Basic Information

Symbol
PER2
RNA Class
mRNA
Alias
period circadian regulator 2 KIAA0347 period (Drosophila) homolog 2 period homolog 2 (Drosophila) period circadian clock 2 FASPS FASPS1 period circadian protein homolog 2 circadian clock protein PERIOD 2 hPER2 period 2 period circadian protein 2 period homolog 2 Period circadian protein homolog 2 Circadian clock protein PERIOD 2
Location (GRCh38)
2:238244044-238290102 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_003894.3
BLAST PRIMER
NM_022817.3
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_022817.3
Sequence length
6380 nt
GC Content
0.5245

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2241.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -2351.63 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1744.46
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_003894.3 GUGGUCGAGCCGCGCGCAGGGUGCGCUCGUUUGAACUGCGGUGACACCG… 1337 nt 0.5520
NM_022817.3 CGUAACCGCCGCCGGCGCGCGGGCCUCGGGCAGGUCGGGGUCCCAGCGC… 6380 nt 0.5245
Summary

This gene is a member of the Period family of genes and is expressed in a circadian pattern in the suprachiasmatic nucleus, the primary circadian pacemaker in the mammalian brain. Genes in this family encode components of the circadian rhythms of locomotor activity, metabolism, and behavior. This gene is upregulated by CLOCK/ARNTL heterodimers but then represses this upregulation in a feedback loop using PER/CRY heterodimers to interact with CLOCK/ARNTL. Polymorphisms in this gene may increase the risk of getting certain cancers and have been linked to sleep disorders. [provided by RefSeq, Jan 2014]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image