Basic Information
Symbol
ANK1
RNA Class
mRNA
Alias
ankyrin 1
SPH1
ankyrin 1, erythrocytic
ANK
SPH2
ankyrin-1
ANK-1
ankyrin-R
erythrocyte ankyrin
Ankyrin-1
Ankyrin-R
Erythrocyte ankyrin
Location (GRCh38)
8:41653220-41896741
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_000037.4
Sequence length
8292 nt
GC Content
0.5833
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3286.9 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-3420.9 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1874.66
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((.((((....)))).(((((((..((((((((((..((((((..(((((......)))))..(((((......)))))((((((((((((((((..(((..(((((...(((((((..(((....)))..)))))))....((((...))))......))))))))...))))))))))))))))..........((((((.(((...(((((.((((((((((((((((.(((((..((..(((((((((....(((.((((....((((......)))).........................((((........))))...((((.((((((.....))))))))))((((((((((((....((((..((((((((((.........(((..((.((((...(((.....))).))))))..)))..........(((((((....)))))))..((((((((((.....((..((((.........))))..))......((((((.((..((((((((((((((((((((((((((..(((.........((((((((..((..((.........))..)))))))))))))..)))))))).(((((((((((((...........)))...))))))))))....)))))..............((.((((..((((.....))))..))))))...(((...)))(((.(((...(((...)))...))))))..((((((((((....)))))).))))..........((((((((...(((.....))).)))(((...(((((.....)))))...)))....))))).))))))))))))).)).))))))))).))))))).........(((((..((((....(((((.(((.((.(((.(((.((((.(((.((...(((..........((((((....((....))..))).)))........)))...)).))).)))).)))....))).)).)))))))).....))))...)))))))))))..((((........))))..))))..))))....)))))))))))))))))))...)))))))))..)).((((((...))))))((((..(((((....((((((....(((......)))...))))))(((......))).......)))))..))))((((..............(.(((((((((.(((..(((.(((....))).)))))).)).))))))).)....((((((.((((((.(((((((..((.((((..(((((((.((((((.....(((((..(....((((((((((((((((...))))...(((((((.(......))))))))))))))..((.(((((((........(((.(((....)))))).........((((((......((((..((((((((...((((..((((((((.....((((...((((((((((((...(((((..(((...((((((((...(((....)))......((((..(((..((.(((((.((((.((.(((....)))..(((((...)))))..((((.(((((.((.(((.....((((...((....))...))))....)))))))))).))))....(((..((.....))..)))))..)))).))))).))..)))..))))((((((((((((.((.((((((...(((((.(...((((..(((((((.......((((((.(((..((((((.((.(((((.((.((((........(((..((.(((...(((((((((..(((((.(((......(((((((((((((((.(((((...........)).))).(((((..((((((((((((((((((.((...(((((((((((((((..(((((((((((...(((((...)))))....)).))).))))))...(((((....)))))((((((((.((....)))))))))))))))((((.(.....(((...)))....).)))).....)))))))).)).)))))))))))))(((((((.....(((((......)))))...))))))).........((((((......)))))).((((..(((.(((........))))))..))))(((((....(((....)))...)))))......)))))))))))).))))))))........(((((((((..((..(((((.(((((..((((((.(((((((((((((((.(((.........))).)))))))..........((((.....(((..((((.....))))..))).....))))..((((....)))).......)))))...(((((.(((.((((((..((((.(((.(((.((..(((((..((((.(((((.(((...))).))))).))))..)))))))))))))..))))......((((((.(((((.((((.(((.(((......))).))).))))...(((....)))))))))))))).)))))).)))))))).((.((((((((.....(((((...(((.......((((((((...)))).))))((...))....(((((....(((((((..((....)).))))).)).....)))))))).)))))...........(((((((....))))))).))))))))))((((((((.....................)))))))).))).))))))....)))))..((((((((((((((((.((((...(((((((((((......)))....)))))...