Basic Information

Symbol
PDYN
RNA Class
mRNA
Alias
prodynorphin PENKB ADCA preproenkephalin B rimorphin beta-neoendorphin dynorphin leu-enkephalin leumorphin neoendorphin-dynorphin-enkephalin prepropeptide spinocerebellar ataxia 23 SCA23 proenkephalin-B beta-neoendorphin-dynorphin preprodynorphin Proenkephalin-B Beta-neoendorphin-dynorphin Preprodynorphin
Location (GRCh38)
20:1978757-1994285 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001190892.1
BLAST PRIMER
NM_001190898.3
BLAST PRIMER
NM_001190899.2
BLAST PRIMER
NM_001190900.1
BLAST PRIMER
NM_024411.5
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_024411.5
Sequence length
2556 nt
GC Content
0.4906

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-881.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -928.5 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 591.93
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001190892.1 AUCCCAGUCGAGAUCCAUUGCAAAGCAUUGCAGAAUGUCGAUCCUCUUC… 2588 nt 0.4826
NM_001190898.3 CAUUUGAAGGGGCUUUGGUGGUGUUCACAGCUGCCUCUUUGGCACCUCC… 2553 nt 0.4904
NM_001190899.2 AGAAUCCGCCCCCUCCCCAACACGGCUGCCUUCCUCCUCCACAUCCCUG… 2740 nt 0.4964
NM_001190900.1 AGACCAGUGAGAGACUGCUCUUUGGACUCUCCCUUUCUGCACAGUCCUG… 2487 nt 0.4805
NM_024411.5 CAUUUGAAGGGGCUUUGGUGGUGUUCACAGCUGCCUCUUUGGCACCUCC… 2556 nt 0.4906
Summary

The protein encoded by this gene is a preproprotein that is proteolytically processed to form the secreted opioid peptides beta-neoendorphin, dynorphin, leu-enkephalin, rimorphin, and leumorphin. These peptides are ligands for the kappa-type of opioid receptor. Dynorphin is involved in modulating responses to several psychoactive substances, including cocaine. Multiple alternatively spliced transcript variants encoding the same protein have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2010]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image