Basic Information

Symbol
MSLN
RNA Class
mRNA
Alias
mesothelin CAK1 MPF SMRP CAK1 antigen megakaryocyte potentiating factor pre-pro-megakaryocyte-potentiating factor soluble MPF mesothelin related protein Mesothelin Pre-pro-megakaryocyte-potentiating factor
Location (GRCh38)
16:760734-768866 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001177355.3
BLAST PRIMER
NM_005823.6
BLAST PRIMER
NM_013404.4
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_005823.6
Sequence length
2197 nt
GC Content
0.6527

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-996.2 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1028.86 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 447.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((...(((((((...((.((...((((((((((((((..((((..((....(((((....).))))..(((((.(((((((((..........)).)))))))....(((((((.(((((.....(((((.((((((.((.(((..(((.((.((((.((....)))))))))))..))).)).).)).))))))))..)))))..))))..)))..((((((....))))))..(((((...))))))))))((((((((((((.((((((((((((((((((..((((...)))))))).......)))))))))).))))))))))))))))......))..)))).))))))...................)))))))).))))(((.((.((((.((.........)).)))).))..)))((((((.(((((((((.((((((((.(((.(.((((((((...(((.((.((((.(((((((....))).))))..(((((((((.((((((((((...)))))((((((((((((((..((..(((....)))...))..............))))....))))))))))..(((((((((.....((((((.(((((((.((....((((((...))).)))((((((...))))))(((((((.(..((((..((((((((((((((.((.(((((.((((((((((((((((((.((...))))))))((((.((.(((((((((.(((((((...((.(((.(((.(((((((((..(((((...))))))))))))......)).))).)))..))...))))).))))))))......((((((.(.((((((......((((((((((((((((((.((.......))))))((((((...(((.......))))))))).)))))))))))))).))))))).))))))))).)).)))).)))))).))))))))))).))....))))))).))))))).)))).).))))))).((((((((.(((.((((((..((((......))))..)).))))))).)))))..)))((((((..(((((.....)))))....((((((((......).)).).))))..))))))....)).)))))))..))))))..((((..((((((.((..((((....))))..)).))))))..))))...(((((((.(((.....(((..(((((((............((((((.(((((((.((....)).))....))))...).))))))..((((((((.(.((((....)))).))))))..)))((((((.......))))))))))))))))....((((...((((((....)))))).....))))((((((.((.(((.(((((.(....))))))..))))).)))))).))))))))))....((((...........))))....(((((((((((......(((((.....((((...((((((((...)).))))))....))))..)))))........)))))))))))...)))).)))))....).)))).)).)))))))..)))))).)))...))))))))))))..)))....((((((.(..(((((((.....(((((((..(((((((((((.(((((((((((((((((((..((.(((((((((((((((((.((((...((((((.(((......))).))))))....))))..((((..(((((...)))))...)))))))))).)))).....))))..))).))..))))).)))))....(.((......)).).)))))))).).))))))))))).))))).)).((((((.((.(((.(.((.((((((((((((((..((((..(((..........))).))))))))))).))))))).))..((((...))))).))).)).)))))).....)))))))..).))))))......)))))))).)))))..((((....(((((((...((((.....(((((.((.(((....)))..)).))))).....)))))))))))...))))..((((((........))))))...........).)))))).....)))))))(((.....)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((...(((((((.,,{{.((...((((((((((((((..((((..,{....(((({....}.)))}..,,((((((((((((....(((...}))...)))))}})))))){((.(((((.....(((((.((((((.((.(((..(((.((.((({{{(....}})))))))))..))).)).).)).))))))))..)))))..))),..|||..((((((....))))))..(((((...))))),,.,,((((((((((({{(((((((((((((({{((..((((...)))),}},....,..)))))))))).))))))))))))))))}},...))..)))).))))))...................)))))))).}},,(((,(,.,,||}||.......,,}|.}|||,}}..}))|{((((.|((((((((,((((((((.(((.{.((((((((.,.(((.(.(((((.(((((((....))).))))..(((((((((.(((({(((((...)))))((((((((((((((..{{..{{(....))}...}}.,............))))....))))))))))..(((((((((.....((((((.(((((((.((....((((({...})).)))((((((...))))))(((((((.{..((((..((((((((((((((,((.(((((.((((((((((({((((((.{{...}})))))|{{{(.((.(({{{{{{{.({((((((..((.,(({((({(((((((({.,(((((...)))))))))))).....,||,|||.|},..}).),)}))).,,||||,,.)}}}.||||||}|.,|||||}}||,|((((((((((((((((((.((.......))})))|{{{{{...{{(,,,,,,.}}}}))))),)))))))))))))),})})))),)))}))})).)),))}).}))))},))))))))))).))..,.))))))).))))))).)))).).))))))).(({(((((.(((.((((((..((((......))))..)).))))))).))))).,}))((((((..(((((.....)))))..{.{((({(((......).)).).))))}.))))))....)).)))))))..))))))..((((..((((((.((..((((....))))..)).))))))..))))...(((((((.(((.....(((..(((((((............((((((.(((((,(,(,....)),,,....))))...}.))))))..((((((((.(.((((....)))).))))))..)))((((((.......))))))))))))))))....((((...((((((....)))))).....))))((((((.((.(((.(((((.(....))))))..))))).)))))).))))))))))...,((((...........)))).,..(((((((((((......((((({{{..{,(({,,((({{{,,.,,)).))}))),...)))),,}}}))..,.....)))))))))))...)))).)))))....}.)))).))}}))))))..)))))},))).,.))))))))})))..))}....{({{{{.(..(((((((.....{{(((((..(((((((((((.(((((((((((((((((((..((.((,((((((((((((((,((((..,((((((.(((......))).))))))....))))..{(((..(((({...)))))...))))))))))}}))).....))))..}}}.))..))))).)))))....(.((......)).).)))))))).).))))))))))).))))).}}.((((((.((.(((|{,{{.(((((((((((((({.{{(({,(({.........,))}.}}))))))))).))))))).}}..,{{{,,.}}}}}}))}.)).)))))).....))))))),.).)))))}.....})))))))).)))))..((((....(((((((.,,((({.....,||||.{{.({({{|{||}..)),))))}..,},}}}}))))))).}.))))..((((((........))))))...{,,...,,}.))))))..,,.)))))))(((.....)))))).

Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001177355.3 GUCAUUUGUUCCCUUUGACGGCCCGGGAGGCUGCCAGGCUCUCCACCCC… 2137 nt 0.6514
NM_005823.6 GUCAUUUGUUCCCUUUGACGGCCCGGGAGGCUGCCAGGCUCUCCACCCC… 2197 nt 0.6527
NM_013404.4 CGCCACGCACUCCUCUUUCUGCCUGGCCGGCCACUCCCGUCUGCUGUGA… 2154 nt 0.6504
Summary

This gene encodes a preproprotein that is proteolytically processed to generate two protein products, megakaryocyte potentiating factor and mesothelin. Megakaryocyte potentiating factor functions as a cytokine that can stimulate colony formation of bone marrow megakaryocytes. Mesothelin is a glycosylphosphatidylinositol-anchored cell-surface protein that may function as a cell adhesion protein. This protein is overexpressed in epithelial mesotheliomas, ovarian cancers and in specific squamous cell carcinomas. Alternative splicing results in multiple transcript variants, at least one of which encodes an isoform that is proteolytically processed. [provided by RefSeq, Feb 2016]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image