Basic Information
Symbol
OGDH
RNA Class
mRNA
Alias
oxoglutarate dehydrogenase
E1k
OGDC-E1
OGDH2
KGD1
oxoglutarate (alpha-ketoglutarate) dehydrogenase (lipoamide)
AKGDH
E1o
HsOGDH
OGDC
OGDH-E1
OGDHD
2-oxoglutarate dehydrogenase complex component E1
2-oxoglutarate dehydrogenase, mitochondrial
alpha-KGDH-E1
oxoglutarate decarboxylase
oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring)
testicular tissue protein Li 131
thiamine diphosphate (ThDP)-dependent 2-oxoglutarate dehydrogenase
Alpha-ketoglutarate dehydrogenase
Alpha-KGDH-E1
Thiamine diphosphate (ThDP)-dependent 2-oxoglutarate dehydrogenase
EC 1.2.4.2
Location (GRCh38)
7:44606549-44709070
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_002541.4
Sequence length
4193 nt
GC Content
0.5633
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1594.7 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1671.21 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1213.99
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((.((((((((((.......))).(((.((((....)))).)))..(((((...)))))..((......((((((....(((((..(((((((((((((....(((((...............)))))..((((((((((.........((....))...(((((......))))).))))))))))..........((((((((((.(((((...((((((((((((((((((...((((...(((......))).)))))))))).......(((((((......((.(((.((...(((((((...((((..((((((((...((((.(((.((((((((((((((.(((...)))))))((((((.....(((.(((...))))))....)))))).....((((....((..((((((((((...(.(.((..(((..((((((((((.((((..(((((((.((((((..(.((((...)))).)......(((((.(((((((....))))))).))))).))))))..))....))))).(((((.((.....)))))))..)))).))).))))))))))..))).)...))))))))))..))...)))).........))))))).)))........(((((.....))))).....(((...(((((((........)).)))))....)))((((((.......))))))...))))))).)))))))).)))).)))))))...))))).))...(((((.((((.(.(((((((.............(((((((((((..((((((((((.....)).))))))))(((....))).))))))....)))))((((((((.((((((((....(..(((.(.((((..(((..((((((((((.......((((((.......))))))....((((((((((.(((((((((((((.(((.((((((((((.(((................((((.((((....(((.(((((((((...)))))...)))).)))....)))).)))).(((((..((((..((((((((......(((((..(((((.((.(((..(..(((......(.((((((((((((........))))))...)))))))......)))..)..))).))...)).))).)))))((((((((.((((...(((..(((((...))))))))....((....)).....)))).))))))))..(((.((((((((((((((((.((((......))))..)))))........((((.(((.(((...((((((............))))))...)))..((((((((.....(((((((((((...(((((....(((.(((.((...((((((((.......((((....))))..((.((((.(((((....))))).)))).)).((((............((((((((((((....))))...)))))))))))))))))))).)).)))...)))..))))).)))))))))))(((((...))))).))))))))...))).)))).(((((((.(((((((((((.((((((((((.........((((.((....)).))))........))))).))))).))))......(((((.(.(((...((((((((.((((..((((.....))))..))))..))(((((((..((((...))))..))))))).(((((......)))))((.......))...)))))))))).)))))..((((.(((((((((......((((((..((......))..))))))((((((((((((..(((((....))))).......((((((.(.(((((((((((....(((((((...........))))))))))))).))))).)))))))))))))))))))....)))))))))))))..))))))))))))))....(((((((((((((((((((.(((((((((((((.....)))...)))))..))))))))).))))....(((((((.......))).))))..))))))))))).((.(((.....))).)).........)))))))))))))))))))))))))).))))))))))))...)))))))))..((((((..((((.(((((...)))))))))..))))))(((((((.(((.((((((..(....)..))))))...))))))))))....(((......))).......))))).)).)))).))...)))))))..))).....((.((((..((((.(((((((((((......)))).))))))))))))))).))))))))).)))..)))......))))))))..))))))))).))))..)))))))).))))))))))))))))))))(((((........