Basic Information
Symbol
LDB3
RNA Class
mRNA
Alias
LIM domain binding 3
PDLIM6
KIAA0613
ZASP
cypher
oracle
Z-band alternatively spliced PDZ motif protein
cardiomyopathy, dilated 1C (autosomal dominant)
CMD1C
CMH24
CMPD3
LDB3Z1
LDB3Z4
LVNC3
MFM4
LIM domain-binding protein 3
PDZ and LIM domain 6
Z-band alternatively spliced PDZ-motif protein
protein cypher
Protein cypher
Location (GRCh38)
10:86666664-86736159
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_007078.3
Sequence length
5363 nt
GC Content
0.5171
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1843.23 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1937.52 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1236.47
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001368068.1 | CCCCAGAGGCGAGCUUCAUCAGGCAGGAGCCAGAGGCCAGAGAGACAGC… | 1612 nt | 0.5887 |
| NM_007078.3 | AUUCUUAGGAGCCUCUCAAGAGCUCCACGCAGCCCGGCUGGGCAGCAAG… | 5363 nt | 0.5171 |
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Summary
This gene encodes a PDZ domain-containing protein. PDZ motifs are modular protein-protein interaction domains consisting of 80-120 amino acid residues. PDZ domain-containing proteins interact with each other in cytoskeletal assembly or with other proteins involved in targeting and clustering of membrane proteins. The protein encoded by this gene interacts with alpha-actinin-2 through its N-terminal PDZ domain and with protein kinase C via its C-terminal LIM domains. The LIM domain is a cysteine-rich motif defined by 50-60 amino acids containing two zinc-binding modules. This protein also interacts with all three members of the myozenin family. Mutations in this gene have been associated with myofibrillar myopathy and dilated cardiomyopathy. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified; all isoforms have N-terminal PDZ domains while only longer isoforms (1, 2 and 5) have C-terminal LIM domains. [provided by RefSeq, Jan 2010]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
