Basic Information

Symbol
MUC1
RNA Class
mRNA
Alias
mucin 1, cell surface associated CD227 PEM ADMCKD ADMCKD1 MCKD MCD KL-6 EMA Ca15-3 epithelial membrane antigen mucin 1, transmembrane medullary cystic kidney disease 1 (autosomal dominant) ADTKD2 CA 15-3 H23AG MAM6 MCKD1 MUC-1 MUC-1/SEC MUC-1/X MUC1/ZD PEMT PUM mucin-1 H23 antigen breast carcinoma-associated antigen DF3 cancer antigen 15-3 carcinoma-associated mucin episialin krebs von den Lungen-6 peanut-reactive urinary mucin polymorphic epithelial mucin tumor associated epithelial mucin tumor-associated epithelial membrane antigen Mucin-1 Breast carcinoma-associated antigen DF3 Cancer antigen 15-3 Carcinoma-associated mucin Episialin Krebs von den Lungen-6 Peanut-reactive urinary mucin Polymorphic epithelial mucin Tumor-associated epithelial membrane antigen Tumor-associated mucin CD227 antigen
Location (GRCh38)
1:155185824-155192916 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001018016.3
BLAST PRIMER
NM_001018017.3
BLAST PRIMER
NM_001018021.1
BLAST PRIMER
NM_001044390.3
BLAST PRIMER
NM_001044391.3
BLAST PRIMER
NM_001044392.3
BLAST PRIMER
NM_001044393.3
BLAST PRIMER
NM_001204285.2
BLAST PRIMER
NM_001204286.1
BLAST PRIMER
NM_001204287.2
BLAST PRIMER
NM_001204288.2
BLAST PRIMER
NM_001204289.2
BLAST PRIMER
NM_001204290.2
BLAST PRIMER
NM_001204291.1
BLAST PRIMER
NM_001204292.1
BLAST PRIMER
NM_001204293.2
BLAST PRIMER
NM_001204294.2
BLAST PRIMER
NM_001204295.1
BLAST PRIMER
NM_001204296.2
BLAST PRIMER
NM_001204297.2
BLAST PRIMER
NM_001371720.2
BLAST PRIMER
NM_002456.6
BLAST PRIMER
NM_182741.1
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_002456
Sequence length
1199 nt
GC Content
0.5513

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-446.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -464.18 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 358.67
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........(((((((.(((.((((...((((....((((((...((((.((((((.(((....(((((((((((((.(((((..............((....))..((((((((.(..((((.(((...(((((((((((.((.((((((((((...)))))))..(((((((((((((.((..(((((...(((((((........))))))).......)))))..))))))))))))))).......((((.(((((((.....((((((((.(((((....((((.(((.((.((........))...)).)))))))(((((((..(((((((...)))))))))))))).....)))))..))))))))(((.(((((...(........)...))))).)))...((.((((.(((.((((.....((((((...))))))....))))))))))).))))))))).)))).................(((((..(((..(((.....((((((((........)))))).))...))).).))..))))).......((((......))))(((((((..(((.(((((...(.((((..(((.(.((((..(((((((((....(((((....(((((.............((((((((((.(((............)))))))))))))))))).....))))))))))))))..)))).))))..)))).)..))))))))..))).)))).(((((..(((((((((((.((((.(((..((((((...))))))...)))..))))))((((.((.(((....))).)).)))).........((((((((((......))))))..)))).)))))))))))))).(((((..((((((...((....))....))))))..)))))...))))).)))))))))))..)))..))))..).))).)))))))))).)))).))))(((((....))))).(((((((.(((((((....((((.((.(((((....))))).))))))....)).))))).))))))).)))))..)))))))))..)))).))))))...))))))).).))).(((.((.(((((......))))).)))))..)))).)))........((((....))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,,,,..,(((((((.{(({{((({,.,{{{....((((((...{(({.((((((.(((....(((((((((((((.(((((.,,,..........((.,,,|}..,,{{((((,(..(({(.{{{.,.(((((((((((.{{.,{{(((((((...}}}||||,,(((((((((((((.((..(((((...(((((((........))))))).......)))))..))))))))))))))}.......((((.(((((((.....{(((((((.(((((....{,{{,(((.{{.{{,,,,....},...}}.,},}}}}((((({{{{(((((({...}))))))))))))).....}))))..)))))))|(((,(((((...,........}...)))))})))...((.((((.((,{((((....,((((((...))))))...,))))))))))).))))))))).))))........{,......,(({((,,{{|,,{{{.....{{((((((.,,...,,)))))).))},||||,||}|,.,}}}}.,,,.,,|(((....,,)))}{((((((..(((.(((((.,.{.((((..(((.(.((((..(((((((((..,,(((((....(((((.............|(((((((((.(({.,........}.))))))))))))||)})}.....))))))))))))))..)))).)))}..)))).},.))))))))..))).)))}.((((({.,,||||||({{.((((.(((..((((((...))))))...)))..))))))|{{{.((.(((....))).)}.}}}}.,...,,,,((((((((((......)))))}.,,|||,|||||}}}}}||||}|{((({{((((((......{{{|,.....)))))})))))),}}),,},,)))}))})))),})))..))))..),))))}))))))))).)))).))))(((((....))))),(((((((.(((((((,.,.{(((.((.(((((....|)))).)))))}....}),))))).))))))).)))))..))))))))).,)))).)))))),..})))))).)}))).{{|,||,(((((......))))).}}|}}..}})),,}}.......,((((,...}})),}}}....

Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001371720.2 ACCUCUCAAGCAGCCAGCGCCUGCCUGAAUCUGUUCUGCCCCCUCCCCA… 4070 nt 0.7123
NM_002456.6 ACCUCUCAAGCAGCCAGCGCCUGCCUGAAUCUGUUCUGCCCCCUCCCCA… 1199 nt 0.5513
NM_182741.1 GAAUUCCCUGGCUGCUUGAAUCUGUUCUGCCCCCUCCCCACCCAUUUCA… 1721 nt 0.5979
Showing 21 to 23 of 23 entries
Summary

This gene encodes a membrane-bound protein that is a member of the mucin family. Mucins are O-glycosylated proteins that play an essential role in forming protective mucous barriers on epithelial surfaces. These proteins also play a role in intracellular signaling. This protein is expressed on the apical surface of epithelial cells that line the mucosal surfaces of many different tissues including lung, breast stomach and pancreas. This protein is proteolytically cleaved into alpha and beta subunits that form a heterodimeric complex. The N-terminal alpha subunit functions in cell-adhesion and the C-terminal beta subunit is involved in cell signaling. Overexpression, aberrant intracellular localization, and changes in glycosylation of this protein have been associated with carcinomas. This gene is known to contain a highly polymorphic variable number tandem repeats (VNTR) domain. Alternate splicing results in multiple transcript variants.[provided by RefSeq, Feb 2011]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image