Basic Information
Symbol
PER3
RNA Class
mRNA
Alias
period circadian regulator 3
period (Drosophila) homolog 3
period homolog 3 (Drosophila)
period circadian clock 3
FASPS3
GIG13
period circadian protein homolog 3
cell growth-inhibiting gene 13 protein
circadian clock protein PERIOD 3
period circadian protein 3
Period circadian protein homolog 3
hPER3
Cell growth-inhibiting gene 13 protein
Circadian clock protein PERIOD 3
Location (GRCh38)
1:7784291-7845181
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_001377275.1
Sequence length
6365 nt
GC Content
0.4649
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1891.7 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-2009.46 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1583.77
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((.(((.((((((...((((((.(((.(((((((((((((.(.(((......))).).)))))))..(((((((((...(((((.((((((.(((((((((((.(((.(((((((.........(((((.((((((((((....((.((((((.((((...(((((((.((((((((.(((((((((((((...(((((((((((.(((((.........))))).))))))).))...))..)))))).....))))))).))(((((((((.(((....((.((((((((((((...............)))))))...))))))).(((((.....))))).)))..))))..)))))((((......(((.(((((((((((((((.....))))))))..(((((..((((.........((((((((((((((((((((...(((((...)))))((.(.((((......)))).).))((((((((((..((((((((....)))((((.(((.........(((.......))).........))))))).(((((....)))))((((((((....((((.(((...(((..((((.....)))))))(((.(((((((....((((......))))..))))))).))))))))))...))))..)))).............((((((....))))))..)))))))))))))))((((((((((..((((.((((((((...((((.(......).))))....((.((((.(((((....))))))))).))((((((...((((((.((((((.(((...((((((.(((..((.((((((((((...(..(((((..((((.(((...........))).)))).)))))..))))).)..)))))..))..)))))))))..))).((.(...).))))))))))).)))..))))))))))))))))))..)).))))))))..(((....((((((((..((...............))..))))))))...)))..)))))))).))))))))))))....))))..)))))........))))))).)))))))(((((..........)))))))))))(((((((....)))))))...((((((.((((.(((...(((((.....)))))...))).)))).))))))(((.((((((....((((.(((((((.(((((((((.....((((((((((..((((........))))...(((((((..(((.(((((((((((((....(((....(((((.....(.(((((....))))))))))).....))).(((((...))))).(((((((............))))).))(((((....)))))....(((((.(((...............))).)))))..))))))).))))))))))))))))....))).)))))))..........................................((.(((((.(((...((((.((((..(((.....)))..)))).)))))))))))).)).)))).)))))...)))))...)).)))).....)))))).))).....((((((((((((((((....((((((((.((.((.(((((......)))))...(((((((((.(((..............(((((...((((......))))...)))))..((((((((((......(((.((......)))))......)))))))))).((...((((.(..((((((.((.(((.((((.....))))))))).))))))..).))))...)).....))).))))))).))..((((.(((...(((((..((((.((...)).))))......((((.....)))).(((((.(((((.((((....))))((((((..........)))))).....(.(((((.(((((((....(((((...(((((((.......)))))))..............(((((.(((...)))...)))))....(((((..(....)..)))))...................(((.....)))..((((((....(((((((((.((((((((.......(((((..((((...))))..((.(((((.((((((....(((((..(((.....)))..)))))...)))))).))))).)).)))))....))).))).)).))))))))).....))))))((((....(((((((((((((((((..((....))..))))).....))))))......))))))....))))............(((..((((((.(((.(.(((........))).)...))).))))..))..)))...((((((...(((.....)))...))))))...............)))))...)))))))..))))).).....))))).)))))..((((((.(((..(((..(((..(((.......)))((((((((((......(((....))).......))))))))))....((((((..(.((........)).)..))))))))))))))))))))))))))))).))))..))..))))).)))))...))).))).)))))))))))))))))....))))))))))))))))))))))...))))).........))))))).........((((((...))..))))...(((((((.((...(((((((((((.....))))...)))))))....)))))))))......))).))))...))))))).))).....))).)))))...)))))))))))))))))).)))....)))