Basic Information

Symbol
PAN3
RNA Class
mRNA
Alias
poly(A) specific ribonuclease subunit PAN3 PAN3 poly(A) specific ribonuclease subunit homolog (S. cerevisiae) PAN3 poly(A) specific ribonuclease subunit PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit 3 PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN3 PAB1P-dependent poly(A)-nuclease PAB1P-dependent poly(A)-specific ribonuclease PABP-dependent poly(A) nuclease 3 PABP1-dependent poly A-specific ribonuclease subunit PAN3 PAN deadenylation complex subunit 3 PAN3 poly(A) specific ribonuclease subunit homolog poly(A)-nuclease deadenylation complex subunit 3 Poly(A)-nuclease deadenylation complex subunit 3
Location (GRCh38)
13:28138207-28295335 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_175854.8
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_175854.8
Sequence length
5590 nt
GC Content
0.4179

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1630.6 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1737.03 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1390.71
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_175854.8 ACCCGCCCAGGCUUUUAUCCGGCACCGGCAGCGUCUUCCUUUCCUCCCC… 5590 nt 0.4179
Summary

Contributes to poly(A)-specific ribonuclease activity. Predicted to be involved in nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening. Predicted to act upstream of or within deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA; positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly; and protein targeting. Part of PAN complex. [provided by Alliance of Genome Resources, Nov 2024]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
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