Basic Information

Symbol
LDB3
RNA Class
mRNA
Alias
LIM domain binding 3 PDLIM6 KIAA0613 ZASP cypher oracle Z-band alternatively spliced PDZ motif protein cardiomyopathy, dilated 1C (autosomal dominant) CMD1C CMH24 CMPD3 LDB3Z1 LDB3Z4 LVNC3 MFM4 LIM domain-binding protein 3 PDZ and LIM domain 6 Z-band alternatively spliced PDZ-motif protein protein cypher Protein cypher

Secondary Structure

MANE Select
NM_007078.3
Sequence length
5363 nt
GC Content
0.5171

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1843.23 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1937.52 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1236.47
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001368068.1 CCCCAGAGGCGAGCUUCAUCAGGCAGGAGCCAGAGGCCAGAGAGACAGC… 1612 nt 0.5887
NM_007078.3 AUUCUUAGGAGCCUCUCAAGAGCUCCACGCAGCCCGGCUGGGCAGCAAG… 5363 nt 0.5171
Showing 11 to 12 of 12 entries
Summary

This gene encodes a PDZ domain-containing protein. PDZ motifs are modular protein-protein interaction domains consisting of 80-120 amino acid residues. PDZ domain-containing proteins interact with each other in cytoskeletal assembly or with other proteins involved in targeting and clustering of membrane proteins. The protein encoded by this gene interacts with alpha-actinin-2 through its N-terminal PDZ domain and with protein kinase C via its C-terminal LIM domains. The LIM domain is a cysteine-rich motif defined by 50-60 amino acids containing two zinc-binding modules. This protein also interacts with all three members of the myozenin family. Mutations in this gene have been associated with myofibrillar myopathy and dilated cardiomyopathy. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified; all isoforms have N-terminal PDZ domains while only longer isoforms (1, 2 and 5) have C-terminal LIM domains. [provided by RefSeq, Jan 2010]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image