..)))))).)))))......((((((((((((((...(((((((((........)))))).)))...((.(((((....))))).))...(((((((((((((((...((((..(.((((((...(((((((((..........((((((..((((....((((.....(((.(((..(((.(.(((.......))).))))..))).)))........(((((.((....)))))))...))))))))..))))))....(((((...)))))(((..((((((.....((((((((((((((....)))).))...((((.(((........))))))).....((((.......))))....))))))))..)).)))).)))......)))))))))......))).)))).)))).(((((((.((.(((.(((((((((.(((.(((((.(.(((((((......(((...((((((....(((((.(((((((((..((((..((((..........)))).((((.(((((((((.....((((((.(......).))..))))...)))))).)))...)))).....(((((....((((((((((.......)))).))..))))....)))))..............))))..))))))))))))))..............(((((....)))))(.((.....(((((((..(((((((...((.(((....)))..)))))))))..).....((((((.........(((..((....))..)))........)))))).......((((((..((.(((.......))).)).)))))).))))))....)).)..))))))..)))........)))))))...((..((.((((............)))).))..))(((.(((..((((....)))).))).))).).)))).).)))...))))))))).))))).))))))).........)))).))))))).))))((((....))))...(((((......((((((((((..((((..((((((((....(((((((((.(((((......))))).((((((.(((((((........)))))))..)))))).((.(((.(((....((((..(((..((((.(((((((((....((((((((.....(((((((.((((.((((.....)))).)))).))).......))))...))))))))..)))).(((((....)))))..((((((((.......))))).))).((((((((((.......((.......(((......))).......)).......)))))))))).)))))))))...)))..)))).....))).))).)).(((.((((.....((((..(((((........((((((((...((((((((...)))))))).((((..........))))....................((.(((((......))))).))..))).))))))))))..))))......)))).)))(((((.((.(((...((((((((((...)))))))))).))).))..))))).........((((((.(........).)))))).)))))))))...)))))))).......(((.((...((((.(((....))).))))..)).))).))))..))))))))))......)))))............)).))))))))))))..(((((((((((((((((.......(((((((((((((((((((.....)))))))....(((.......)))((((....))))....((((((((((..........(((...((((((....................))))))...))).(((((((((..(((......)))(((((((((..(((((......)))))))))))))).)))))).)))((((.(((((((..(((.((((((..(....)..))))))..(((((..((((((((.((((.((..........)))))).)))))))).((((..(((((((((((((((.(((((..((....))..)))))))))))).)))((.((((((...)))))).))(.(((((...........))))).)....)))))..)))).))))).((((((.((((((((((.(.(((((((.((((((((...)))))((((((.............)))))).................))).))))))).).))).))))))).)))))).....)))......))))))).))))......((((((.((((((.......(((((((....))))))).....((((((...........((((((....(((((((((((...((............))...))))(((((.....)))))....((((((((((....((((((..((((.......))))..))))))..))))))))))..(((......))).((((((((((..........(((.((.(((((.(((((.....((((((((..(((((......(((((.((((.(((((((((((.(((((((.(((....(((((.((((((.((((...........................)))).))))))))))).........((((........)))).(((((........))))))))))))))).....)))))..)))))).)))).)))))(((.((((((((....)))))))).)))................((((((.......))))))..((((((..............)))))).........(((((((..........(((((......)))))))))))))))))..))))))))))))).(((((....)))))..(((.(((((....))))).)))...((((((((((((.(((((.......))))).))))...))))))))...((.((((((...))))))))........((((((......)))))).(((((((((((((.(((........))).))))))..))))))).......))))))))))..........))))))))))........))))))).......))))))))))))..............)))))).)))))).))))))))))))))))))))))((((.(((......))).)))).((((...............)))).........((((((((((..(((.(((((...((((......))))....))))).))).))))))))))............))))))))).))))..))))....(((((...))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,..((,(((.((((({...{({(((.(((.(((((((((((((.(.(({......))).).)))))))..(((((((((...(((((.((((((.(((((((,,,{,{((.(((((((.........((((((((((((((((....((.((((((.((((...(((((({.((((((((.((((((((((.((..,{{{{(((((((.(((((.........))))).))))))).