(((((((..((((((....))))))((.(((((..(((........((...(((........)))...)).......)))..)))))))((((((.((((((.(((.......))))))))).((((((...((......))((((((((((.(((...))).))))).....))))).(((((........(((((((((((((((((...))))).((((.(.......).))))......((((((.((((.......))))))))))))))))).))).)).....))))).))))))...((((((.((((.((..((((((((((..((((.((..(.((((..(..((((((......)).))))..)..)))).)...)).))))(((((...))))))))))).))))..)).))......)).))))))..)))))).......(((((.((((.(((((...))))).((((...(((.....))))))).(((((....).)))))))).))))))))))))..(((((.(((((..(((((((....))))))))))))....))))).........)))...))))))))))))))...(((((.((..(((((.....((((((((((((.((.((...((.(((((((.(((..((..........))..))).))))))).))...((.((((...((((.(((...)))))))..)))).))....))))))))))))))))...........)))))..))..((((((........)))))))))))....))))))....)))))..))..)))))))))..((((.(.(((....))).))))))))))))......))).)))))((((....(((((....(((((((((((.(.(((......((((((((((....)))))).))))...))).).)))))).)))))..))).)).....)))).......((.((......))))))))))))))))))..))))))).)))))))))..)))))).....(((((((((((((....((.((.((((.((((....)))).))))..)).)).((.((((...(((((...)))))....))))))))))))).))))))((.....))))).))))))((((....))))...)).))))).........)))).).)))))(.(((((((..(((...)))..)))..)))).)....))))))))..))))))))))))....))))))))...((((......))))..)))..)))))......((((.(((((..(((..(.((((...(((......)))...)))).).))).......)))))))))..((((((.(((...((.(((((((((....)).)))))))...))..))).)))))).((((((.......))))))))))))))...))))))))....(.((((((((....((((((......)).)))))))))))).)(((((.(((((...)))..))))))))))))))).....))))...................((((((........))))))))))))))..))))...............))))))((((((((.....((((((.(((((((......(((((.((((.....(((.((((....)))).)))..(((..(((.(((..((.....)))))))).)))....)))))))))((((((.((((((((..((((.((((((.(((((((.(((((((((((...(((..(((..(((((((((...)))((((......))))))))))..((((((....))))))(((....)))..))).)))...))))))))((((.....)))).(((.((((..(((((...(((((.....))))).))))).)))))))(((.(((......)))))))))))))).))..)))))).)))).))))).)))...))))))...)))))))))))))))))))))((((........))))((((.........))))...(((((((...(((((.(((......)))..))))).)))))))........))))))).))........)))))))..))))).))))))..(((..((..((((((........)))).))..))..)))......(((((.((..............))))))).)))))))..)))).))))))))).)))))).))))))(((((..((((((...((....))....))))))..)))))....((((((....((((((((((..(.((((.((.....((((((((..(((.((..((.........))..)).))).((((....)))).))))))))(((((.(.......).)))))...(((((..(((....)))....))))).(((((...))))).)).)))))..)))...)))))))....))))))))))..)))))..))))))))...)))))........))))))))..)))))))))((((((..........)))))).)))).)).((((((((.(..((..((((....))))....))..).)))))))).....(((((((.....))))))).(((((......)))))..(((((.((((((((..((((((.(((((((((((((((.(((((..((((.....))))..)).....(.((((...(((((((((((((..(((...((((....))))...(((((......(((...(((((..((((((....))).)))..)))))((((......))))..)))....)))))........)))..)))))..........(((((((.(.((.(((((.((....)).))..))).))..).))))))).(((((.(((((((((((......((((((......)))))).(((((((......((((....(((((.((((.((.(((..(((((..((((.((((((.((.(((..((((...((((........))))......))))..((((..((.((((((((((((((........((((((....)))))).......((((((((((((......(((((.((((((.((((...(((..(((((((((((((((......(((((((........(((........)))..........))))))).((((...((....))))))............)))))))))))..((((((.....((.((((....)))).)).....))))))))))...))).))))))))))..)))))..))).)))).)))))(((.