Basic Information

Symbol
NR1D1
RNA Class
mRNA
Alias
nuclear receptor subfamily 1 group D member 1 ear-1 hRev Rev-ErbAalpha THRA1 REVERBA REVERBalpha nuclear receptor subfamily 1, group D, member 1 EAR1 THRAL V-erbA-related protein 1 nuclear receptor Rev-ErbA-alpha rev-erbA-alpha HREV Nuclear receptor subfamily 1 group D member 1 Rev-erbA-alpha EAR-1
Location (GRCh38)
17:40092793-40100589 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_021724.5
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_021724.5
Sequence length
2630 nt
GC Content
0.5886

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-929.9 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -973.71 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 667.67
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((........((((((.((((....(((.((((((.((..((((......))))..)))))))).)))..))))...............(((((((.((((..((((.......))))...)))))))))))(((((.(...(((.........)))...))))))))))))...((((((.....((((.(((((((...(((..((.((.((((.....)))).))..........((((((..................((((((............))))))....(((((...)))))....(((((.(.((((((((...((......))....)).)))))).).)))))((((..(((....)))..)))).((((((......))))))..)))))).((((..((((((((...(((((((..((.......((((.(((....((((..........))))...)))))))(((((.....(((((.(((((................)))).).))))))))))......((((...((((((........))))))...))))..............(((....))).....((((((((...(((...)))...))))))))(((.((((((.......((((.....(((((((.............((((.(((((....))))).........)))).(((.(((((((((.......................))))))))))))................))))))).....))))......))))))...)))(((((((((((..((.((((..((((..(((((.((((.....(((((.(((....))).)))))..(((......)))(((.((((((...((...(((..........((((....)))).((((((((((...(((...((((((.(((.(((((((((((................(((((..((.((..(((.....)))..)).)).)))))....(((.(((((((.........(((((....)))))((((((..((((.((((((((((((((...)))))))))).)))).))))...)))))).))))))).))))))))).))))).....((((......))))((((.....)))).(((.....)))))).)))))).....)))...))))...........(((((...)))))))))))..)))...))....)))))).)))....((((((.(((((((((((........))))).(((((..((.(((((((....(((......)))))).)))).)).......)))))((((((((......((((((...((((..(((..(((((..(((((((((((....(((((.......))))).....(((...((((((((((((((..............))))).......)))))))))....))).....................))))))))))))))))...(((((((....((((....))))((((((.(((((....((((((.(((.((((.((((..(((((...(((.((((............))))...(((((.......))))).......)))..)))))..)))).)))).)))...(((....)))...(((((((((((..........)))))))))))((((...))))..(((((....)))))(.(((((((((((...(((.((((((((((....)))..))))).)).)))...))))))))))))))))))(((((.....))))).........((((((((((((.(((......((...(((((((...(((((...((((((((((((...))))))...(((((((....((((.(((.((((...)))).)))..((((....))))...)))))))))))....))))))))))).)))))))))...))))))))))).))))...(((((((.(((.((((((.....)))).)))))....)))))))....))))))))))))))))))......)))..))))...)))))).......))))))))..)))))).))))))..(((((((((((((.....)).))))))(((((.((((((((..(((((........)))))..))))))))...))))).)))))..)))).)))))..))))..)))))).((((.(.((.....)).)...))))....))))))))))).((((((((.(((...)))..))))))))...))..)).))))))))))))).))))))..)))..))))))).(((((((........)))).)))((((...((....(((((..((((((((((((.......)))))....)))))))..)))))....))...))))..))))......)))))).........................................))))))................((..((((..((..((((((..............))))))....))..).)))