}}.,,}}..})).)).)))}))))))).))(((((((((.{((....{,.((((((((((((.(.,........,,.))))))),..})))),|,(((((.....)})))})))..))))..)))))((((......(((.(((((((((((((((.....))))))))..(((((..((((.........((((((((((((((((((((.,,{{,,{.{{|||||{{,{,{{{{,.,..{||,|.,,}}{{{{{{{{,...,,,{{{{{....|||((({.({,.........((({......}}}.........||||}}}{(((((....)))))|,,,.|||,...||||}|||,,|{{||,{{||,..,,||||,||(((.{((({(({{{.((((.{{...|}||{{|||||||.||,{||,,,,...}}||,,||||.,.,{,,,,....((((({....))))))|{||}}},,}}}}}}))||{||||||{..{|||.{{{{||||||.((((.{......}.))))..,,({.(({{{(((((....))))))))).}),{{{{{...{{|||{,|,||||}|||}.,|{{{{{.{{|,.{|}{|||||||||.}}|..,,||{,||,||,|||.....}}}},.},,.})}),}}}}},.,)))},,..})))),.}}||}}}}}},}},}))}}||}|,,,|{|||}||}||}|,||}..}}},,,}}}}}))))}}),.)).)))))))),........((((((((..{,....,...,||....},,,),,}}))),}}))}..)))))))).))))))))))))....))))..)))))........))))))).)))))))(((((..........)))))))))))(((((((....)))))))...((((((.((((.(((...(((((.....)))))...))).)))).))))))(((.((((((....((((,,((((((.(((((((((.....((((((((((..((((.,..,,.,}}}}...{((((((..(((.(((((((((((((....{{{....{((({.....{,{{{{{...,)})),,))))}.....||,.{((((...}}}}}.{|{{({{...|,.,.,...))))}|}}(((((....}}}))....{((((.(((.....,,........))).)))))..)))))))))))))))))))))))}....))).)))))))..,,.......,......,,,,,...........,,,.....((.((((..,,,{{{((((.((({,{(((.....))),})))).)))))))))))).)).)))).)))))...))))),..,).)))).....)))))).)))....,((((((((((((((((....((((((((.((.{,.(((((......)))))...(((((((((.(((..,,,.........(((((...((((......))))...)))))..((((((((((......(((.((......))))).,....)))))))))).((...((((.(..((((((.((.(((.((((,...,))))))))).))))))..).))))...)).,,..))).))))))).))..((((.(((...(((((..((((.((...)).))))......((((.....)))).{((((.(((((.((((....))))((((((..........)))))).....{.(((((.((((((({{,....||,..(((((((.......)))))))..............{((((.(((,..|||,..}}}}}....(((((..{,...,..}}})),...........,,...,|(({.....))).,((((((..,.(((((((((.((((((((.,.,.,,((({{..|||{,..||||..((.(((((.((((((..{.(((((..(((.....)))..))))).,.)))))).))))).)).)}))),..,))).))).)),)))))))))..,..)))))){(({.,,.(((((((((((((((({..((....}}..}}}}}.....))))))......))))))..,})))).||....{{....||..||||,{.{{{.|,||{,,...,}}}}},....},,.,}))},})..}}}...((((((...(((.....))).,.))))))...............}}}}}...)))))))..))))),,.....))))).))))}..((((((.(({..(((..(({..(((.......)))((((((((((.....,(((....))).,.....))))))))))....((((((..(.((........)).)..))))))))))))))))))))))))))))).))))..,,..))))).)))))...))).))),}))))))))))))))))....))))))))))))))))))))))})}))))).........))))))}.}.,.....(((({{...}}..))))...(((((({,{(...(((((((((((....,)))),..}})))))....}))))))))....{{|,..}}})},.))))))).))).....))).)))))...)))))))))))))))))).)))....}}),.|})))).})))}......{((((((((((({{.,.(((((((((........)))))).)))...{(.(((((....))))).)}...(((((((((((((((...((((,.(.((({{{...(((((((((.......,..((((((..((((....{{((..,..(((.(((..(({{(.(((.......))).))))..))).))).,,,....((((,,{{....))}}})).},)}}}))))..)))))),{,.(((((...))))),||,.{(((({.....((((((((,((((({,..|||}.,,...||||,}}}}}....{{{|.,.,,,)}}.((((.......)))).,,.))))))))..)).)))},|,}.,}...)))))))))......))).))}}.)))).(((((((.((.(((.(((((((((.(((.(((((...(((((((...,,.(((...((((((....,((((.(((((((({.,(({{...{{|......,,..|||{.((((.(((((((((.....(((({{.{......}.),..))))...)))))).)))...))))....,{({{{.,,,{{{{{{((((.......)))).}}.,}))}..,.}}}}}......,,|.....})))..)}}}|||}}||}||..............,{{{|,...,})))|.||...,,(((({{{..(((((((...{{.(((....)))..,})))))))..),....((((((.,{{....,|||..,,....}}..}))........)))))).......{(((({..((.(((.......))).)).)))))).,)))))....)),)}.))))))..))),}......))))))).....{{(,{((((,.,,,.......|||{{,,..,..,|}}||..||||,,...})}.,,,.)))))})))).).)))...))))))))).))))).))))))).......,,)))).))))))).))))((((....))))