Basic Information

Symbol
PER1
RNA Class
mRNA
Alias
period circadian regulator 1 RIGUI period (Drosophila) homolog 1 period homolog 1 (Drosophila) period circadian clock 1 PER hPER period circadian protein homolog 1 Period, drosophila, homolog of circadian clock protein PERIOD 1 circadian pacemaker protein RIGUI hPER1 period homolog 1 KIAA0482 Period circadian protein homolog 1 Circadian clock protein PERIOD 1 Circadian pacemaker protein Rigui
Location (GRCh38)
17:8140467-8156506 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_002616.3
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_002616.3
Sequence length
4676 nt
GC Content
0.6268

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2004.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -2078.94 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1480.09
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_002616.3 GGAGCUUCCACUCGGCUGCGGGCUGGAGCGGCGGCGGGCAGGCGUGCGG… 4676 nt 0.6268
Summary

This gene is a member of the Period family of genes and is expressed in a circadian pattern in the suprachiasmatic nucleus, the primary circadian pacemaker in the mammalian brain. Genes in this family encode components of the circadian rhythms of locomotor activity, metabolism, and behavior. This gene is upregulated by CLOCK/ARNTL heterodimers but then represses this upregulation in a feedback loop using PER/CRY heterodimers to interact with CLOCK/ARNTL. Polymorphisms in this gene may increase the risk of getting certain cancers. Alternative splicing has been observed in this gene; however, these variants have not been fully described. [provided by RefSeq, Jan 2014]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
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