((((....))))..........(((....((((.(((((...))))).))))...)))......)))))...))))))))))))...))).)).)).)))))))).......)))))))))))))...)))))......(((((.(((((.(((((((((((((...(((((.......)).))))))))..))....(((((...((.((((....(((((((.((((.((((..((........))...)).))...))))..))))))))))).)).))))).....((.(((((((..(..(((.......)))..)..)))))))))))))))))..))).))))).)))))).....)).......(((((((((((.....))))))).))))...........(((((((((.(((.((((((((.......((((((((.((((..(.....(((((.((((((........))........(((((((......((((.((((....)))).)))).....))))))).....(((...))).....(((((((((...(.((((((((.....((....))...))).))))).).)))..)))))).....)))).)))))..)..))))..)))).))))(((((..((.((((((....(((.(.(((((((..(((.....((((.....)))).....)))((((((...........(((((((.((((.((.((.(((((((..((((((....(((((((((...(((.........(((((..(((((........)))))..)))))....)))....))))))))))))))).......)))))..)))))).)))))))))))...))))))......(((..((((((((((((((((((....))))).....))))))))(((((((...((....))...)).)))))((((((((((.((((....)))).)))...))))))).(((((((((.(((..((..(((((.(((.((((...)))).)))...)))))..)).))).)))))))))....(((.((..(((((((((((....(((((.......))))))))))))))))..)).))))))))..))))))))))))))..)))))).))..)))))...))))))))....))).)))).)))))...((((((((..........(((((((((.(((((((.(((((((((.(((((((........))))))).)))..(((.((((((((((.....))))).)))))..))).....(.((((((((...((((((....(((....)))..)))))).)))))))).)......)).))))..)))))))....(((......)))......(((((((((..((.((((((((((.(((...........)))(((((.((...((((.((.......)).))))...)).))))).)))))))))).)).)))).)))))(((((((((..(((..(((((....)))))))))))))))))..((((.((((.((((...)))).))))..))))...........................)))))))))..........))))))))))))))).)))).....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((.((((((({{{,,,,,,.|||.(((.((((....}))).)))..{{{{(,,,}}},,..{({{{,{,((((({..{,{((((,,{{{{{{||||||{..{,(((({.,{,.....,,....,}}}}..((((((((((..,({..,,{|....},,,,(((((......))))).)))))))))),{,.,..,,,{{({((((((.{((((.{,{{{{((({((({{((({(,,.(((({{{{((.....,}}},,|||}}}}}}.,},}}}}||||||}}},.{(({,|,..|,,.(((((((...((((..((((((((.,.((((.(((.{{{(((((((((((,{((...))))))}((((((.,...(((.(((...))))))...})))))).....((((....((..((((((((((...{,{.((..(((..((((((((((.((((..{({,,,{.((((((..,.{(((...)))|{,...,,.(((((.(((((((....))))))).)))}),)))))).,}}....,,,,,.{((((.((.....}))))))..)))).)))}}))))))))).})}}..,..))))))))))..))...)}}).........))))))).})}........,{{{{,{{{,|({|,....||||,|||,((((.{(((((({{{.((({,...,}))|||||,}.,}}}.}}}}.,...))))))),)))))))).)))).)))))))...|||||,|,{{.,,||{.|||,,|.,{{(,,...,|,|,,,....{|{|||{{||||||}||||,|})}},}))}}}})))}}|{{{,.||}}}.},|,|||,.,}})))|||{{(((,((((((((.,..{,.(((.(.((((,.({(.,({{(((((((.,,,||.{{{{{{,...,}}}}}}}},..,((((((({((.((((({({(((((.{(|{(({{{({(((,(((({{.{{{||||,,..,|||{,{||{,...{|||{{{,(((((...))))),..,}}..,||,.(((((....))))),,|}}((({,{{(((((((,.....{{{{{..(((({.{,.,{{..({{(((,,...,{,((({{(({{(((,,{{....}}))))}|||||||}|......},}..,..,}}}}},||}}.}}}.))))}((((((((.((((...(((..{((((...})))))))....||...,)}.....)))).))))))))..{{{.{{{{(((((((,{{,,.{|{{{{,,{{||,,,{||||,,|,,.||,|{{{.{{|.{{{,,.{(((({............}))))}.,{|||,{((((((((.,{{,(((((((((((...(((((.{..(((.(((.((...((((((((..,....{((({.{{||||...({((((.(,,,,...}))))).))))}),...,|,,.,|.......((((((((({{{....,)},..))))))))),.).)))))))).)).)))...))).}))))).))))))))))){||||...|||,,.,}})))}}...}}}.}})}.{{{{|||,|{{||{|((((.((((((((((.........((((.((....)).))))........))))).))))).))))..,,,|(((({,{.({{,..{(((((|{.((((..(((({...,))))..))))