((((.............)))).))).....((.((..(.((.....)))..)).))................................((((.(..(((((((..((((((((((.((..(....)..)).))).))).)))).)))))))..).))))..........)))))))))))))).))..))))....((((((((((((.((.((..........))))))))).)).)))))((((.((((((.(((((..........))))).))))))))))((.(((((.(((...........)))))))).)).(((((.((((.((((....)))).)))).)))))((((((((....((((...((((..(((....)))....(((((((((....))))))))).......(((((....(((.....))).....)))))...((((((.(((....((...((((.(((........)))....((((........))))..))))...))..)))))))))..)))).))))(((((((((.....(((((((....))))))).)))))))))))))))))..))).)).)))))).))))..))))).)))...))..)))).)))))..))))......))))))).(((((((((((.(((((..((.((((((....)))))).((((...))))))..)))))))))))))))).((((((.(((.(((((((((((.(((.((((((((...(((((((.((((((....(((((((.((((((...)))))).)..)))))).(((.((((.((....)))))).))).))))))..))))))).(((((((((.(.(((.......)))))))))))))......))))))))))).))))........(((((((((((((((((........((((((((((...(((((.........(((((((((.(((..((........))........(((((((((.....)))))).)))))).))))).)))).........))))))))))))))).(((.((((((.((((.((((((((.......)))))))).)))).)))))).))).((((((...))))))........((((...........))))((((((((.(.(((.(((((((........))))))).)))).)))).))))((((((.............(((((((....(((((((((((.(((((((((.(((....))).)).))).)))))))))))))))(((..((....))..))).....)))))))))))))...((((((((..(((...)))..))))))))))))))).......)))))))))).((((((((((((((((...))))))..(((...)))......((((((((.(((...((((....((((((((((((.....(((((.....)))))....)).))))))).)))...))))(((((..((((...))))..)))))...))).))))))))..)))))))))).....))))))).))))))))).........)))))).)))))))))).........))))))))...)))).)((((...))))..)))))).)))))))).....))))))))))))).)))))))).))..(((((.(((...))).))))).....)))))))))))))))))................(((((((.....(((((.((((((((.(((((...)))))...(((((((...))))))).......((((.(((((......))))).))))(((((((.(........).)))))))................)))))))).)))))))))))).......)))))...(((..(((..................)))...)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((({,((((,,..}}},.(((((((..((((((((((..((((((..(((((......)))))..(((((......)))))((((((((((((((((..(({..{((((,..(((((((..(((....)))..))))))).,.{((((...)))),.....)))))))}...))))))))))))))))..........(((((,{(((...(((({,((((((((((((((((.(((((..((...((((((((({..((((.((((...((((,.....{{{{....,)}))))).)))).))))....((((,,((.((((...,.((((.((((((.....)))))))))).,(((((((((.((..(,((..,,.{((({{,.{(((....(((({{(.((((...(((.....))).))))}}..|||.(((((.({{(((((((....))))))}..(((((((((({....((..((({.{......}))))..)}......{(((((.((..((((((((((((((((((((((((((..(((.........((((((((..((..((.........))..)))))))))))))..))))))||,(((((((((({((..,,.......)))...)))))))))),,)))))))...,..........||.{(((..((((.....))))..)))||||,,((,...||,(((.(((...(((...)))...)))))),,((((((((((....))))))},))),,.....,,.,....,,|,..(((.....))).}}|{,,...{{{,{..,,,)))))...))),...}}))),))))))))))))).)),))))))))).))))))).........||..,..}}}....,}))}...))))).|||.|,..}))))})))||,..}},.,}},)..)).))))))))){{(((..........)))....,,......)))))))))))..))))))))))((.{(((((.({.....({{.((((|((,,((,,..|{||,.....))}))}),.}}}).,)}..)).)))))).)).((((((.((.((((...(((((((({.,(((((...)))))))))))))}(((...{((((((....(((......)))...))))))).)}}....(((({..(((((((....{{.(((((.,,.{(((..((((.(((((((((.(((..(((.(((....))).)))))).)).))))))).)...(((((((.((((.(((((,((,.{((.(((({((((((((((.....,))),|,}|},|{{{(((,,{(.((((((((((...))))...(((((({,(......)))))))))))))).,,..,((({((....,,,,(((.