Basic Information
Symbol
NLGN4X
RNA Class
mRNA
Alias
neuroligin 4 X-linked
KIAA1260
NLGN
HLNX
neuroligin 4
ASPGX2
AUTSX2
HNL4X
NLGN4
neuroligin-4, X-linked
Neuroligin-4, X-linked
Neuroligin X
HNLX
Location (GRCh38)
X:5840637-6228867
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_181332.3
Sequence length
5858 nt
GC Content
0.4553
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1719.8 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1836.9 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1195.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001282145.2 | GCAGAACCGUCUCUCUCCCUUCUCUGUCUCUUAGCACAGAGCUCUUAUU… | 6165 nt | 0.4586 |
| NM_001282146.2 | ACUCCAGUGGGCAGAACUGAUGGAGAAGAUCCGCCAAGCGCGCAGCCGG… | 5739 nt | 0.4619 |
| NM_020742.4 | AUUUAAGCGAUUUUUUUUCCCUCCUUCAUCUCCGGGCCUCGGAUAAGAU… | 5690 nt | 0.4548 |
| NM_181332.3 | GCAGAACCGUCUCUCUCCCUUCUCUGUCUCUUAGCACAGAGCUCUUAUU… | 5858 nt | 0.4553 |
Summary
This gene encodes a member of the type-B carboxylesterase/lipase protein family. The encoded protein belongs to a family of neuronal cell surface proteins. Members of this family may act as splice site-specific ligands for beta-neurexins and may be involved in the formation and remodeling of central nervous system synapses. The encoded protein interacts with discs large homolog 4 (DLG4). Mutations in this gene have been associated with autism and Asperger syndrome. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Aug 2013]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
