Basic Information

Symbol
NKX3-1
RNA Class
mRNA
Alias
NK3 homeobox 1 NKX3.1 BAPX2 NK homeobox (Drosophila), family 3, A NK3 transcription factor related, locus 1 (Drosophila) NKX3 NKX3A homeobox protein Nkx-3.1 NK homeobox, family 3, A NK3 transcription factor homolog A NK3 transcription factor related, locus 1 homeobox protein NK-3 homolog A Homeobox protein Nkx-3.1 Homeobox protein NK-3 homolog A
Location (GRCh38)
8:23678697-23682938 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001256339.1
BLAST PRIMER
NM_006167.4
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_006167.4
Sequence length
3278 nt
GC Content
0.4707

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1059.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1117.52 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 945.98
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001256339.1 AUGCUCAGGGUUCCGGAGCCGCGGCCCGGGGAGGCCGAGACGCUGGCAG… 3024 nt 0.4405
NM_006167.4 AGCGGUGCGGGCCGGGCGGGUGCAUUCAGGCCAAGGCGGGGCCGCCGGG… 3278 nt 0.4707
Summary

This gene encodes a homeobox-containing transcription factor. This transcription factor functions as a negative regulator of epithelial cell growth in prostate tissue. Aberrant expression of this gene is associated with prostate tumor progression. Alternate splicing results in multiple transcript variants of this gene. [provided by RefSeq, Jan 2012]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image