(((....)))))).........((((((......((((..((((((((...((((..((((((((.....((((,.,((((((((((((.{.{((((..(((...((((((((,{,{{{.,,,}}}......((((..(((..((.(((((.((((.((.(((....,}),,(((({...})))).,(({(,(((((,{(.(((.....{{{|,,,||,,.,))...}))}....))))}))))}.))))....{({..((.....,),.)))))..)))).))))).))..)))..))))((((((((((((.((.((((((..,((({{.{...|||{..(((((((.......((((((.(((..((((((.((.(((((,((,{{{{.......|||||..,,||{.{,(((((({{(,,(((((,(((......(((((((((((((((.{((((...........)).))}.(((((..((((((((((((((((((.((...(((((((((((((((..(((((((((((...(((((...)))))....}).))).))))))...(((((....)))))((((((((.((....)))))))))))))))((((.,.....(((...)))....}.)))).....)))))))).)).)))))))))))))|((((((.....(((((......)))))...))))))}.........((((((......)))))).((((..(((.(((.......,))})))..))))(((((....(((....)))...)))))......,))))))))))).))))))))........(((((((((..((..(({{,.,{{{{,,(({{{{,{|{{{{,,(((((((.(((.........))).))))))}.,,,......((((,,...(((..((((.....))))..))).....}}}}..((((,...}}}}.{{|||,||||},,.,,{((|{,{,(((({{.|{,,,.||||(({|((..(((((..{{(({(((((.(((...))).))))},)))),.)))))}||}|||}{,|||{{{,{.{(((,,,,|(({|||.,|||{,.{|||,....}}},||||||,,..}}}}}}}}}||||}||||||}||}|}}}}.}},.,,,,.((.((((((((.,{{,(((((...(((.......{{((((((...)))}.))}|{{...)),...(((((....(((((((..({...,)}.))))).)).....)))))))).)))))...,,,,....(((((((....))))))).))))))))))((((((((.(................,,,)))))))).}||{|||||,....||||,.,{({((((((((,{(({{({({,,,{{{((((((((......))),.,,|||},..,|||,{(((.((((((....}|}}}},,..||||}},}})}},,..}||},,.,,}}}}|||||||},,|||||||}}||||}||}.|,,||||({.{{((((.,{{.....}})}||}}||}..||......||.|||||||((((((((((.(((...))).))))}.....}||||.|{|||}|}.....((((((((((((({(((,,,|||||.,,,|}|}}}}}},,})}}}.....,((((((.((((.......))))))))))))))))).))).))...,.||||}..||||{...{|||||,({{,.{{.{((((({(((({((.(((((,,(.((((..(..((((((......}}.))))..)..))))...}}...,,,|(((((...))))))))))).))))}.)).||,.....))||||||,...)))))|.((((.(((((.{(((.,{(({{{((({{{.((({..,(({...,.}}})))),|.})),.}.).))}.)))).))))).))))}}}})))}|}||||{..(((((((....)))))))}})))}.,}))))}.....,,.})))}.,)))),))))))}))}}}||{||.((,,{{{{{..,..((((((((((((.((.((...(,.(((((((.(((..((..........))..))).))))))).,)...((.((((...((({,(((...)))))))..)))).))....))))))))))))))))..,.....,{,||,}},,}}..((((((........))))))}}}}}...,}}|}|,...,|}}||||}}..)))))))))..((((.(.(((....))).))))))))))))......|||,||}}|(({(.,..(({{(.,..{((((((((((.(.(((......((((((((({....})))))}}))}...))).).))))))}})))|,,|||.||..,|.}}}}.......{{.((......)))})}))))))}})}}..,}}})))).)))))))})..)))))).,...{({((({((((((({{..{{{{|((({,(((,..,,||}|,|}||..})},)))},},,},..{||||..,))))}))).})))).|}))))}.))))))||,....))))).)))))}((((....))))...)),))))),},,...,,}))).),)))}}{{(({((((,,({{...)))..))}..}})}.),,..))))))}}..))))))))))))....))))))))...((((......))))..))),.))))}......{{{..{{{{{,,{,,.||,{|||}..(((......)))..,||}|{|.|,,,,,....))}}}}))),,((((((.(((..,((.(((((((((....)).)))))))...))..))).)))))}.|||{|{......,)))))}))))))))...)))))}))....{.((((((((....((((((......)),}))))))))))).}(((((.{{(((...)))..))))))))))))))).....))))............,,.....((((((........))))))))))))))..))))...............))))))((((((((.....((((((.(((((((..{{,.(((({{((((.....(((.((((....)))).)))..{{(,,(((.(((..((.....)))))))).})),.,.))))))))){{((((.((((((((..((((.((((((.(((((((.(((((((((((...(((..,((..(((((((((..,|,,,,,,....,,,)))))))))..((((((....))))))({(....}))..))).))),},))))))))(((({{{{.{||{,..{{{,{({{(,(,({(,,,,{{,},,.),)))}}))})})))))))}.