Basic Information
Symbol
MSX1
RNA Class
mRNA
Alias
msh homeobox 1
HYD1
OFC5
msh (Drosophila) homeo box homolog 1 (formerly homeo box 7)
msh homeobox homolog 1 (Drosophila)
ECTD3
HOX7
STHAG1
homeobox protein MSX-1
homeobox 7
homeobox protein Hox-7
msh homeo box 1
msh homeobox 1-like protein
msh homeobox homolog 1
Homeobox protein MSX-1
Homeobox protein Hox-7
Msh homeobox 1-like protein
Location (GRCh38)
4:4859665-4863936
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_002448.3
Sequence length
1940 nt
GC Content
0.5985
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-825.9 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-862.22 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
496.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_002448.3 | AGGGCCCGGAGCCGGCGAGUGCUCCCGGGAACUCUGCCUGCGCGGCGGC… | 1940 nt | 0.5985 |
Summary
This gene encodes a member of the muscle segment homeobox gene family. The encoded protein functions as a transcriptional repressor during embryogenesis through interactions with components of the core transcription complex and other homeoproteins. It may also have roles in limb-pattern formation, craniofacial development, particularly odontogenesis, and tumor growth inhibition. Mutations in this gene, which was once known as homeobox 7, have been associated with nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate 5, Witkop syndrome, Wolf-Hirschom syndrome, and autosomoal dominant hypodontia. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
