the high molecular mass seminal vesicle protein. The serum level of this protein, called PSA in the clinical setting, is useful in the diagnosis and monitoring of prostatic carcinoma. Alternate splicing of this gene generates several transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Dec 2019]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