}}}{{,.,,,.,,})))))))))))},)..)))))).)))).))))).)))...))))))}..)))))))))))))))))))))((((........))))((((.,....,.,))))...{((((((...{{(({.(((......))),,})})).)))))))........)))))))}))}}}..}})),))).}.}}).)}.))))))))).)}}})))).,........)))..)))).}},))))).,,..))))))).))))).{{{{.....}}})...((((........))))..)))).)).)))))).....,((((((..(((((({..({....})...,))))))..)))))}...((((((....((((((((((..(.((((.((.....((((((((.,(((.((..((,........))..)).))}.((((....)))),))))))))(((((.{.......).))))),,|(((((..(((....)))....))))}.(((((...))))).)).)))))..)))...)))))))....))))))...)).)))))..))))))))...)))))........))))))))..)))))))))((((({..........)))))).)))).)).((((((((.(..((..((({....})))....))..).)))))))).....((((({{,....))))))).(((((......)))))..(((((.{((((({(,.((((((.(((((((((((((((.(((((..((((.....))))..)).....{.((((...(((((((((((((..(((..,,(((.,,,|||,...|{(((,.....(((..{(((((..((((((....))).)))..)))))|(((......)))}..}}}....}))))}..})),.)))..)))))........{{{((((((.{.((.(((((.((....)).))..))).))..}.)))))))}(((((.(((((((((((......((((((......)))))).(((((((.,....((((....(((((.((((.{(.(((..(((((..((((.((((({.((.(((..((((...((((........))))....,,)}))..(({(,,((,((((((((((((((,{{,....((((((....))))))..,{{,.{(((((((({((,.....(((((.((((((.((((...(((..(((((((((((((((......{((((((........(((........)))..........))))))}.((({...||,...}))))}.,,,........)))))))))))..((((((.....{(.((({....,}}}.}),,.,.))))))))))...))).))))))))))..)))))..))),))))}}))))|||.,,,,...........,,||}|,,,,,,,||||}|,..|.{{.....}},..}}}|},...............................((((.,..(((((((..(((({{,(((.((..{....)..)).))).})}.)))).)))))))..,.))))..,}}}},}.))}))))))))))),)}..}))}....{(((((((((((.((.((.,.....}}.))}}))))).)).))))|(((,{((((((.(((((..........))))).))))))))))|{.(((({.{((,...,.,.,..}}}})))).|,.(((((.((((.((((....)))).)))).))))){{((((((,,,,((((,..{,(({((((....))}.|}}|{{{{{(((,,.,|}}}}}))},,,,,..({(((,,..,||,,,..)))},...})))),..(({{{{.{{{.,,.||,.,((((.(((........}},.,,,{|||,,......}}}}..,},}...}}.,)})}))))),})))},||||(((((((((.....(((((((....))))))).)))))))))))))))))..))).)).}))))).))))..))))).}))...)}..)))).)))))..))))......))))))).(((((((((((.(((((..((.{{{{((,,,.}}}}}}.{|||,,.))}}))..)))))))))))))))).((((({{(((.(((((((,{{(.(((.((((((((...,((((((.((((((....(((((({.((((((...)))))).,..)))))),(((.((((.((....)))))).))).))))))..))))))}.(((((((((.(.(((.......))}))))))))))......))))))))))).)}||{....|||(((((((((((((((((........((((((((((...(((((,.,,....{(((((((((.(((.{((........)).,......(((((((((.....)))))).)))))).))))).)))).}..,,...))))))))))))))).{((,((((((.((((.((((((((.......)))))))).)))).)))))).))).((((((...)))))),,,.....,,,,.,,}}.{,.,.|..{((((((((.(.(((.(((((((......,.))))))).)))).)))).))))|{||||,,,,.........(((((((..,.(((((((((((.(((((((((.(((....))).)).)))}}))))))))))))))(((..((....))..))).....))))))))}}))),,.((((((((..(((...)))..))))))))))))))).......)))))))))).((((((((((((((((...)))))),,{{{.,.|||...,..((((((((.(((..,((((.,..((((((((((((.....(((((.....)))))....)).)))))))}})).}.))))(((((..((((...))))..)))))|..))).))))))))..)))))))))),,...))))))).))))))))).........)))))).)))))))))).........))))))))...)))).,((((...))))..)))))).)))))))).....))))))))))))},)))))))).)),,(((((.(((...})}.)))))}),..))))))))))))))))).,......,..,....(((((((.....(((((.((((((((.{{(({...}}}}}...((((,,,...|}|}|}},.,|,..,{{{.{{{{|......})))).}}}|(((((((.{......,,,.)))))))}...............)))))))).))))))))))))....,,.}})))...(((..(((....{{......,,..,.)))...)))..
