Basic Information
Symbol
LEFTY2
RNA Class
mRNA
Alias
left-right determination factor 2
LEFTA
LEFTYA
transforming growth factor, beta-4 (endometrial bleeding-associated factor; LEFTY A)
endometrial bleeding associated factor (left-right determination, factor A; transforming growth factor beta superfamily)
EBAF
TGFB4
TGF-beta-4
endometrial bleeding-associated factor
left-right determination factor A
protein lefty-2
protein lefty-A
transforming growth factor beta-4
Left-right determination factor 2
Endometrial bleeding-associated factor
Left-right determination factor A
Protein lefty-2
Protein lefty-A
Transforming growth factor beta-4
Location (GRCh38)
1:225936598-225941383
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_003240.5
Sequence length
2019 nt
GC Content
0.5899
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-850.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-883.15 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
472.74
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((((((((.............)))....((((.(((.......)))))))((((.(((.((((((((.......(((((((((.(((.(((..((((.(((((((.(((((...((((.(((((.((((((((((((.((..((.(((.(((((((((.((((((....))))..)).)))))).))).))))).....)).)))))))(((..(......)..))).....((((...((..((((((((.((((..((((.((((.((((((((((((((((((((((...((((.(((((((.....))))))).....((((((((....(((((....((((((.(((((((......))))))).))))))..)))))..))))))))((......))((((((..(((.....)))..)))))))))).)))).))))))))..(((((((((((.(.((.((((....)))).)).).)))))))...))))(((....)))....))))))))))...((((.(((.(((((((.((((..(((.......(((.(((...))).))).......))).)))).))))..))).))).))))(((((.(((.((......((((((((((.(.((((....))))..).))))))))))))))).))))))))))))).)))))))))))))).))))(((((((((((.....(((((((((((((((((((((.(((.(((((.((((((...))))))..))))).)))..(((((((((..(((.((.....(((.(((((((((......).))))).))).)))....)))))((((........)))).))))).).))).......))))).)))).)))))))))))).....)))))))))))))))).))))).....((((((......))))))....))))))))).)))))))))))(((((.......)))))(((((((((((((....)))....))))))))))(((((((.((.((..(((((....).)))).)))).)))))))...)))))).)))).)))))..))))))....)).))).)))).)).))))))((((((.((.((((((.(((.(....).))))))))).))..))))))((((((.((.....(((..((((((..((..(((((....((((((((((.(((((.((...((((((..........))))))..)).((((..((((.(((((((((.(((.....(((((..((((((((((((((((.((.......................(((.((((....))))....)))(((((((...)))))))..))))))))))((......))((.((((((((..((((((((.((((....))))))))))))((.(((..((((((..(((....((......))))).))))))..))).))(((....)))....(((((((.(((...((.(((..(.(((.((........)).))))..))).))))).)))))))...........(((...)))..)))))))).))...((.(((((((.((.....)).)))).))).)).))))))))..))))).))).)).))))))).))))..))))...(((((.(((((.((.(((((((...))))))).)).))))))))))........(((...(((...((((((...(((((.........(((((((.(((((....((...............))...((((.........))))...........))))))))))))))))).))))))..)))..)))))))).)))))))))).)))))..))))))))..))))))))))).........((((((((((.....(((((...........)))))....))))))))))......((((((........)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,,,.,(,{((((({(,.{((({({...(({({...(((((((((..((((((((.{{((,,.....,,((((((((((..(,(((((,.(,({{..,)).)))).}.|..))))))))}}.,((({((((((((((((((((((.(({.((.(((.(((((((((.((((((....))))..)).)))))).))).)))))....,)).))))))),...........((((({.....((({...|{,.((((((((.((((..((((.((((.((((((((((((((((((((((...((((.((({({(.,,,.|}|||||,,...{{{{({{||,.,((({(,,||((((((.(((((((......))))))).))))))..}}}||.}||||}}}}((,.....}}{{|{||,,||,,,},}}))}})))))))))).))))}})))))))..(((((((((((.(.((.((((....)))).)).).)))))))...))))(((....)))....))))))))))...((((.(((.(((((((.((((..(((....,,,(((.(((...})).))).,.....))).)))).)))}.|))).))).)))){((((.(((.{{......((((((((((.{.((((....))))..,.))))))))))})))).))))))))))))),))))))))))))}}.|||}(((((((((((....,(((((((((((((((((((((.(((.(((((.((((((...))))))..))))).))){,({{{(((((.{(((.((..,..(((.(((((((((,....,).))))),,)).)))..,.)))))|(((......,.)))}.))))).}.))).......))))).)))).)))))))))))).,...)))))))))))|||,|,((({{.,{,{((,,,,,.{,{{|},|)),,..)))))})))})}}))})))}}(((((.......)))))(((((((((((((....)))....))))))))))(((((((.((.{(,.(((((....).)))).)))).)))))))})})))))))),)).)))))))),||||.....,}))).)))),})))..))))),|||}||.,||(((.{,,.|}},,)}))))}))}}.,}..))))).||||||,......,(((..((((({..({..(((((....((((((({((.{((((.((...((((((,,....,,..})))))..)).((((..((((.(((((((((.(((.....(((((..((((((((.,,,,.(({({{....{{..{{{{..,{{,{,.,((({((((..{{||,.....,,|((({{{{..,)))))))}..))))),..))}})).}}).}}}|,|||||},,((((((((.((((....))))))))))))((,(((..((({{,..|||,.,,||,.....|||||{||||}}..}},.,,{{{....|||....(((((((.(((...((.{{{..{.{{{.,,.,{,,...,,.,})),,))}.))))).))))))),,.....,,..,{,,,,)))}}}),,}}}.......((.(((((((.((.....)).)))).))).)).))))))))..))))).))).)).))))))).))))..))))...(((((.(((((.,{.(((((((...))))))).},.))))))))))........(((...(((...((((((,,.,{(((.........(((((((.(((((.,,.,,.....|}........},...((((.........}}})......,,,,.))))))))))))))))),})))))..)))..)))))))}.)))))))))).))))).,))))))))..)))},}}}}}},.....,,,((((((((((,{{,,{{(((......,,.,,))))}..,,)))))))))),,.,..((((((........)))))).
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001172425.3 | ACACCCAGCUGCCUGAGACCCUCCUUCAACCUCCCUAGAGGACAGCCCC… | 1917 nt | 0.5842 |
| NM_003240.5 | ACACCCAGCUGCCUGAGACCCUCCUUCAACCUCCCUAGAGGACAGCCCC… | 2019 nt | 0.5899 |
Summary
This gene encodes a secreted ligand of the TGF-beta (transforming growth factor-beta) superfamily of proteins. Ligands of this family bind various TGF-beta receptors leading to recruitment and activation of SMAD family transcription factors that regulate gene expression. The encoded preproprotein is proteolytically processed to generate the mature protein, which plays a role in left-right asymmetry determination of organ systems during development. The protein may also play a role in endometrial bleeding. Mutations in this gene have been associated with left-right axis malformations, particularly in the heart and lungs. Some types of infertility have been associated with dysregulated expression of this gene in the endometrium. This gene is closely linked to both a related family member and a related pseudogene. This gene encodes multiple isoforms that may undergo similar proteolytic processing. [provided by RefSeq, Aug 2016]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
