Basic Information

Symbol
PABPC1
RNA Class
mRNA
Alias
poly(A) binding protein cytoplasmic 1 PABP1 PABPL1 poly(A)-binding protein, cytoplasmic 2 PAB1 PABP PABPC2 polyadenylate-binding protein 1 poly(A) binding protein, cytoplasmic 2 Polyadenylate-binding protein 1 PABP-1 Poly(A)-binding protein 1
Location (GRCh38)
8:100685816-100722809 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_002568.4
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_002568.4
Sequence length
2861 nt
GC Content
0.4614

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-810.5 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -863.52 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 687.2
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_002568.4 CCCCUUCUCCCCGGCGGUUAGUGCUGAGAGUGCGGAGUGUGUGCUCCGG… 2861 nt 0.4614
Summary

This gene encodes a poly(A) binding protein. The protein shuttles between the nucleus and cytoplasm and binds to the 3' poly(A) tail of eukaryotic messenger RNAs via RNA-recognition motifs. The binding of this protein to poly(A) promotes ribosome recruitment and translation initiation; it is also required for poly(A) shortening which is the first step in mRNA decay. The gene is part of a small gene family including three protein-coding genes and several pseudogenes.[provided by RefSeq, Aug 2010]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image