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_000037.4 | AGAGGCUGCGGUGAGUCCGCCAGCCCCAGCUGCUCCUCCUCAAGCCCCC… | 8292 nt | 0.5833 |
| NM_001142445.2 | ACUCAGGGCAGAGCCUGGCUGCUGGGCAGAAGGGCACUUGGGCCGGGCU… | 3224 nt | 0.5794 |
| NM_001142446.2 | AGAGCCCGUCCCGGGCGCCGGCAAGCGAGCUCCGGCCGCGGCGGCAGCG… | 8457 nt | 0.5858 |
| NM_020475.3 | AGAGGCUGCGGUGAGUCCGCCAGCCCCAGCUGCUCCUCCUCAAGCCCCC… | 8157 nt | 0.5824 |
| NM_020476.3 | AGAGGCUGCGGUGAGUCCGCCAGCCCCAGCUGCUCCUCCUCAAGCCCCC… | 8232 nt | 0.5818 |
| NM_020477.3 | AGAGGCUGCGGUGAGUCCGCCAGCCCCAGCUGCUCCUCCUCAAGCCCCC… | 7746 nt | 0.5818 |
| NM_020478.5 | ACUCAGGGCAGAGCCUGGCUGCUGGGCAGAAGGGCACUUGGGCCGGGCU… | 3284 nt | 0.5834 |
| NM_020479.2 | UAGCUGCUUUCUCGGACUGUAUUAUUUUCUGAAAGUAAGAAACUUUCCC… | 3518 nt | 0.5802 |
| NM_020480.5 | ACUCAGGGCAGAGCCUGGCUGCUGGGCAGAAGGGCACUUGGGCCGGGCU… | 3083 nt | 0.5809 |
| NM_020481.2 | UAGCUGCUUUCUCGGACUGUAUUAUUUUCUGAAAGUAAGAAACUUUCCC… | 3341 nt | 0.5798 |
Summary
Ankyrins are a family of proteins that link the integral membrane proteins to the underlying spectrin-actin cytoskeleton and play key roles in activities such as cell motility, activation, proliferation, contact and the maintenance of specialized membrane domains. Multiple isoforms of ankyrin with different affinities for various target proteins are expressed in a tissue-specific, developmentally regulated manner. Most ankyrins are typically composed of three structural domains: an amino-terminal domain containing multiple ankyrin repeats; a central region with a highly conserved spectrin binding domain; and a carboxy-terminal regulatory domain which is the least conserved and subject to variation. Ankyrin 1, the prototype of this family, was first discovered in the erythrocytes, but since has also been found in brain and muscles. Mutations in erythrocytic ankyrin 1 have been associated in approximately half of all patients with hereditary spherocytosis. Complex patterns of alternative splicing in the regulatory domain, giving rise to different isoforms of ankyrin 1 have been described. Truncated muscle-specific isoforms of ankyrin 1 resulting from usage of an alternate promoter have also been identified. [provided by RefSeq, Dec 2008]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
