Basic Information

Symbol
APC
RNA class
mRNA
Alias
APC Regulator Of Wnt Signaling Pathway DP2.5 PPP1R46 DP2 DP3 Protein Phosphatase 1, Regulatory Subunit 46 APC, WNT Signaling Pathway Regulator Adenomatous Polyposis Coli Protein Deleted In Polyposis 2.5 Adenomatosis Polyposis Coli Tumor Suppressor Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Adenomatous Polyposis Coli (APC) WNT Signaling Pathway Regulator Adenomatosis Polyposis Coli Adenomatous Polyposis Coli Protein APC BTPS2 DESMD GS
Location (GRCh38)
5:112707498-112846239
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000038.6
Sequence length
10704.0 nt
GC content
0.3960

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2705.04 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2908.35 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 3036.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001407467.1 NCBI
ACUGGAGACAGAAUGGAGGUGCUGCCGGACUCGGAAAUGGGGUCCAAGG… 10317 nt 0.3933
NM_001407469.1 NCBI
GCAUUGUAGUCUUCCCACCUCCCACAAGAUGGCGGAGGGCAAGUAGCAA… 10661 nt 0.4029
NM_001407470.1 NCBI
GCAUUGUAGUCUUCCCACCUCCCACAAGAUGGCGGAGGGCAAGUAGCAA… 11234 nt 0.4058
NM_001407471.1 NCBI
ACUGGAGACAGAAUGGAGGUGCUGCCGGACUCGGAAAUGGGGUCCAAGG… 10587 nt 0.3945
NM_001407472.1 NCBI
GCAUUGUAGUCUUCCCACCUCCCACAAGAUGGCGGAGGGCAAGUAGCAA… 10931 nt 0.4038
Showing 31 to 35 of 35 entries
Summary

This gene encodes a tumor suppressor protein that acts as an antagonist of the Wnt signaling pathway. It is also involved in other processes including cell migration and adhesion, transcriptional activation, and apoptosis. Defects in this gene cause familial adenomatous polyposis (FAP), an autosomal dominant pre-malignant disease that usually progresses to malignancy. Mutations in the APC gene have been found to occur in most colorectal cancers, where disease-associated mutations tend to be clustered in a small region designated the mutation cluster region (MCR) and result in a truncated protein product. [provided by RefSeq, Jun 2022] CIViC Summary for APC Gene

Forensic Context

A systematic review of postmortem human brain studies found that the APC, a mature oligodendrocyte marker, was used in maturational staging studies within the ventromedial prefrontal cortex of individuals who died by suicide [Yamamoto et al. DOI:10.3390/Ijms25115750].