Basic Information
Symbol
NUP98
RNA Class
mRNA
Alias
nucleoporin 98 and 96 precursor
NUP96
Nup98-Nup96
Nup98-96
NUP196
Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
nucleoporin 96
nucleoporin 98kDa
nucleoporin 98
ADIR2
nuclear pore complex protein Nup98
GLFG-repeat containing nucleoporin
NUP98/PHF23 fusion 2 protein
nucleoporin 98kD
ADAR2
EC 3.4.21.-
Location (GRCh38)
11:3671083-3797792
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_016320.5
Sequence length
6726 nt
GC Content
0.4778
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2167.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-2290.46 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1686.13
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
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| NM_139132.4 | GCAGUCGGGCCCUCUGCGCGCUGCGCCCGAAGCGGCGGUCGGUGGCAGG… | 6504 nt | 0.4757 |
Summary
Nuclear pore complexes (NPCs) regulate the transport of macromolecules between the nucleus and cytoplasm, and are composed of many polypeptide subunits, many of which belong to the nucleoporin family. This gene belongs to the nucleoporin gene family and encodes a 186 kDa precursor protein that undergoes autoproteolytic cleavage to generate a 98 kDa nucleoporin and 96 kDa nucleoporin. The 98 kDa nucleoporin contains a Gly-Leu-Phe-Gly (GLGF) repeat domain and participates in many cellular processes, including nuclear import, nuclear export, mitotic progression, and regulation of gene expression. The 96 kDa nucleoporin is a scaffold component of the NPC. Proteolytic cleavage is important for targeting of the proteins to the NPC. Translocations between this gene and many other partner genes have been observed in different leukemias. Rearrangements typically result in chimeras with the N-terminal GLGF domain of this gene to the C-terminus of the partner gene. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms, at least two of which are proteolytically processed. Some variants lack the region that encodes the 96 kDa nucleoporin. [provided by RefSeq, Feb 2016]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