..))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{((({,.{{,,.{{({{(,((((..{.(((.((((((.((..((((......))))..)))))))).))}.,},}}...............((((((,,((((..((((.......))))...))))))))))){{{{(.{...(((....,.{,,}}}.,,}))})}}||}||{,.((((((.....{,,,.(((((((...{({..{{.{{.((({.....}))).)).....,,}|||{{{{,..................((((((........,.,.))))))....(((((...))))).....{{{{,},}}))||{{||,{{,,{{,{,,,,..,|.}}.,})}}}}))))},.}}}|}|.,,|...,|}|}}.((((((......))))))..}}}}}}.((((..(((((((,..{(((((({..({...,.,.,({{,(((,,.,(((({{{{{{,...,|||{{.,,|||||||{{{||.,,(((({.(((((................)))).}.)))))),,}}......((((...((((((........))))))...)))).,|,....,.,...{{{|...,||,,...((((((((...(((...)))...)))))))){({,((,{,,.....,,((({,,,,,(((((((........|,...((({.(((((....))))).........}}}}.(((.(((((((((.......................))))))))))))...,,,,,........)))))}|.....)))},,,...,}))))...})){((((((((((,,{{,(((({{{,(({.,,(((,(((,,({{,(((((.(({....))).)))))}}.})))))...,}}}|,}||}}}},,,|||||||||.,{{(...,|}}{(({.|||{...|||||||||{((({{,..{{((..((((((((({,(((.,({,{..........})))))))..,..,|,|,..}}))))..)}{{.{{{{{...,(((.(((((((.,.......(((({....}))))((((((,.((((.((((((((((((((...)))))))))).)))).)))).,.)))))).))))))).)))}}}},}.))))).},,.((((......))))|,{{...,,||||((((({,,({({{{(((((.{.......,,.,}}}))...........{(({(.,{|||||{...{{{{{{..,,||||.(({......,,,.((((.((((.{,...{((((........))))),.)))}.))))......,.},}}|))))},.}))))).|||||,}..,.,,.,))))||,,||||}}}}.,((((((...((((..(((..(((((..((((((((((,....(((((.......))))).....(((...((((((((((((((..............))))).......)))))))))....))).......,............,))))))))))))))))...(((((((....((((....))))(((({{((((((....((((((.{({.((((.((((..(((((.{,,{{.((((............))))...(((((.......))))).......)))}.)))))..)))).)))).}||,..{{|},..}}}...(((((((((((..,....,..)))))))))))((({{.....}..||||{....})}})|.(((((((((((...(((.((((((((((....)))..))))).)).)))...))))))))))),)))))){{{{{|.,.,}}}}}.........((((((((((((.(({......{({,,(((((((...(((((...((((((((((((...)))))).,.((((((((({.{{,{{(((.(({,...}}}}.})}..||||,,,,})},...)))}})))))).,..))))))))))).)))))))}}..,))))))))))).))))...(((((((.({{.((((((.....)))),))})}....)))))))....))))))))))))))))))......)))..))))...)))))),|.....)),,)))).}||{|...||||||,.|)}))||{{{|||},},,),,))))}}|||||,|||||||||.|||||}},,..,,}}})))))}}))))}...))))),})))},,)))),)))))}}))))..)))))),|||{,,,|,.......,}},,})))}}..))))))))))}.((((((((.(((...)))..)))))))).,,))..)).))))))))))))).))))||,.}}}..})))))).,{{{{{{........)))|.}},{(((...((....(((((..(((((((((({(.......))))}....)))))))..)))))....))...)))),})))}......)))))}..............|,.........................}}}}}},....................|)},..,.,((((((..........,...)))))).,}}},,}}}),,....

Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_021724.5 AGAGUGAAAUAUUACUGCCGAGGGAACGUAGCAGGGCACACGUCUCGCC… 2630 nt 0.5886
Summary

This gene encodes a transcription factor that is a member of the nuclear receptor subfamily 1. The encoded protein is a ligand-sensitive transcription factor that negatively regulates the expression of core clock proteins. In particular this protein represses the circadian clock transcription factor aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator-like protein 1 (ARNTL). This protein may also be involved in regulating genes that function in metabolic, inflammatory and cardiovascular processes. [provided by RefSeq, Jan 2013]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image