Basic Information
Symbol
NFIX
RNA Class
mRNA
Alias
nuclear factor I X
NF1A
CCAAT-binding transcription factor
nuclear factor I/X (CCAAT-binding transcription factor)
CTF
MALNS
MRSHSS
NF-I/X
NF1-X
SOTOS2
nuclear factor 1 X-type
CCAAT-box-binding transcription factor
TGGCA-binding protein
nuclear factor 1/X
Nuclear factor 1 X-type
Nuclear factor 1/X
Nuclear factor I/X
NFI-X
Location (GRCh38)
19:12995475-13098796
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_001365902.3
Sequence length
6019 nt
GC Content
0.6097
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2496.1 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-2599.92 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1389.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
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| NM_001365982.2 | GUCUAAACUUUCACUUUCACAGCGCGGCGGCUGCGGCGGCGGCGGCGGC… | 5739 nt | 0.6090 |
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| NM_002501.4 | GUCUAAACUUUCACUUUCACAGCGCGGCGGCUGCGGCGGCGGCGGCGGC… | 5862 nt | 0.6092 |
Summary
The protein encoded by this gene is a transcription factor that binds the palindromic sequence 5'-TTGGCNNNNNGCCAA-3 in viral and cellular promoters. The encoded protein can also stimulate adenovirus replication in vitro. Three transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2012]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
