Basic Information

Symbol
NUP98
RNA Class
mRNA
Alias
nucleoporin 98 and 96 precursor NUP96 Nup98-Nup96 Nup98-96 NUP196 Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 nucleoporin 96 nucleoporin 98kDa nucleoporin 98 ADIR2 nuclear pore complex protein Nup98 GLFG-repeat containing nucleoporin NUP98/PHF23 fusion 2 protein nucleoporin 98kD ADAR2 EC 3.4.21.-

Secondary Structure

MANE Select
NM_016320.5
Sequence length
6726 nt
GC Content
0.4778

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2167.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -2290.46 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1686.13
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
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NM_001365126.2 GCAGUCGGGCCCUCUGCGCGCUGCGCCCGAAGCGGCGGUCGGUGGCAGG… 6777 nt 0.4769
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NM_016320.5 GCAGUCGGGCCCUCUGCGCGCUGCGCCCGAAGCGGCGGUCGGUGGCAGG… 6726 nt 0.4778
NM_139131.5 GCAGUCGGGCCCUCUGCGCGCUGCGCCCGAAGCGGCGGUCGGUGGCAGG… 3936 nt 0.4352
NM_139132.4 GCAGUCGGGCCCUCUGCGCGCUGCGCCCGAAGCGGCGGUCGGUGGCAGG… 6504 nt 0.4757
Summary

Nuclear pore complexes (NPCs) regulate the transport of macromolecules between the nucleus and cytoplasm, and are composed of many polypeptide subunits, many of which belong to the nucleoporin family. This gene belongs to the nucleoporin gene family and encodes a 186 kDa precursor protein that undergoes autoproteolytic cleavage to generate a 98 kDa nucleoporin and 96 kDa nucleoporin. The 98 kDa nucleoporin contains a Gly-Leu-Phe-Gly (GLGF) repeat domain and participates in many cellular processes, including nuclear import, nuclear export, mitotic progression, and regulation of gene expression. The 96 kDa nucleoporin is a scaffold component of the NPC. Proteolytic cleavage is important for targeting of the proteins to the NPC. Translocations between this gene and many other partner genes have been observed in different leukemias. Rearrangements typically result in chimeras with the N-terminal GLGF domain of this gene to the C-terminus of the partner gene. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms, at least two of which are proteolytically processed. Some variants lack the region that encodes the 96 kDa nucleoporin. [provided by RefSeq, Feb 2016]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
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