...(((((......((((((((((..((((..{(((((((....(((((((({.{((((......))}}}.{(((((.(((((((........)))))))..)))))}.((.{((,((({{{{({{(.{(((..{({{,(((((({..,{{{{{{..{{||...||||,|,..,,,,.((((,....}}||,||}},}||{..{|..,}})}.}}))))))}}}},.}}(({((....))))),.{{{|||{|.......))))),))}.|||{{,.,,,,|||,..|||||||..{,,,(((((((,...........},}}})))}....,||}}}}}}}}},{{|}|,,|||,.....}))}))),}}.(((.((((.....((((..(((((........{{(((({,...{(((((({...}))))))}.{{{{.,......,.}}}|{.,.................((.(((((......))))).))..,}}.}}}}})))))..))))......)))).))}(((((.{|,(((...{((((((({{...}))))))))).})).)}..))))).........{{{{{{.{,,......)})}}}}}.)))))))))...)))))))}..,,...((({({...(({,..,,,}..)))})},},.,..,}}.}))),.))))))))))......))))).|..........}).))))))))))),..(((({((((((((((((.......(((((((((((({((((({.....})))))}.......,{{{{{.{{|({{,,..{||}|.{{{(((((,,((({.{{{{,,..{({...((((({....................}))))}...}}}.(((((((((..{((......)))(((((((((..(((((......)))))))))))))).)))))).}}){{{,.{{({{{{,,,,..((((((..(....)..))))))..(((((..((((((((.((((.((..........}})))).)))))))).{(((..({{{,{{{{((((((.((((({{(.....))},)))))))))))){|||((.{{{{{|,,,)))})},)){.(((((...........))))).}..,.})))}..)))}.))))).{((((({{(((((((((.(((((((((,((((((({...})))){(((((.............)))))}.......,,}}}}}}}})),.})}}))),)))))}))))}},.}}}}||{,.{{|||,{,...,})),))}))})}}|...{((((({(((((,.....{{(({(({{.,,,|}}|||,.......}}}..}|||,,,.))}|(((((((..,.(((.((...((........))...))))).,..))))))).....,,,,....{(((((((((....((((((..((((.....,.))))..))))))..))))))))))..(((......))).{(((((((((....,,....,(((((.((((({((({,,,.,,(((,{{||,}|||{,......(((((.((((.(((((((((((.((((({{.(((,,,.{{({{{((((((.((((....,{{...............,,,,.)))).))))))))})}....,,{{.({{{....,,..}}}}.{{(((........)))))}}},},}))},.,..)))))..)))))).)))).))))){((.((((((((....)))))))).))}.....,,{{,......((((((.......))))))..{(((((..............)))))}.,,.,,}}}}}|,{{{.{...,,{|||||{{.....,))))}))))},.}},))}})))))),)))))}.|((((|...,}))),}(((,((({{....))))).)))...((((((((((((.(((((.......))))).))))...))))))))...((.((((((...))))))}}.....,,.((((((......))))))..,,|,,,,,,,,,.{{{,..,,|{,|{{((|||{{.((((((........))))))..))))))))),...)))))))))}...}}}})))))))).,,,,}))))),))))},.}}}))))},,,,.,))),},.},)))).)))))}},,.)))))))))}}|((((.{,|,,.,{{|||.,.,,)}}})),..,....{{{{{,{{((((({.,,|,|,,,(((((,..{{{,{,,{{,..,{,....|,,,}}}....}))))})})}))))))))))}.....,,,...))))))))).)))}..,)))....(((({...))))).
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001289861.2 | GACCGGCACGCGGCGAGCCUCGAGACUGCGCGAGGGCGGCCCCGGGGGC… | 6400 nt | 0.4686 |
| NM_001289862.2 | ACUCGCGCGCGGCAGAGGAGCCCCGCGAGCCCUGCCCUCGGCCGGAGUC… | 6319 nt | 0.4621 |
| NM_001289863.3 | GACCGGCACGCGGCGAGCCUCGAGACUGCGCGAGGGCGGCCCCGGGGGC… | 6379 nt | 0.4683 |
| NM_001289864.3 | GACCGGCACGCGGCGAGCCUCGAGACUGCGCGAGGGCGGCCCCGGGGGC… | 6515 nt | 0.4698 |
| NM_001377275.1 | GACCGGCACGCGGCGAGCCUCGAGACUGCGCGAGGGCGGCCCCGGGGGC… | 6365 nt | 0.4649 |
| NM_001377276.1 | GACCGGCACGCGGCGAGCCUCGAGACUGCGCGAGGGCGGCCCCGGGGGC… | 6341 nt | 0.4644 |
| NM_016831.4 | GACCGGCACGCGGCGAGCCUCGAGACUGCGCGAGGGCGGCCCCGGGGGC… | 6430 nt | 0.4691 |
Summary
This gene is a member of the Period family of genes and is expressed in a circadian pattern in the suprachiasmatic nucleus, the primary circadian pacemaker in the mammalian brain. Genes in this family encode components of the circadian rhythms of locomotor activity, metabolism, and behavior. This gene is upregulated by CLOCK/ARNTL heterodimers but then represses this upregulation in a feedback loop using PER/CRY heterodimers to interact with CLOCK/ARNTL. Polymorphisms in this gene have been linked to sleep disorders. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2014]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