..,,(((((((,{(({....}))},,))))))).{((((......))))}((.......)).,.))))))))}}.)))))|}((((.(((((((((......((((((..((......))..))))))((((((((((((,.(((((....))))).,.....((((({,(.(((((((((((,{{...(((((....,}},)..}.))))})))))),})))).)))))))))))))))))))....))))))))))))).,}))))})))))))}....(((((((((((((((((((.((((((((((,{.{{....)).,.)))))..)))))))))}})))..,.(((((((.......))).)))),.))))))))))).{{.(({....,))}.},,{,,,....}}})))}))))}}})))))))||||}..}},))))}}}}...}))})}}}}.,{(((((..((((.(((((...)))))})))..)))))|(((((((.(((.((((((..(....)..))))}),..)))))))))),...{{(,,....})),..,,,.))))}})).}}||,||...}}}}}||,{||}.,{,,{,.((({.,((((.(((((((.,,{{{....)))).))))))))))))))).}||||||}|,|}}..}}}..,,,,))))))}}|||}}}}}))),))))||||,,}}})}}|||}})||||}|||||}}||||||........((((....))))||}},|..,{(((....{|{|.|{,,,,}})))))}))}},,,))),,,...})))},..,}}}}))})))),..))).)),)).))))))))}}..,,.)))))))))))}}...))))},.....{{{{{.{{{{(.((({{{.,{{|||,,..||||}}}}}),}}.}}}}}}))},||,,.,{|{||,,.{{,((({.,,.{{{{{{{.((({,{(((,.((.,......}}...}}|},...)))).,)}}})))}}}}.}}.,}}}}.....{{.(((((((.,(..(((.......)))..)..)))))))}}}}}}}}}}..}},.|||}||}||}}}.,..})},.}}}..{{(((((((((.....))))))).)))),|,........{((((((((,(({.((((((((.,{.{{.,,,{,{((.{(((,.,.{{..{{{{{.((((||........{{....,,..(((((((......((((.((((....)))).)))).....))))))).,.,.(((...))).....({{{{{,,,,,.|.{||{|||{..},.||.,,,)).,.)))}}}))).,.}))..)))))}..,..}})).)))))}})..)))).,)))),)}}|(((((..((.((((((....(((.(.(((((((..,,{{{{.......,},.||((({...,|}|||{{{,.....{{{..(((((((.((((.((.((.(((((((..((((((....(((((((((,(.,..{,{,.....(((((..(((((........)))))..)))))....))).,.)))))))))))))))).......)))))..)))))).)))))))))))...))).}|(({{{{(({..,|}}}}||||,{|||{||,}.,)))}),,...}}}}}}},(((((((.,.((....))...)),}))))((((((((((.((((....)))).)))...))))))).(((((((((.(((..((..(((((.{{(((({,...,))),,)}..,)))))..)).))).)))))))))...{(((.((..(((((((((((....(((({(......))))))))))))))))..)).))))))}},.}}})))))))))))..)))))).))..)))))}..))))))))....})),))))},)))),,.{(((((((..........(((((((((.(((((((.(((((((((.(((((((........))))))).)))..,,,.{(((((((((.....))))).))))|{{|||.....,.{(((((((...((((((....(((....)))..)))))).)))))))),),,....)).))))..)))))))....(((......)))......(((((((((..((.(((((((({(((((...........))))}.,{{((({{((({.{{......,)).}}}}...}),}})))))))))))))).)).)))).)))))(((((((((..(((..(((((....)))))))))))))))))..((((.((((.(((,...}))).))))..))))...,,,.{(((......,,}},,,...)))))))))..........))))))))))))))).)))).....................
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001003941.3 | AUUCGGGUGGAGCUGAGCCGGAGACAGGCAGUUGUGAAAAACUUCAGGA… | 1693 nt | 0.5346 |
| NM_001165036.2 | AUUCGGGUGGAGCUGAGCCGGAGACAGGCAGUUGUGAAAAACUUCAGGA… | 4181 nt | 0.5606 |
| NM_001363523.2 | AUUCGGGUGGAGCUGAGCCGGAGACAGGCAGUUGUGAAAAACUUCAGGA… | 4226 nt | 0.5592 |
| NM_002541.4 | AUUCGGGUGGAGCUGAGCCGGAGACAGGCAGUUGUGAAAAACUUCAGGA… | 4193 nt | 0.5633 |
Summary
This gene encodes one subunit of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex. This complex catalyzes the overall conversion of 2-oxoglutarate (alpha-ketoglutarate) to succinyl-CoA and CO(2) during the Krebs cycle. The protein is located in the mitochondrial matrix and uses thiamine pyrophosphate as a cofactor. A congenital deficiency in 2-oxoglutarate dehydrogenase activity is believed to lead to hypotonia, metabolic acidosis, and hyperlactatemia. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct isoforms.[provided by RefSeq, Sep 2009]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
